噶尔丹一逃回漠北，就立即着手收集残部，重新整编，并继续招兵买马，扩充实力，准备东山再起。他还派人到莫斯科哭诉，请求沙皇俄国继续支持他。
沙皇本来唯恐清朝的天下不乱，见噶尔丹既然如此顽固地愿意背叛祖国，就又给了他许多的援助，让他继续捣乱。
康熙皇帝在乌兰布通战役后，并没有对噶尔丹穷追猛打。他说：“朕经过御驾亲征，体会到了在塞外用兵的艰难困苦。如果噶尔丹能安分守己，吸取教训，服从朝廷政令，就不一定要对他用武力。”康熙皇帝本着这样良好的愿望，多次派人去通知噶尔丹，叫他前来会盟，服从朝廷政令。
噶尔丹仗着背后有沙皇俄国做靠山，佯然拒绝了朝廷的邀请。他还派密使挑拨漠南蒙古的王公，叫他们也起来背叛清朝。
康熙三十三年（1694年），沙俄派人对噶尔丹说：“等到明年沙漠绿洲上长出青草，沙皇陛下就援助你火枪手1000人和车装大炮。”
“谢谢沙皇陛下！”噶尔丹一脸谄媚的笑，他卑躬屈膝地说，“我一定不会辜负沙皇陛下的栽培！”
送走了沙俄的信使，噶尔丹又嚣张起来了。他以为，有了沙俄的援助，就又能横行一时了。
康熙三十四年，噶尔丹又一次发动了叛乱。他扬言说：“我已经从俄罗斯借了火枪兵6万，将要一举踏平漠南蒙古！”
消息传到北京，清廷又一次展开争论。这一次，主和的仍然比主战的要多。不少人反复强调在塞北作战的困难，认为对噶尔丹这样的人还是以让步为妙。
主战的虽然是少数，但是态度都很坚决。他们都恳切地说：“皇上，臣等愿意在讨平噶尔丹的战争中效力疆场，万死不辞。”
康熙皇帝感动地说：“你们忠心为国、为朕，朕很感谢你们！这一次，朕决定再次御驾亲征！”他又对大臣们说：“朕深知在塞北作战的艰苦，但是事实上必须打这场仗。上次亲征，你们劝阻，只有费扬古赞成。结果是压制了叛匪的气焰，取得了空前的胜利。”
他见大臣们都静悄悄地不吱声，就加重了语气说：“现在噶尔丹卷土重来，对付的办法还是给他来个下马威！当头棒喝！”说完，他立刻做出了平叛安排：“朕决定分兵三路。东路以黑龙江将军萨布素为主将，率领东三省的主力部队，会同漠南蒙古科尔沁部作战。”
萨布素立即出列，应声答道：“喳！”
“西路以大将费扬古为主将，率领陕甘兵到宁夏，截断噶尔丹的退路。”
“喳！”
“中路由朕亲率禁军，到独石口，为东西路军压阵。”康熙帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋。但是，东西两路军还没有到达。
这时，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣听了，非常害怕，劝康熙皇帝说：“皇上，这里太危险了，咱们还是回北京吧。”
康熙帝气愤地说：“我这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代？再说，我中路一退，叛军全力对付西路，西路不是危险了吗？必须继续向前进兵。”
然后，又派使者去见噶尔丹，告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到康熙帝军营里十分壮观，漫天的黄旗随风飘扬。他感叹了一声：“康熙很懂治军之道啊！”噶尔丹不敢和康熙帝正面交手，连夜拔营撤退。
康熙帝一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。
噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多正好遇到费扬古军。清军占据有利地势，居高临下，用火枪和弓箭射击，直杀得叛军人仰马翻。正当叛军阵脚已乱，纷纷抱头鼠窜的时候，费扬古一声号令，清军骑兵举着明晃晃的大刀冲入敌阵。噶尔丹的妻子阿奴是出名的母老虎，她凶狠地率领叛军顽抗。但是，她哪里敌得过清兵。在一次近距离的肉搏中，阿奴的脑袋被劈成两半，倒地而死。
噶尔丹见妻子死于非命，吓得他无心恋战，赶快带着几名亲兵逃走。
噶尔丹从昭莫多逃走以后，丧魂落魄地想回自己的老巢伊犁去休养生息。不料，伊犁已被他的侄子策妄阿拉布坦夺占了。噶尔丹在城下苦口哀求说：“好侄子，让你的叔叔进去喝口水，暖和暖和吧。”
策妄阿拉布坦派人传话说：“全蒙古谁不知道叔叔是一头豺狼，喝干了自己兄弟的血来肥壮自己。如果我放你进城，恐怕我的骨头还得让你嚼碎了，你别做梦了！”
噶尔丹不得已，只好清点残兵败将，露宿在城外。这时候，他的兵已经不满三千，而且多数都已伤残，战马也所剩无几了。
这时候，他派人去请的俄国使臣格里高耶夫来了。噶尔丹就像给打了一针强心剂，脸上立刻有了光彩，他连声说：“快，快请格里高耶夫先生进来！”
一见到格里高耶夫，噶尔丹迫不及待地就问道：“格里高耶夫先生，您给我的火枪手和大炮带来了没有？”
格里高耶夫一脸沮丧的样子，迈着灌了铅似的两腿进来，生硬地向噶尔丹鞠了一躬，说道：“大汗，很遗憾我没能给您带来好消息。由于我国国内的形势和刚刚与大清帝国缔结的尼布楚条约，果洛文大臣命我代表至高无上的沙皇致意大汗，火枪和弹药目前均不便向大汗提供。”
噶尔丹的脸色一下子苍白得毫无血色。格里高耶夫又说道：“我本人和大汗的心情一样，我谨代表我本人向您，我尊责的朋友和主人，表示深切的同情和歉意，望你原谅。”
噶尔丹睁大眼睛，茫然注视着塞外肃杀的秋色、枯黄而稀落的牧草，良久，突然爆发出一阵狂笑：“叛卖，又是叛卖！哈哈哈哈……我在两天内，受到这样大的两次背叛，也算人生一大奇遇！哈哈哈哈……”
“我说过，我本人向您致以歉意。”格里高耶夫向前一步，不动声色地说道，“我们伟大的沙皇彼得，目前正集中全力解决俄罗斯西部和南部边境的政治问题。以您的聪明，当然会理解，我国有我国的困难，不能过多地干预贵国的内政。为表示我本人的同情，我仅以我个人的名义赠送大汗10支火枪和相应的弹药完成这一使命后，我将怀着遗憾奉召回国了……”说完，把下颏一摆，早有两名罗刹兵抬着个大箱子进来，放在地下。
格里高耶夫轻松地吁了一口气，耸耸肩，举起手杖说了声：“再会——祝你万事如意。”他竟站起身扬长而去。
噶尔丹气得浑身发抖，“呸”地朝格里高耶夫的背影啐了一口，骂道：“流氓！骗子！”
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解，康熙皇帝要噶尔丹投降，但是他不听，仍然继续顽抗。
于是，第二年春天，康熙帝第三次御驾亲征，到宁夏指挥战斗。这时候，噶尔丹已经众叛亲离。三千人的军队逃走两千多，只剩下五六百人了。他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，只好服毒自杀了。打那以后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。
清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。噶尔丹挑起的叛乱被平息了。可是，一波刚平，一波又起，原来噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦也是个野心家。他竞效法他的叔父，发动了又一次叛乱。