2004年3月，四通电子以6亿港元现金加5.7亿元可转债券的代价，收购了脑白金和黄金搭档的股权，并更名为四通控股。
四通这一次大手笔的资本运作当然有其附加的条件：史玉柱必须要保证黄金搭档生物科技的经营业绩。具体来说，就是除去税和股东权益后的利润，第一年不少于9000万元人民币，第二年不少于1.7亿元人民币，第三年也不少于1.7亿元人民币。如果达不到这个业绩，就要按照一定比例对四通电子进行赔偿。此外，史玉柱在五年内不能做与脑白金、黄金搭档有竞争的产品。
可见，这一次交易绝对是建立在双赢基础上的。
掌管四通
2004年5月16日，史玉柱以四通一员的身份参加了四通集团成立20周年庆典。在谈到与巨人投资公司史玉柱的合作时，段永基说：“史玉柱是四通最真挚的朋友。”
史玉柱在四通只有1元钱的象征年薪，但他说：“我不在乎薪水，只在乎把业务做好。如果有进一步的购并，我的股份还会上升。至今，我与董事会未谈到薪水问题。一次在提到这个问题时，我说就象征性地给一元钱吧，要等业绩出来后再谈。”
从史玉柱向四通控股只要1元年薪来看，其志显然不在于此。
有分析人士说，两次收购完成后，两大资本运作高手终于走到一起。从这个意义上说，史玉柱为其下一步进行资本运作构建了平台。当时，史玉柱直接或间接控制2家上市公司，11家企业。借用他人的话说，五年来，史玉柱为自己返回中国企业舞台而精心修炼企业资本链，既有战略性资金储备，也有对产业资金的控制，还有源源不断的市场融资渠道。
史玉柱说：“也有人认为我不会搞管理，但我自认为我的管理还可以。因为不管哪套管理，目的无非有四：第一，能让员工的积极性得到最大限度的发挥；第二，能让销售额最大化；第三，能让成本最小；第四，货款及公司是安全的。几年下来，这几个目的我们都达到了。
我们的员工流失率很低，现在的骨干基本上都是老巨人的。授权非常充分，配套的管理也非常严。春节前我们总结了一下，脑白金和黄金搭档有60亿的销售额，没有一分钱的烂账。这个行业20%的烂账是平均水平。
从支出方面，我们对市场、媒体研究得非常透。既然我们不缺钱，就可以一次签全年的合同，甚至钱一次到位，把价格降下来，吃回扣的可能性就很小。干部之间还有相互担保。谁吃了回扣，要被处以5倍罚款，担保人也要被罚款。这方面我们有一些技术措施。”
果然，2007年3月2日，四通控股董事会宣布，史玉柱辞去公司CEO一职，由四通控股主席及执行董事段永基暂时兼任，史玉柱将继续出任该公司执行董事，专职参与健康业务及发展的决策工作。
据四通控股方面表示，史玉柱由于个人投资的其他项目需要投入的精力日益增加，预计未能分配充足时间来照顾四通控股的所有业务，为了避免影响四通控股日后的整体发展，史玉柱做出了辞职的决定。而史玉柱辞去四通控股CEO一职后，将专心做《征途》网络游戏。
想着去投资
一位接近史玉柱的人士说，从史玉柱再战江湖那天开始，他就希望成为资本投资人。也许用史玉柱自己的话来佐证更为恰当，他曾经说：“手头钱太多就会想着去投资。”
实际上，从史玉柱决心在观众面前亮相的那一天起，他就一直兼备两个角色：企业家和投资家，只不过在其后的几年里，他的投资家色彩越来越浓厚。
在巨人投资有限公司筹备成立期间，史玉柱接受媒体采访的时候就讲过，新的巨人公司“将是一个投资控股公司，我将出任法人代表，以生物制药、保健品为主，还是私营企业性质。巨人的牌子还要用，尽管它存在着许多污点。我的主营产业一定只有一个，在无风险的大前提下以参股的形式介入其他行业”。
