为使金针菇的子实体长到采收所需的长度，菌种瓶要移入菇房的栽培室。进行工厂化周年栽培金针菇，必须具备有标准菇房。标准菇房的设计是根据金针菇的生物学特性及其产品的商业目的而设计的，因此，栽培室又分为催蕾室、抑制室和发生室三部分。栽培时按菌丝发育阶段依次移入相应的栽培室。
（1）催蕾室。催蕾室是使培养料表面长出菇蕾的房间。菌丝长好后要立即进行搔菌，即把瓶口部位的老菌块扒掉，料面整理平，然后移到催蕾室。金针菇催蕾的适温为13℃～14℃（比培养菌丝的培养室要低），湿度保持在85％～90％。而且，房间要求黑暗，室内设有吸气孔和排气孔。吸气孔设在催蕾室两侧壁的墙脚处，长12厘米，宽15厘米，每隔1米设一个。而排气孔设于两侧墙壁的上方，做成30厘米见方，大约每隔2米设一个。在室内的上方设一个备用的排气孔。吸气孔和排气孔不仅可调节和控制室内的温度，而且可用来通风换气，保证催蕾室的空气新鲜。
标准的催蕾室室内应放菌瓶架子，这样就能充分地利用空间。使用的架子与培养室用的架子结构基本相似。催蕾室宽2．7米，左右两边排一个宽90厘米的架子，架子一般5层，每层间隔45～50厘米。通道宽90厘米，长度视瓶子的数量而定。每平方米可放240～270个瓶。
为了防止催蕾室干燥，保证催蕾所需的湿度，必须在室内使用加湿器。
（2）抑制室。抑制室是为了培养出整齐、圆整成束的金针菇而设置的房子，房内需要制冷机吹风。这个时期是金针菇整个栽培过程中要求温度最低的阶段。当菇蕾长至瓶口时，要求室内送入大量新鲜的空气，每隔2小时要通风15分钟，促使菇柄质地坚实。室温必须控制在3℃～5℃，湿度80％～85％，经过5～7天肉眼看到菌柄、菌盖时，再移入生产车间（发生室）。
抑制过程中，栽培瓶可放在地上，也可放在架子上。抑制室的宽度为2．7米和5．4米，所以菌瓶架宽度是90厘米和180厘米，通道为90厘米，每平方米可以排放32～64个菌瓶。
（3）发生室。是平常所说的栽培室，也就是菌种经过抑制后，当子实体高出瓶口2～3厘米时套上纸筒，使菌盖和菌柄生长达到采收标准的房间。
发生室的温度比抑制室要高，适温为5℃～9℃，湿度要保持在80％～85％。发生室的温度控制好坏关系到金针菇的质量好坏。发生室的温度只要稍微升高，金针菇就会变得很软弱，成“水菇”，呈淡褐色，质量下降，所以，在设计上都要考虑到保温情况。同时，发生室必须要有调节能力很好的制冷机，采收前，为了使菌盖和菌柄色白而干燥，就必须吹风。但吹风后势必使室内的氧气太足，造成菌盖变大而易开伞，因此，室内安装小型的换风扇较好。发生室排放的瓶数以每平方米180～200瓶为宜，一般也是使用架子栽培。为了便于套纸筒等操作，架子最好是排两行菌瓶的。
周年工厂化栽培的金针菇，一般只采收一潮就结束。整个生育期的天数视品种不同而异。
目前尚不具备工厂化大规模栽培条件的地区和单位，只能根据自然季节温度因地制宜地在普通房间内进行金针菇的栽培。菇房结构形式不拘，但应达到以下基本要求：即环境要干净、清洁，通风好，温湿度便于调节，遮光遮荫好。菇房要经常打扫干净，并熏蒸消毒，尽可能地减少杂菌污染。一般每百平方米可放置7000瓶（袋）左右。为了充分利用房内空间，可采用床架式栽培，这样既经济又合理。床架结构材料可视当地易取材料而定，可用毛竹、木材、水泥柱、角铁等。但要求床架牢固、安全，床面平整，长5～10米，宽1米左右。层间隔50厘米左右，层数以3～5层为宜。床架间通道60～80厘米。