一提起“阴阳五行”，人们一般会很快联想到旧社会专看坟地风水的“阴阳先生”，或在车站、闹市和街头巷尾给人看相、测字和卜卦的“算命先生”。于是，在一些人的心目中，阴阳五行似乎成了封建迷信的同义语；甚至中医学也被看作是故弄玄虚的玄学了。
阴阳学说，是我国古代的一种哲学思想，即朴素的唯物论和辩证法思想。阴阳二字在日常生活中是经常使用的。拿天气来说，有细雨绵绵的阴天，有晴空万里的艳阳天；拿日历来说，农历称阴历，公历称阳历。现代医学细菌培养有阴性菌和阳性菌之分，物理学中电极有阴极和阳极之分，化学中的离子有阴离子和阳离子之分，检查身体有阴性体征和阳性体征等等。由此可见，阴阳作为相对概念，是用来区别事物属性的。因为任何事物都具有既对立而又统一的两个方面。
阴阳学说在中医学中应用十分广泛，渗透在中医学各个领域。从人体组织结构来说，上部属阳，下部属阴；外侧属阳，内侧属阴；体表属阳，内脏属阴。从人体生理和病理来说，正常的生理活动，是阴阳双方保持协调的结果；如果阴阳失调，就要发生疾病。从疾病的诊断来说，诊断任何疾病，都要区别是阴证，还是阳证；而对于疾病的治疗原则，就在于调整阴阳以恢复其相对平衡。中药也是以阴阳为指导用于临床的。如辛甘发散药属阳，酸苦涌泻药属阴；味咸药属阴，味淡药属阳。
五行学说，也是我国古代的一种哲学思想，它从另一个侧面来说明事物的变化规律和内在联系。它认为，木、火、土、金、水是构成自然界的五种物质，其他任何事物都可以与其相比拟而归入这五类。例如：人体的心、肝、脾、肺、肾（五脏），筋、脉、肉、皮毛、骨（五体），眼、舌、口、鼻、耳（五窍）
等以及春、夏、长夏、秋、冬（五季），风、暑、湿、燥、寒（五气），青、赤、白、黄、黑（五色），酸、苦、甘、辛、咸（五味）等，均依次被归属于木、火、土、金、水。这五种物质以及按其属性所归纳的多种事物之间有着相互滋生、相互制约的关系，并处在不断的运动变化之中。将这种相互滋生、相互制约的关系用“生”“克”二字来表示。具体生克关系是：木生火，火生土，土生金，金生水，水生木，木又生火，……这种“生”的关系循环不尽；木克土，土克水，水克火，火克金，金克木，木又克土，……这种“克”的关系往复无穷。
总之，中医学将阴阳五行学说作为阐述人体生理、病理以及疾病的诊断、治疗等方面的说理工具，是中医基础理论的重要组成部分，与封建迷信毫不相干。