经过新一轮的打拼，史玉柱手上的现金越来越多。经历过失败的史玉柱特别害怕现金流断开，所以账上始终趴着5亿多元的现金。在项目投资方面，史玉柱一直很谨慎，他曾表示：“经营企业不求发展速度，但求安全第一……宁肯错过一百个机会，也不能投错一个项目。除了IT和保健品，其他坚决不投。”
过去，在巨人集团时代的史玉柱从不向银行贷款，直到巨人集团出现问题需要资金的时候，他才发觉民营企业从银行贷款有很大的难度。因此，巨人集团失败的教训让史玉柱改变了看法，他不仅向银行贷款，还干脆做了银行的股东，从此涉足金融业。
史玉柱认为：“银行的赢利模式非常清晰，就是贷款和存款的利息差。如果选择一个上市的银行，风险也不大，股市管着它，证监会管着它，不会出问题，就是出了问题，国家也会帮助它。”
投资家的身份
在很多人眼中，史玉柱的形象到了2004年前后才有了变化。在此之前，他一直是个靠广告狂轰滥炸来销售保健品的商人。直到他把脑白金和黄金搭档卖给四通，并且有越来越多的投资项目为外界所知，人们才惊呼：史玉柱变成了一个投资家。
这对史玉柱本人来说，是一个关键性的转变。他开始专心做起了投资。为了避免风险，他认定了主营产业只能有一个，而其他的任何行业都必须在严格的调研并确定无风险后才能参与。即使参与，也只是以投资的形式。他绝对不会再去经营自己不熟悉的业务。
事实也是如此，在史玉柱心中居于金字塔顶端的那些公司，不论是巨人投资有限公司、上海华馨投资有限公司，还是内蒙古阿拉善左旗聚鑫有限公司，都没有从事具体的经营业务，而是纯粹的投资公司。在巨人投资和上海华馨的经营范围里，实业投资都排在了第二项。史玉柱运用这些公司，搭建起他的企业王国。
史玉柱曾说：“搞投资的更需要低调行事，无须任何宣传，会更沉默。”因此，最擅长营销的史玉柱尽管让脑白金和黄金搭档的广告在电视上闪个不停，但对他的资本运作和项目投资却非常低调，往往是到了项目成熟之后，外界才知道消息。
投资银行
2001年1月，华夏银行的发起人之一——北京华资银团公司持有的发行人股份中，200万股被重庆市渝中区人民法院冻结。2002年10月31日，重庆市渝中区人民法院对这200万股股票进行拍卖，上海健特竞拍成功。
在此之前，2002年4月22日和7月31日，上海健特两次受让北京华资银团拥有的华夏银行发行人股份共5800万股；9月4日，上海健特受让华夏银行发起人首钢总公司持有的8000万股华夏银行股份。这样上海健特就一共持有了华夏银行1.4亿股股份，以持股56%位居华夏银行第六大股东。
华夏银行不是史玉柱投资的唯一一家银行。2003年9月9日和11月13日，民生银行原第九大股东北京万通实业股份有限公司分两次将持有的万股股份转让给上海健特，由于原第八大股东也将部分股份转让给了另外一家公司，上海健特成为民生银行的第八大股东。
对于投资银行，媒体多揣测史玉柱意图染指金融业，但史玉柱本人则表示对银行的投资纯属财务投资性质。“李嘉诚曾说过，投资首先是要看退出机制通畅不通畅，其次才是看收益高不高，我觉得很对，所以我想寻找的是风险不大、变现能力强的行业。基于这种认识，我投资了银行。”
按照史玉柱在2005年接受媒体采访时的说法，他在银行的投资收益相当不错。“我在银行业的投资三年翻了一番，有机会的话，我一定再增持华夏银行、中国民生银行的股份。”
三年翻一番，意味着史玉柱在这两家银行的投资三年的收益率达到100%，这是一个同当年史玉柱允诺的巨人大厦楼花收益率一模一样的数字。
华夏银行和民生银行真的具有如此强大的赢利能力吗？