杏鲍菇的菌种相当于农作物的种子。选用优质健壮的菌种是杏鲍菇生产实现高产高效的重要措施之一。杏鲍菇的菌种是人工培育出的纯菌丝体，一般分为以下三级：
（1）母种。母种是一级种，是子实体经组织分离或孢子分离培育而成的菌丝体，一般盛装在玻璃试管内。母种不可直接用于生产，而是用于扩大繁殖菌种。
（2）原种。原种是二级种，由母种转扩而成，容器一般选用标准菌种瓶、葡萄糖瓶或其他无色透明的容器。培养料有棉籽壳、玉米芯、木屑等主料以及一些辅料。1支母种可以扩接4~5瓶原种。原种直接出菇或作生产用菌种，成本较高，菌丝数量少，不利于大面积生产，故原种一般用于扩大繁殖，而不用于直接生产。
（3）栽培种。栽培种是三级种，由原种转扩而成，容器一般为聚丙烯或聚乙烯塑料袋。1瓶原种可扩接20袋左右的栽培种。栽培种可直接播种，用于生产。