袋栽草菇一般在接种后24小时内可见菌种萌发吃料，而有的在接种后48小时，还不见菌种萌发，或栽培过程中出现菌丝萎缩或自溶，发生这两种现象的原因较多，其原因和预防方法如下：
1）菌种菌龄过长。袋栽草菇的栽培种培养基多为棉籽壳，这种菌种的菌龄一般掌握在菌丝走透后7～30天接种为宜，而有的菌种走透后2个月还在使用。这种菌种极易出现老化现象，接种后菌种不萌发，菌种块上的菌丝萎缩。
预防方法：选用菌龄适中的菌种。
2）制袋时培养料含水量过高。制袋时由于浸草时间过长、稻草摊晾时间不够、灭菌时水分进入袋中等原因，使培养料的含水量超过75％，造成菌种不萌发或菌丝萎缩、自溶。其原因一是培养料含水量过高，让接入的菌种吸水过多，无法通气而无法萌发。二是即使菌丝能萌发，也因料内缺氧而使菌丝萎缩、自溶。
预防方法：制袋时控制好培养料的含水量，一般在70％为宜。在常压蒸汽灭菌时，不能让料袋浸水，同时要绑紧袋口，以防水分进入袋中，而增加培养料的含水量。
3）培养料的料温控制不当。一是接种时料袋的温度在45℃以上，菌种接种后因温度过高而死亡，这也叫烧菌。二是气温在20℃以下，料温也在20℃以下，这种情况下接入的菌种因温度过低而不走菌。三是走菌过程中温度突然骤降，温差过大，同时长时间保持22℃以下的温度，就会造成菌丝萎缩、自溶。
预防方法：接种时，菌袋的温度要掌握在30℃～40℃之间；培养时注意气温的变化，做好培养室的保温工作，使培养室温度保持在30℃左右。
4）病虫害危害。草菇的各种杂菌与草菇菌丝争夺养分，害虫如螨、菇蚊等会取食草菇菌丝，这些都会造成草菇菌丝的萎缩死亡。
预防方法：灭菌时间要足够；培养管理要规范操作；做好环境卫生和培养场所的防虫工作。