接种在食用菌制种和栽培上是非常重要的环节，对控制好杂菌污染至关重要。接种时要求生产者应严格掌握微生物无菌操作规程，概括起来，主要有以下几点：
（1）各种接种工具和用品等应随同料袋、料瓶、菌种等一并进行消毒处理，应当尽量避免在操作过程中向箱内传递物品。
（2）进箱操作前，在箱外用清水洗净双手，进箱后再用酒精棉球擦拭双手和接种工具，并对接种工具用火焰灼烧灭菌，在接种过程中还要定期用火焰灭菌。
（3）对于试管种的大培养，试管应平持，试管口不能朝上，同时试管口也不要离开酒精灯火焰，这样才能达到火焰“封口”的目的。
（4）接种操作要做到“轻、快、准”。“轻”是指接种时动作幅度不要太大，以减少空气波动；“快”是指动作操作要快，避免菌种和培养基在空气中暴露时间过长；“准”指的是接种动作要准确到位，接种工具、菌种块等不要到处乱撞、乱放。
（5）接种操作完毕，应及时移走物品，并将箱内收拾干净。