准噶尔兵在西藏首次全歼入藏清军后，策妄阿拉布坦更加得意忘形，指使策零敦多布继续向东推进。他猖狂地叫嚣说：“我要夺取青海、云南的全部地区，中国的西部就变成我的天下了。哈哈哈……”康熙皇帝听到策妄阿拉布坦的计划后，决定出师消灭他。
可是，当主和派听到皇上要出兵西藏的消息后，立即提出种种阻挠进兵的理由。
康熙皇帝听了这些议论，十分生气，他说：“准噶尔叛匪都能冲破雪山草地，闯过急流险滩到西藏，我们英勇无敌的大军为什么不能。策零敦多布只要听说我大军赶到，一定会望风而逃。”
主和派受了康熙皇帝的批评，就不敢再说话了。
康熙皇帝又说：“大军到了那里，等秩序安定，真的达赖立定以后，或派一部分将士暂时留守，或者永久驻扎在那里，可以视当时的形势而定。平叛安藏大军是非派不可的，这事已不必再作商议了。”
“喳！”大臣们异口同声地答应着。
“好，下面开始作平叛布置。”康熙皇帝又继续说，“废除原先的达赖六世仓洋嘉措，封在青海坐床的罗布藏噶尔为达赖六世。”
同时，康熙皇帝又派自己的第十四个儿子胤禔为抚远大将军，率各路清军进藏平叛。
策零敦多布听说清军前来征讨，急忙摆开阵势迎战。两军在拉萨城外打得难分难解，不分胜负。
西藏的百姓和喇嘛早就恨透了准噶尔兵，他们在背后进行偷袭，使准噶尔兵腹背受敌，处境十分狼狈。
在清军一次又一次的猛攻下，策零敦多布终于抵挡不住，匆忙夺路逃走，逃回新疆伊犁去了。
得知清军获胜的消息后，康熙很高兴。他立刻又下旨说：“速派轻骑护送达赖喇嘛六世到西藏。”
康熙五十二年九月十五日，在布达拉宫举行了隆重的坐床典礼。
那一天，天气晴朗，红日高照。和暖的微风吹来，让人觉得浑身舒服。喇嘛们吹响长号，宣告庆典开始。
成千上万的喇嘛在布达拉宫门前匍匐叩首，诵经念佛。成千上万藏族百姓穿着节日盛装，载歌载舞，涌到布达拉宫前朝拜达赖六世。
清朝使节当众宣读康熙皇帝的诏书：从此以后，达赖、班禅既是西藏的宗教领袖，也是行政权力的执掌者。达赖负责治理前藏，班禅负责治理后藏。
清军在西藏地区获得胜利的同时，又回师新疆，招抚了准噶尔兵数千人。
自此，康熙集大军进兵安藏，大功告成。康熙没有忘记为安藏而舍身忘死的清军将士们。
第二年，他以无限欢欣的感情，作了一首《平藏将士》诗（白话）：去年从藏凯旋归，今天和众欢欣饮。万里辛劳班师还，欢声好似春雷响。
康熙皇帝排除主和派的干扰，坚定不移地粉碎了策妄阿拉布坦想要盘踞西藏的阴谋。确立了由达赖、班禅分别管理前、后藏，使中国西南部出现了一个较长时期的安定局面。
可是，正当康熙皇帝在西藏用兵时，内地又发生了有人在暗中传播民族意识、反抗清朝统治的事。
于是，康熙皇帝大兴文字狱。