温度对金针菇的菌丝和子实体形成至关重要。金针菇的孢子在15℃～25℃时大量形成并萌发成菌丝，但以24℃最为适宜。金针菇的菌丝在5℃～34℃范围内均能生长，但以22℃～25℃为宜。菌丝在3℃～4℃时不会冻死，只是生长极其缓慢，但只要温度恢复到适温时又会正常生长。
实验证明，金针菇菌丝耐低温能力强，在-21℃经138天后仍能存活；而耐高温能力弱，在32℃时菌丝虽能萌动，但不吃料，35℃时菌丝死亡。所以，夏季在自然条件下培养菌丝必须注意室内温度，温度偏高时金针菇的菌丝生长不太旺盛，而且容易形成粉孢子。金针菇子实体形成所需要的温度是5℃~21℃，在5℃~9℃温度下子实体生长健壮，出菇整齐，质量最佳，一般以8℃～12℃为子实体生长的适宜温度。超出以上适温范围子实体的生长缓慢。虽然有个别耐高温的菌株在20℃左右也能出菇，但子实体的质量极差，易腐烂，无商品价值。