白灵菇菌丝体酶解期即接种后的第31～90天。白灵菇菌丝体不同于其他菇类，虽然菌丝已长满菌袋，但菌丝体代谢过程，降解过程的生化反应均受到温度和时间的制约，因为菌丝体对培养料的降解过程需要降解酶、激化酶、蛋白酶等十几种酶的参与，各种酶对培养料的营养降解需要最适的温度20℃～30℃。温度适宜时，各种酶的反应速度加快，超出极限温度后，酶蛋白分子逐渐失去了活性，降解速度下降。
低温情况下（15℃以下）营养物质不易渗入细胞，酶的活性降低，内源呼吸缓慢，出菇时间将推迟数日。降解时间的长短也很关键，菌丝长满菌袋10天后，才是胞内酶的合成峰值，只有酶的峰值达到，才能积累足够的营养物质。
有的菌袋在酶解期时间不足的情况下，采用各种刺激方法促使菌袋出菇，但长出的白灵菇子实体很不理想，个体小，菌盖薄，小老菇过多。加之菌丝体对培养料酶解时间短，营养补充不及时，会造成白灵菇的软腐病比例增大。
在菌丝体酶解期，首先要将菌袋温度控制在20℃～30℃之间；其次是控制菌袋内排出的游离水，发现袋内有大量的积水，要及时排出，以免沤袋，造成局部腐烂；第三是每隔7天都要采取错位的方法翻袋，防止菌袋内积水。除特殊情况外（大风、大雨天气）要昼夜通风。
菌袋达到酶解期的标准是，袋内菌块基质较硬，富有弹性，用手掰开菌块后，剖析面菌丝断裂整齐，散发出浓浓的菇香味，菌袋比原袋重减轻20％。菌袋是否生理成熟，菌龄只是参考指数，更重要的是菌袋的有效积温是否达到。各地要因地制宜，选择最佳种植期，能否正常出菇，积温起着决定性因素。
总结以上白灵菇菌丝发育生长期主要阶段的管理要点，目的是使栽培者从中得到启发，养菌是一个十分复杂的生理过程，在生产实践中掌握管理措施，达到优质、高产、高效益。
值得提醒的是，白灵菇接种时间过迟，菌丝成熟晚，出菇期温度超过18℃，常常会导致不出菇的后果；接种时间过早，温度高，杂菌多，污染率高，易烧菌，菌袋成品率低。适宜的接种时间既要考虑发菌（包括后熟培养）时发菌室的温度保持在24℃~26℃ ，最高温度不超过26℃，且要保持80天左右，又要考虑出菇时的温度，菇棚温度应保持在8℃~18℃，最高温度不超过18℃，最低温度不低于0℃，此温度要保持30天左右。