随着将士们的英勇作战，很快刘国轩就支持不住了，放弃了澎湖岛。这时施琅忍着剧痛登上澎湖岛，同时得到禀报说：“蓝氏兄弟一死一伤。”
施琅十分痛心，发誓为蓝氏兄弟报仇。
两天后，250艘补给充足的战舰直抵鹿耳门，鹿耳门是通往台湾的最后一道防线。刘国轩在此设防，施琅的舰队在鹿耳门港口前扎营，千方百计诱敌出战。这回，刘国轩可学聪明了，只守不攻，就不跟施琅交战。
第三天，海上起了大风。“这样下去不行！”施琅焦急地说，“风这么大，几天之内停不了。我们必须在今明两日破敌！”
姚启圣道：“鹿耳门不涨潮，船靠不了岸，还是得设法诱敌出战。”
“我去诱他们出船，”施琅果断地说，“从现在起，全军由姚启圣指挥！”
“这怎么行？你是主帅！”姚启圣一惊。
施琅微笑着说：“只要我亲自带舰假装进攻，肯定能诱他们出来！”
“可是，搁浅了怎么办？”姚启圣顶了回去。
“那你就截断他们的后路。就这样了！”说罢，施琅就点兵出战了。
果然，在临近滩头时，施琅的战舰搁浅了，刘国轩终于派兵向施浪围攻过来。
姚启圣见诱敌成功，依计含泪命军卒向沙滩开炮。
上了当的刘国轩眼见没了退路，就向施琅紧逼过来，他仗剑大笑道：“虽然战败，活捉了施琅也是一个大功！这鹿耳门百年才会涨一次潮，看你施琅还如何脱身！”苦战了一宿，到了凌晨，施琅的战舰上只剩下三名军卒。施琅苦笑着说：“看来，这里就是我们的归天之地了！”
忽然，远远地传来水声。“潮，潮来了！”施琅激动得大喊起来。
这时，海面上还逐渐起了大雾。“真是天助我也！”后方的姚启圣也是一阵惊喜，赶忙下令接应施琅。
刘国轩再没下令进攻，他瘫软在甲板无力地说：“这是天意啊！我们只有投降了。”
鹿耳门就这样被攻下，台湾门户大开，郑克塽只得投降，台湾终于被收复了。
在台湾等待前线消息的郑克地，突然见刘国轩犹如丧家之犬似的败逃归来，知道大势已去，台湾孤零零地没法守了，只好派人到施琅军前请求投降。
施琅接到投降书，一面继续对台湾进军；一面派人飞快地把降书送到康熙皇帝那里。康熙皇帝接到降书后，同意接受台湾投降。
这年八月，施琅率领的清军水师在台湾鹿耳门登陆，浩浩荡荡地开进台湾。郑克塽率领他的部属，全都剃发改装，恭恭敬敬地夹道迎接，交出了明延平君王的金印。
捷报一个接一个传来，康熙皇帝高兴极了，把那天自己穿的衣服脱下来，派人疾驰送给施琅。写诗赞扬施琅智勇双全，建立奇功，安定海疆，流芳百世。后来，又授予施琅靖海将军，封为靖海侯。
郑氏投降以后，对台湾究竟如何处置，朝廷中又展开了一场争论，一些目光短浅的大臣提出个莫名其妙的主张。
他们说：“台湾乃蛮荒之地，要它有什么用，只要把台湾岛上的人全部内迁，那个没用的小岛放弃算了。”
康熙皇帝认为这事首先得征求施琅和沿海督抚的意见，他特派侍郎苏拜到了福建。
施琅听说有人主张弃地迁民，觉得这个意见太离奇了，他立即给康熙皇帝上了一份奏章，详细提出中肯的意见。为了说明台湾的重要地位，施琅特地请人绘制了台湾与沿海四省关系图，附于奏折之中，请康熙皇帝审阅。
康熙的想法和施琅等人一样，主张留守台湾。为了统一大家的思想，就反复征求意见，做说服工作。
有一天，康熙接见了李光地，问他说：“如果台湾重新被外国人占领，将会对大陆的安全造成什么样的威胁？”
李光地不以为然地说：“皇上，这次收复台湾，臣亲临现场。臣认为，有皇上的声望，几十年台湾不会有事。”
康熙批评了李光地目光短浅的思想，并指出：“如果长久来看，台湾凭什么归我有？又凭什么保障东南沿海长久的安全？”
康熙又问汉人大学士王熙等意见。
王熙同意施琅的意见，认为：“台湾有地数千里，民众10万，其地理位置非常重要。放弃了一定会被外国人侵占，它会成为犯法作乱之人的藏身地，所以守为上策。”
过了几天，康熙派赴福建的钦差大臣苏拜的奏疏也已送到，意见与施琅大致相同。
至此，康熙皇帝决定不放弃台湾，而一定要把它治理好，使它成为东南沿海的一座重要屏障。
施琅认为郑克塽最后终于纳土投诚有功于国家统一，所以上奏章为他请赏。
康熙皇帝下诏令郑克坡携带族属和刘国轩、冯锡范及明室后裔朱桓等进京受赏。
康熙在台湾地方政权的建置逐渐完备，派驻重兵，增强了边防，促进了台湾经济文化的发展。