（1）畸形。主要有以下几种：①柄盖不协调，表现为菌柄过于细长，菌盖小，外观质量差，往往由于棚内温度较高、通风不良等原因引起。出现这现象时，应及时加大棚内通风，排除二氧化碳，较好地降低棚内温度。②在菌盖和菌柄出现裂纹，由温差大、湿度过低、菌盖表皮生长停滞而内部正常生长造成。杏鲍菇属于恒温结实菌，应保持棚内相对稳定的温度，同时适当提高大棚内湿度，保持在85％～90％为宜。
（2）水斑病。该病表现为在菌盖上出现黄色斑点，主要原因是菇棚内湿度过大或在生产中直接向子实体喷水而溅到菌盖上。应严格控制棚内湿度在85％~90％，当湿度过高时，及时开棚加大通风；当湿度过低时，应采用地面喷水或者喷雾增湿，不可直接向子实体喷水。
（3）幼菇萎死。幼菇在生长过程中出现萎缩、变黄死亡，起因是生长中遇到超过20℃的高环境温度或者大棚遮阳效果差而被强阳光灼死。在生产要保证棚内遮阳密度，避免棚内过高温度，遇到高温天气时，及时开棚通风和地面淋水降温。
（4）绿色木霉菌感染。感染后造成子实体不能形成而烂筒，起因包括在生产中直接向子实体喷水、菇棚内高温高湿、没有对覆土进行有效的消毒等。应注意棚内温、湿度的调节，不可直接向子实体喷水，严格对覆土进行有效的消毒，对已感染菌袋要先去掉感染部分的培养料，并对棚内场地喷洒安全杀菌剂。