气调贮藏是通过控制贮藏环境中的空气组成来抑制鲜菇的呼吸作用，达到延长保鲜期的目的。国外气调贮藏主要是用充氮来稀释氧的浓度，保鲜效果很好，但成本太高。采用自发气调贮藏，不但成本低，操作简单，也不会残留有害物，贮藏效果较好。
自发气调贮藏是依靠鲜菇自身的呼吸作用和包装材料的透气性，调节氧气和二氧化碳的浓度，再在低温下冷藏，就创造了一个低湿、低氧和高二氧化碳的保鲜生态条件。在这种环境下，可以抑制酶的活性和微生物的活力，防止酶促褐变和腐败变质；降低菇体的呼吸强度和蒸腾强度，减少营养物质的消耗和水分的散失，防止菇体失鲜、失重；延缓各种生理生化的进程，抑制开幕、开伞、延长保鲜期。
草菇采收后较一般菇类呼吸速率要高，如果采用密封自发气调贮藏，会使密封袋内的二氧化碳浓度迅速上升，氧气浓度急剧下降，从而引起草菇生理代谢紊乱乃至二氧化碳中毒，菇体品质下降。研究表明，采用打孔自发气调贮藏，可以克服密封自发气调贮藏中因二氧化碳和氧气浓度急剧变化而引起草菇品质劣变的弊端，并能明显降低开伞率和液化出水程度。
草菇打孔自发气调贮藏，是将挑选好的鲜菇用打孔的纸塑复合袋包装，置于15℃～20℃的条件下保存，保藏期可达72小时。此法成本低，简单实用，效果好，保藏后的草菇蛋白质的含量基本不变，氨基酸的含量也基本不变。