菌种保藏室、接种室、培养室、冷却室应与原料仓库、菇房、配料场保持一定距离，或有良好的防污染隔离障碍物。周围环境应尽量减少污染源，如畜舍禽棚、化粪池、污水坑、垃圾场、废料堆等，并做好日常的卫生清洁和定期消毒。生产环境净化程度愈高，控制病虫侵染的措施愈严格，对提高和稳定菌袋的成品率越有利。
培养料配方要合理，使用的原料要求不霉烂变质。培养料发酵好后要及时装袋，间隔时间越长，越易引起杂菌污染，因此，要迅速装袋。
培养料装入塑料袋后，要及时灭菌。生产中常用常压灭菌的方法，当灶内温度达到100℃后，要保持12～16小时灭菌时间，而且中间不能降温。培养料袋子在灶内摆放不能过挤，要留有气道，不能有灭不好菌的死角。
用于大批量生产的白灵菇菌种，从母种到栽培种繁殖都应慎之又慎，严格无菌操作规程和认真检查质量，保证菌种的纯度和健壮。
接种室、接种帐、接种工具、接种人员的手臂等都要严格消毒。接种动作要快，达到快解袋、快接种、快扎口。一批未接完，人员不能进出接种室。
发菌场所要提前打扫干净，并消毒杀虫。菌袋放入发菌场所后，空气湿度不能超过70％，温度要控制在25℃左右，经常通风，避免造成高温、高湿和不通风而利于杂菌生长的环境。不使用有微孔的塑料袋，在菌袋搬运过程中要轻拿轻放。