迄今为止，我国农产品批发行业仍没有一部全国统一的法律，而1994年国内贸易部颁布的《批发市场管理办法》现在已经完全不适用。缺少统一的法律造成了监管的混乱，商务部、全国供销合作总社、农业部等多部门都按照相应的规定来管理农产品批发市场。对批发市场监管的部门多，导致对市场的监管既有交叉，又有空白点。例如，对市场准入、退出上的监管也存在盲点，为不法商人带来了可乘之机，不少地方的房地产商以建设市场的名义圈地却转营其他；有些地方的批发市场即使长期经营亏损，甚至“有场无市”也照旧存在，造成资源的极大浪费。
2.批发市场的布局不合理，重复建设严重
就全国范围来看，由于缺少全国性的统一规划，导致地区间批发市场的布局不均衡，有些地区的数量过多，而有些地区的市场数量尚无法满足需求，如一些大、中城市已有不少成规模的批发市场，但仍在继续批建大型的新市场。根据2009年对全国主要城市农产品批发市场同业摸底，针对是否存在恶性竞争问题，调查显示北京、天津、上海、广州、西安、太原、郑州、成都等地出现了不同程度的农产品批发市场重复建设的问题，新建市场正在制造恶性竞争，争夺大型农产品批发商资源。重复建设不仅影响了一个城市的农产品交易秩序，进而影响的农产品价格，而且在一定程度上也造成了城市资源的浪费。相反，在黔北、川西南等西部地区，由于政府对农产品批发市场缺乏认识，相邻几个县都没有一个批发市场。
3.公益性定位不明确
长期以来，我国农产品批发市场承担着公益性功能，为保障城市农产品供应发挥着极其重要的作用，大中城市消费鲜活农产品的70%以上都通过批发市场提供，尤其在国家遇到重大危机的时刻，农产品批发市场在保障农产品的稳定供应方面发挥着巨大的作用。在发达国家，把农产品批发市场定位为一个公共设施，由所在地政府出资建设，通过招标的形式，委托市场管理公司来进行管理。然而，我国迄今为止，农产品批发行业还没有一部全国统一的法律，对农产品批发市场的地位进行明确的定位，更没有将其定位为公益性基础设施，直接影响了对农产品批发市场功能的界定以及其功能的进一步发挥。
4.配套服务设施不健全
我国农产品批发市场在先后经历了两次大规模的升级改造之后，基础设施已经有了很大的改善，基本都配备了农产品质量检测仪器，建起了冷库，建设了信息中心、检测中心、结算中心、安全监控中心、废弃物及污水处理中心等等。但是，多数批发市场的配套服务设施还不健全，在停车场面积、消防及安全设施、宣传设施、绿化以及饮食、住宿、运输、银行、邮电等等方面还都不完善。这些配套服务设施的缺少也影响了市场的运营，如缺少银行、邮电会在一定程度上影响电子结算的效率；停车面积不足、运输道路不宽裕则对市场秩序有一定影响等等。
5.交易手段落后
从全球的农产品批发市场来看，已经出现了多种交易手段，如欧美采用的协议交易、电话交易；日本的拍卖交易、通过中介组织交易；还有期货交易等等。而我国的农产品批发市场的交易手段依然落后，主要是以对手现货交易为主，也有部分批发市场采用拍卖交易，但多数的效果不是很好，同时，期货交易也在逐步兴起，但还没有占很大的比例。与发达国家相比，我国主要采用的对手现货交易方式的交易时间较长、效率较低，直接影响了批发市场的交易量、市场秩序以及环境卫生等。
四、我国农产品批发市场未来发展趋势
1.批发市场将成为农产品国际贸易的新平台
一直以来，我国农产品国际贸易的渠道以农产品进出口公司、农产品转口加工企业、国外零售集团采购为主。农产品批发市场开展国际贸易，一直没有引起各界的重视。起初是新疆、云南、广西、吉林、黑龙江等地区的一些延边城市的农（集）贸市场，自发开展农产品进出口贸易活动，由于管理比较粗放，交易设施简陋，发展速度比较缓慢。自2002年以来，我国农产品国际贸易形势好转，广州江南果菜市场、湛江霞山水产批发市场等一批以农产品进出口交易为主营的私营农产品批发市场迅速发展起来。2006年湛江霞山水产批发市场总交易额90多亿元，其中对虾出口占一半以上。2007年广州江南果菜批发市场总交易额152亿元，全国进口果品的80%来自该市场。同年，北京新发地农产品批发市场建立了进口果品厅，到目前已实现进口果品交易约40亿元。据不完全统计，我国经过农产品批发市场直（间）接实现的进出口贸易额已达300多亿元，成立成为农产品国际贸易的平台。
在国外，许多知名的农产品批发市场都是该国家重要的国际贸易平台，如荷兰阿兹米尔花卉交易所，是世界花卉的展示和交易中心，全球近80%的大宗花卉交易是在荷兰完成的。从2007年我国召开了第25届世界批发市场大会以来，我们感到，我国有许多具有资源优势和高品质的农产品，国外是比较欢迎的，由于批发市场交易集中度高，价格竞争激烈，采购成本低，国际采购方愿意在中国的农产品批发市场进行采购。因此，我国农产品批发市场完全有能力在未来成为国际贸易的新平台，扩大农产品国际贸易份额，发挥更大的服务作用。
