褐腐病又名湿腐病、湿泡病、白腐病、水泡病、褐痘病、疣孢霉病，是草菇常见的病害。该病菌只感染草菇子实体，不感染菌丝体。子实体分化初期即可被感染，形成一种硬皮脖状的不规则组织块，上面覆盖一层白色茸毛状菌丝，最后变为暗褐色，常从病菇组织中渗出褐色液滴。
菌柄和菌盖分化后感病，菌柄变成褐色；子实体发育后期，菌柄基部被感染时，产生浅褐色斑块，无明显病原生长物，最后变成暗褐色。总之，菇体被感染后，内部组织变成暗褐色，质软且有臭味，最后成湿性软腐而坏死。
在栽培过程中要防止该病的发生，防治方法主要如下：
1）要做好通风换气工作，并适当降低空气相对湿度。
2）病害发生后，可在病区喷浓度为1％～2％的甲醛溶液，不过喷施甲醛溶液后培养料的pH值会下降，对草菇的产量会有影响，因此，病害得到控制后，可加喷1％的石灰水溶液加以调整。
3）发生过这种病的菇棚、菇床，在收获后，用4％的甲醛溶液喷施消毒，或用40％的甲醛溶液进行熏蒸消毒。