1839年初，住在柏林路易森大街45号（今路易森大街60号）的卡尔·马克思开始撰写他的博士论文。这是他在柏林大学上学期间先后住过的七处地方中至今保存下来的唯一住处。这所房子前现在有纪念牌标志，供世界各地的人们前来瞻仰。
在加入俱乐部初期，马克思深深地被黑格尔那庞大的哲学体系所折服。但是，马克思始终都没有放弃对黑格尔那个虚无缥缈的哲学前提——“绝对理念”的怀疑态度，因为马克思早期受着资产阶级启蒙教育的影响，是个无神论者。
为了探索“绝对理念”，为了搞清楚究竟是精神作用决定社会发展，还是物质作用决定社会发展这一最根本的问题，马克思决定把它作为自己申请博士学位的论文主题。
在同一期间，马克思已经着手对同时代的黑格尔哲学进行批判性的评价；几年之后，他在《黑格尔法哲学批判》一文中继续这一工作。马克思写作博士论文的时候，他在研究黑格尔哲学的基础上，研究了古希腊哲学史，特别是研究了伊壁鸠（jiu）鲁派、斯多葛派和怀疑派哲学。这三派都是黑格尔所说的“自我意识哲学”，对当时的青年黑格尔派的影响很大，马克思也非常感兴趣。对于这三派的哲学体系，黑格尔和青年黑格尔派都曾进行过研究，但是在马克思看来，黑格尔只是大体上说明了这一体系的一般特点，没有深入研究个别细节，更没有看到这些体系对古希腊哲学史的重大意义。鲍威尔虽然对于三派的哲学给予了高度评价，但认为这些体系是自我意识发展的新阶段，但也没有达到对这些体系的深刻正确的理解。马克思认为，这些体系恰恰是理解希腊哲学的真正历史的钥匙，因而不能轻视它们。他阅读了大量的著作，仅在研究伊壁鸠鲁哲学时，他就写下了七大本笔记。
1840年下半年，马克思确定了他的博士论文题目，就是《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的差别》。马克思之所以选择这个题目，是因为在他看来，伊壁鸠鲁哲学和德谟克利特哲学是一种继承关系，青年黑格尔派与黑格尔哲学也是一种继承关系，他认为通过对德谟克利特哲学发展到伊壁鸠鲁哲学的研究，可以更进一步地理解青年黑格尔派与黑格尔哲学的关系，从而预知未来哲学的发展趋势。马克思还想通过对哲学史的研究，解决他一直思考着的一个问题，即哲学应该怎样对待外部世界的问题。
马克思的博士论文，没有拘泥于前人研究的框架，他以独特的视角重新审视两位思想家的自然哲学，突破了历史上的传统看法和当时流行的观点。
对于这两位思想家的观点，马克思更推崇伊壁鸠鲁的自然哲学。他十分赞赏伊壁鸠鲁的原子偏斜说，并把它解释成能动原则。他认为只有从这个原则出发，才能不畏神威、不畏宗教势力，才能改变不合理的世界。马克思博士论文的最大功绩是高度评价了伊壁鸠鲁哲学所具有的独特革命精神和深远影响，改变了人们对伊壁鸠鲁哲学的歪曲和误解，解决了一个在古希腊哲学史一直没有得到解决的问题。
马克思在赞赏伊壁鸠鲁的自由和能动原则的同时，对他的只能通过使个人脱离世界，献身哲学的途径来获得自由的观点持否定态度。马克思认为，伊壁鸠鲁脱离人与环境、哲学与世界的关系孤立地谈论人的自由，这就把自由抽象化了，而且也不可能通过把人同社会对立起来的方式实现自由。人不能脱离社会而孤立存在，只有把人置于社会之中，从他与周围环境的密切联系和相互作用中来加以考察，才有可能解决自由问题。
马克思的博士论文，还高度评价了伊壁鸠鲁对宗教的批判精神和战斗的无神论思想。在此过程中，马克思把自己的无神论又向前推进了一步。马克思在博士论文的序言中指出，哲学，只要它还有一滴血在它那个要征服世界的，绝对自由的心脏里跳动着，它就将永远用伊壁鸠鲁的话向它的反对者宣称：渎神的并不是那抛弃众人所崇拜的众神的人，而是同意众人关于众神的意见的人。
马克思认为，对神的信仰反映了意识发展的低级阶段，人的自我意识高于神灵，神是不能同人的自我意识相提并论的。神具有超自然的非理性的特征，如果这个世界对于谁来说是无理性的，那么也就是说谁本人是无理性的，从而对于这个人来说，上帝就存在。他的这种战斗的无神论思想，促使他后来向唯物主义的转变。总之，马克思的博士论文是他运用黑格尔辩证法分析重大理论问题的第一次尝试，处处闪耀着他那种既继承前人、又超越前人的革命批判精神的光辉。
1841年3月30日，马克思通过了柏林大学的全部考试，几年的大学生活就要结束了，马克思面临着毕业的选择。他打算在大学里谋求一个教职，以便保证自己以后能够从事哲学研究，并且和燕妮结婚。为了实现这个计划，他就必须拿下博士学位。但是，马克思要在柏林大学得到博士学位是很困难的，在选择申请博士论文答辩的学校的时候，马克思选择了耶拿大学，为什么呢？
原来，柏林大学处在普鲁士政府的直接蛮横控制之下。独立的学术见解都会受到打压，那些知识贫乏，见解保守，只知道传达官方思想的教授们无法接纳马克思的观点。另外，鲍威尔在当时是一个很有名的反对宗教统治的资产阶级的激进分子，曾撰写了两本批判宗教的书。在大学里，哲学的课程还属于神学系的附庸。鲍威尔的言行受到了当时各个大学神学系的敌视。所以，当鲍威尔被提名为波恩大学神学系的教授时，波恩大学神学系采取了完全排斥的态度，原因很简单，神学系怎么会客纳一个反神学的教授呢！
1841年4月6日，马克思将自己的博士论文寄给了耶拿大学。主持鉴定工作的耶拿大学哲学系主任巴赫曼教授对这篇论文激赏有加，他在马克思博士论文的推荐书中写道：“该候选人才智高超、见解透彻、学识渊博、建议授予学衔。”很快，耶拿大学便在4月15日授予了他博士学位，当时马克思只有23岁。