2.销地农产品批发市场进入高度竞争阶段，未来将更趋于集中
近十年随着农产品消费的增长和政府政策对农产品批发市场的关注，农产品批发市场建设数量迅速增长。以北京为例子1999年前后，全北京只有不到十家规模不等的农产品批发市场，而今，全北京有近60家农产品批发市场。据不完全统计，全国目前共有4500家农产品批发市场，其中销地占3/5。并且各地批发市场反映，房地产商近两年在全国主要城市新建的农产品批发市场逾百家，地产升值是他们的根本目的，恶性竞争在各城市已开始造成影响。
在纽约、东京、伦敦、巴黎、悉尼等国际大都市，甚至是墨西哥城、孟买等发展中国家的都市，都只有一家超大的农产品批发市场，相比较我国的农产品批发市场太分散了。近两年，我国的南京、杭州等一些城市，也整合分散的农产品批发市场，摸着石头过河，建立统一的农产品物流园区，虽目前尚未显现出成效，但从长远来看，物流成本和管理成本都会降低，更利用城市进行合理规划，促进城市市场体系的协调发展，发挥资源的利用效率。
3.批发市场走品牌之路，谋求兼并整合
1999年，广东经济出版社出版了《市场化进程中的组织制度创新—“布吉模式”的创新价值及其对中国农产品流通体制改革的启示》，标志着我国农产品批发市场的发展步入品牌化阶段。果然，自2001年起，深圳市农产品股份有限公司借助上市的融资优势，先后在深圳、南昌、上海、成都、合肥、西安、寿光、北京、昆明、辽宁等城市控股和参股了共计21家农产品批发市场，将深圳布吉成熟的管理和建设经验结合各地区域特色，使其控股和参股的市场先后走出了各具特色的成功之路。无独有偶，北京新发地近年完成了股改，整装待发，2008年参加博鳌论坛演讲，并与美国小布什交流、合影；今年又筹备上市，并已参股河北一家农产品批发市场，开始了自己的品牌之路。
在国际上，葡萄牙国家投资公司以自己本国的农产品批发市场为根据地，自2001年开始先后非洲主要国家投资建立了9个大型农产品批发市场，使非洲的优质农产品通过葡萄牙走向了欧洲各地。另外，近年来法国伦吉斯市场频频到访中国，与中国一些地方的批发市场开展形式多样的合作，指导市场建设，进行管理和软硬件的输出，为中法国际贸易开拓新平台，为市场锁定新的利润区。我国各地一些优秀的农产品批发市场也积极创新自己的品牌，如江南果菜批发市场以进口果品为主营，不断完善市场设施，提升管理水平，特别是加强与东南亚国家的商务互访，吸引泰国总理参观市场，推动江南果菜市场面向东南亚树立建立品牌知名度，为深度开展国际贸易铺平道路。
4.服务功能不断拓展，第三代市场是发展方向
第三代农产品批发市场是国外首先提出的概念，但尚未提出明确的内涵。我们系统分析认为，批发市场的发展，一定要处理好几个关系：与城市之间的关系要和谐稳定；与环境之间的关系要环保和节能；与人文之间的关系要注重品牌声誉、诚实授信；与农产品之间的关系应当视其为生命；与经销商之间的关系应友好合作、长期共赢、服务周到；与硬件设施之间的关系是促进高效和便利，推动应用现代化。这就是第三代批发市场的发展方向。
5.批发市场未来数十年仍将是农产品流通的主渠道
自上世纪90年代中叶开始，以美国沃尔玛超市为代表的国外零售集团进驻我国，掀起了我国超市发展的新篇章。十多年来，随着我国城市化的发展，超市数量也迅速发展到7万多家。同时，物流配送中心、电子商务等一些新兴业态也迅速发展，农产品流通方式趋于多元化，市场竞争日趋激烈。一些专家开始怀疑批发市场是否将被取代。
从国际看，法国、英国等欧洲国家的农产品批发市场经过了近300年的发展，其农产品批发市场现在仍然占据重要的流通地位，如法国巴黎伦吉斯批发市场1971年建立，现在已走过了38年历程，目前是世界最发达的农产品批发市场之一。据悉日本在19世纪就建有农产品批发市场，1921年制定颁布了《中央批发市场法》，其发展早我国也近百年。去年日本市场学会专家介绍，目前日本农产品批发市场在农产品流通渠道中占有率是67%。
从我国的实际情况看，我国有2.3亿农户，400万不同类型的食品生产者，超市直接采购的成本太高了。并且从结算方式上看，超市为了保障新建超市的现金流，不得不采取月后结算平衡成本。不像各地农产品运销商，地头收货，现金结算，通过超载实现利润。这样比较适宜广大农产品生产者，收获了农产品，通过销售资金回笼，马上用于购买生产资料进行再生产，现买现结的结算方式农民容易接受。另外，从交易量和交易效率上，超市也无法取代农产品批发市场。我国一个中小型批发市场农产品日交易量在3000吨左右，这些交易大多是在夜间2点到5点完成交易并流出市场。而北京农产品交易量最大的连锁超市，农产品日交易量合计不到20吨。并且由于批发市场一个品类就有来自全国各地的多个产地供应，议价和集散功能都不是超市等其他业态可以替代的。因此，据北京某大型超市集团介绍，2008年其从新发地采购的农产品比例仍在50%以上，并且全国超市平均从基地直接采购的农产品比例不足30%。