水分和湿度是金针菇菌丝和子实体生长不可缺少的条件。金针菇属于喜湿性菌类，它不能进行光合作用，一切营养物质必须溶于水中才能被吸收。同时，体内代谢的废物也只有溶于水才能排除，菌丝分泌的各种酶，也只有溶于水中才能分解纤维素、蛋白质等营养物质，供吸收利用。
金针菇在不同的发育阶段所需要的水分亦不相同。菌丝生长发育阶段需要的水分较少，相对湿度60％～65％即可。实验证明在拌料时含水量达到68％～70％时培养料经灭菌后湿度刚好处于60％~65％。当发菌期培养料湿度超过70％会出现发菌慢菌丝生长不均匀的现象。
金针菇子实体生长要求较高的水分，菇房的空气相对湿度应在85％～90％，但必须视菇房的温度变化而变化。一般应掌握温度低时湿度可相应加大些，温度高时湿度要降低。这是因为高温高湿容易引发病虫害的发生，而且易造成烂菇，降低产量和失去商品价值。