草菇菌种生产制种使用的消毒剂主要有：
1）酒精。酒精是一种无色液体，作用机制是使微生物细胞脱水，菌体蛋白质变性而达到杀菌的目的。使用时酒精的浓度控制在70％～75％时，其杀菌效果最好，此浓度下酒精的穿透力最强，而浓度过高、过低都达不到预期的消毒效果。因此，使用时要将市场上销售的95％的酒精稀释成70％～75％，用于消毒接种操作人员的手、接种箱的四壁、接种工具、试管、菌种瓶的表面等。
2）甲醛。福尔马林是甲醛的37％～40％的水溶液，它是强还原剂，能与微生物细胞蛋白质的氨基相结合而使其变性。当其气体在空气中的浓度为15毫克／升时，保持2小时可杀死细菌的营养体，12小时可杀死细菌的芽孢。在菌种生产上用甲醛作消毒剂时，一般与高锰酸钾一起使用，让二者发生氧化还原反应而产生大量的热量，使甲醛挥发。使用时在接种箱、接种室内放一个容器，先将甲醛倒入容器中而后再倒入高锰酸钾，通常每立方米空间用甲醛5～10毫升，高锰酸钾3～5克。接种箱消毒60分钟可接种，接种室要12个小时后才可接种。
3）高锰酸钾。高锰酸钾是一种强氧化剂，能把微生物细胞中的蛋白质氧化，使之失去活性，而达到灭菌的目的。高锰酸钾除了与甲醛混合熏蒸消毒外，还可配成0BF．BFQ1%～0BF．BFQ2％的水溶液用于洗涤器皿，擦洗菌种瓶、菌种袋表面，擦洗菌种培养室的地板、墙壁、床架等。
4）气雾消毒剂。气雾消毒剂其主要成分为次氯酸，是一种广谱、高效、快捷、安全的消毒剂，其与甲醛相比具有使用运输方便、消毒快捷、对人体刺激性小等优点，是目前菌种生产上使用最广泛的接种用消毒剂。通常每立方米用量为3～5克，点燃后熏蒸30分钟即可。
5）新洁尔灭。新洁尔灭对细菌、病毒有较好的杀灭作用，而对真菌杀灭效果不佳。市场上销售的5％新洁尔灭溶液，使用时要加入20倍水稀释成0BF．BFQ25％的溶液，浸泡、喷洒、擦拭均可。