当菌丝长满瓶底，面料上吐黄水时，则标志着已转入出菇阶段。金针菇菌丝培养阶段较短，出菇到收获阶段较长，产量、质量取决于这个阶段的管理水平，管理得当才能获得良好的经济效益。标准菇房中的金针菇栽培管理措施有以下几个方面：
（1）搔菌。这是促使菌丝原基发生的重要措施。用消过毒的掏种钩、匙或专用半圆形耙子，把菌瓶表面的接种块和上表层老化衰退以及干缩死亡的菌丝扒掉，并清理平整。它有助于刺激菌丝扭结多出菇，从而大大提高菇蕾的发生密度、整齐度和健壮程度，转潮期间进行搔菌还有减少病虫害的作用。但从栽培实践中得出的经验告诉我们，如料面整齐、黄水分布均匀、菌皮不厚，不一定要进行搔菌。这是因为：一是搔菌破坏菌丝，菌丝要经过一段时间的愈合，延长出菇时间；二是搔菌工作量大，增加劳动力的投入。如果产菇前不搔菌，就必须在制种时将瓶料面压平，接种时把原种捣碎，均匀地撒在料面上。接种量不宜太多，一般一瓶原种接35～40瓶左右。如果料面菌皮厚，料面不平，菌丝失水干缩，这种情况必须搔菌。每潮菇采收后，必须搔菌，把残余老菌块扒掉，让其养菌，经过14～20天便可采收第二潮菇。
经验表明，瓶栽金针菇在接种后的第二十天、第三十天、第四十天和第五十天各进行1次搔菌，其结果如下：接种后第三十天搔菌的比接种后20天搔菌的减产21％；接种后第四十天搔菌的减产27％；第五十天搔菌的减产更高且菇生长很差，质量下降。经验表明接种后的第二十至二十五天、当瓶内的培养料完全长满菌丝时就要搔菌。但袋栽要相应推迟7～10天。
（2）降温催蕾。这是出菇阶段的前期管理措施。把菌丝培养成熟的或搔菌后的栽培瓶及时转入催蕾室，降低温度，增加供氧，提高湿度，进行弱光培养，诱导和促使原基尽快产生。
具体做法是把菌瓶放在架子上或地上，用旧报纸或地膜覆盖瓶口上，温度控制在13℃～14℃。当环境温度偏高时，采取白天严闭门窗，夜间打开南北门窗，加强通风等措施，以减少由于白天高温的影响。当温度偏低时，应充分利用白天气温来提高室温，并在夜间关闭门窗以防止室温下降。每天在报纸上喷水两次，或者每天同样在地膜上喷水，并在覆盖地膜的瓶与瓶之间喷水以增加湿度。菇蕾开始形成的前3～4天可不必掀开地膜通风，以防料面干燥。经过几天之后料面即出现菇蕾，每天掀开覆盖物通气。催蕾室的相对湿度保持在85％～90％。此时喷水要特别注意，不能把水喷在菇蕾上，因为菇蕾一碰到水，菌柄基部就会变成黄棕色或褐色，影响金针菇的质量。还要注意，如果瓶子内有积水，要及时倒掉，否则引起菌柄基部腐烂。菌瓶放在地上栽培的，也可在地上铺沙后喷水保持湿度。
（3）低温、吹风、光照抑制。菇蕾发生后，由于个体发育的强弱有差异，因此，分枝有先后，大小不一，影响整齐度。另外，采收时菌盖和菌柄含水分多，形成水菇，致使金针菇质量下降，不耐贮存，商品价值降低。为此，当菇蕾出现2～3天后，肉眼能见到菌柄长3～5毫米，菌盖达小米粒大时，应把菌瓶移到抑制室进行管理，促进菇蕾长得整齐，以提高金针菇的产量和质量。
低温可以抑制金针菇的发育速度，推迟生长。遇到低温，菌柄伸长了的金针菇容易发生障碍，停止生长；而菌柄短的金针菇，隐藏在大菇下面，不易发生障碍。从催蕾室移到抑制室的金针菇，菇蕾越早长出，抑制时引起的生育障碍程度就越大；后来长出的小菇很快能适应低温环境，引起的障碍程度小。这样，大菇受低温的障碍停止生长，而小菇开始生长，从而就逐渐缩小了大小菇之间的差距，最后达到一样长了。抑制室的温度调节在3℃～5℃之间。
在低温抑制过程中，同时可采用吹风进行抑制。开始时吹轻风，结合低温处理，促使菌柄抽齐。以后风力逐渐加大，最初2～3天风速15~20厘米／秒，其后2～3天风速40~50厘米／秒，当菇蕾长到瓶口时风速为80~100厘米／秒。按照这样处理的金针菇，子实体白色，挺直，含水量少。但要注意，吹风不能整天不断地吹，要时断时续地进行，否则会把金针菇吹干，停止生长。
在催蕾室中菌盖没有充分发育，菌柄细弱徒长的金针菇，在抑制室吹风后，菌柄会变成褐色而枯死，即便从基部再长出分枝，也很弱，不能充分生长，且很快停止生长，反而比不抑制的生长更不整齐。为此，凡是进入抑制室的金针菇，必须是在催蕾室中其菌盖充分发育后的才行。
利用金针菇对光的敏感这一特性，也可采用光线抑制。当菇蕾长到2～3天后，在距离菇体50~100厘米处，挂一支白色荧光灯，每隔15～20分钟照射1次或1次照明半天，照射2～3次。但当金针菇长到2厘米以上时，就不能采用光照方法来抑制（尤其是黄色品种），否则子实体会变成深色。
自然季节栽培，只能充分利用夜间低温，促进菇房温度下降，同时要防止白天较高气温对室温的影响，尽可能使菌瓶的环境温度处于4℃～6℃之间。寒冷季节降温时，室温不能低于冰点，以免金针菇冻坏，影响产量。春秋季节温度要降到4℃～6℃有困难，但能降多少就降多少，尽量满足金针菇对低温抑制的要求。
（4）套纸筒。从抑制室移到发生（生育）室，当菇蕾长出瓶口2～3厘米时，就要在瓶口上套上纸筒进行栽培管理（图11）。
图11套纸筒
瓶栽金针菇套纸筒有两个作用：①金针菇伸出瓶口之后，菇体易向外倾斜，套上纸筒可防止下垂散乱，使之成束生长整齐；②套上纸简可减少空气流通，增加局部二氧化碳浓度，抑制菌盖的伸展，促进菌柄伸长。
套筒用各种材料做成，有蜡纸的、牛皮纸的、厚纸的、塑料的等等。规格高10．5～12厘米，呈喇叭形。不同的材料套筒由于通风换气性能有差异，效果也不相同。在多湿的地区和降雨多的季节，使用通气性能好的纸筒获得的效果会更好；在干旱地区或干旱季节，可使用通气性能较差的厚纸或塑料筒。
纸筒套上后，用橡皮圈扎在瓶口上，上面覆盖报纸。由于瓶口覆盖报纸，将金针菇子实体捂闷起来，减少了菇体通风开放培养的时间，但在这半封闭的阴暗环境中，就往往会造成缺氧，使菌柄扭曲、变扁，形成畸形菇，也会形成“水菇”，影响金针菇的质量。因此，发生室要加强通风换气，但通风多了又会使菌盖早开伞。为解决这一矛盾，以每天早晚通风15～20分钟为宜。此阶段室温控制在6℃～8℃，相对湿度在80％～85％。在这样的环境下菇体白色，菌柄挺直、不扭曲，菌盖内卷不开伞，及时采收符合商品要求。