（1）控制温度。温度、湿度、沼气含量是柑橘贮藏的三大关键。贮果的呼吸强度，除与氧含量有关外，与温度也有很大关系。温度过高，超过20℃，贮果呼吸旺盛，烂果率增加，不利于贮藏。温度过低，会冻坏柑橘。用沼气贮藏柑橘温度一般控制在4℃～15℃，最好在8℃～12℃，尽量保持温度稳定，上下波动不要超过2℃。
（2）控制湿度。贮藏环境的湿度主要影响果实水分的蒸发。适宜的湿度是减少贮果水分蒸发、提高贮果鲜度和品质的一个重要条件。湿度较低，即干燥，果实的水分蒸发快，常会出现萎蔫状态；湿度较大，即潮湿，会引起病害而造成果实腐烂；湿度波动过大，会使环境中的水分在果品表面结露，增加腐果率，不利于保鲜。实践表明，用沼气保鲜柑橘，贮藏室相对湿度一般为90％～98％，最好稳定在94％左右。
（3）防火、防爆。沼气是一种可燃气体，1份沼气与20份空气混合后，遇火易产生爆炸事故。因此，严禁在贮藏室周围吸烟、点火。
（4）出库前注意通风。出库之前，应先通风3～5天，以便让柑橘逐步适应库外环境，以免出现“出风烂”。
（5）各地利用沼气贮藏保鲜柑橘时输入的沼气量差别较大。各地在利用沼气贮藏保鲜柑橘时，应根据品种、温度、湿度和贮藏装置等实际情况，经过试验后再确定单位容积输入的沼气量，最好经过头年小试后再进行扩大贮藏。