康熙自从有了周培公和图海的生力军，与吴三桂的战争就变了形势，吴三桂开始节节后退，很快就要支持不住了。康熙皇帝下令继续加强正面攻势，同时派兵绕道湖南南部深入广西，袭击叛军后方。经过这样的安排，战场上的形势开始转变，清军越战越多，越打越强。
吴三桂的力量渐渐削弱，他的处境十分孤立。即将覆灭的吴三桂，这年已经74岁，牙齿掉了一多半，走路也摇摇晃晃要人搀扶了。可是，他还不死心，一定要过一过做皇帝的瘾。
康熙十七年（1678年）春天，吴三桂终于扯下“反清复明”的遮羞布，公然在衡州自称“大周皇帝”，改元昭武，并大封伪官伪将。由于时间匆促，吴三桂连殿瓦也来不及换，就刷了黄漆，又搭了几百间庐舍算是朝房。
三月十五日那天，是吴三桂“登基”的日子。开始，天气十分晴朗，万里无云。不料，吴三桂刚坐上“龙位”，忽然一阵狂风吹来，转眼间满天全是乌云。接着，就哗哗地下起了倾盆大雨。只见“朝房”被连根儿拔起卷上了天，瓦上的黄漆也被冲刷掉了。吴三桂心里又急又气，懊恼地想：称帝这天怎么这么不吉祥，难道是老天有意亡我？这时，他的先锋官又带来了军队在战场上被清军打得大败的消息。吴三桂听了，又气又惊，一口气上不来，突然中风晕倒了。
从此，吴三桂就病倒了，再也爬不起来了。他饭也吃不下，水也喝不进，还发烧说胡话。一会儿说：“父亲救我！”一会儿说：“皇上饶命！”一会儿又一惊一乍地喊着：“永历帝来了，崇祯帝来了……”医生说他得了噎膈症，没有办法治了。
过了几天，吴三桂连嘴也张不开了，还并发痢疾，一天十几次把屎拉在裤裆里，成了臭不可闻的人。
8月17日，吴三桂终于一命呜呼，结束了他丑恶的一生。吴三桂死后，他的孙子吴世墦继续在云南称帝，拒不投降。
康熙二十年（1681年）十一月，清军分三路进攻云南昆明，吴世墦畏罪自杀。
一场历时8年之久的三藩之乱终于结束了。在平定三藩的战役中，康熙皇帝表现出了卓越的军事才能。他最终平定了叛乱势力，统一了南方。