企业合作对象的选择在一般情况下将分为两个层次来进行，它们分别是合作网络的选择和具体合作对象的选择。
第一个屡次的选择需要解决的问题是选择哪个合作网络，或者说，选择哪个合作企业群，合作网络的选择将决定今后企业合作行为发生的大环境与大背景，决定企业在市场经营中的能力层次。
与丰田公司的合作，就意味着中小企业参与的是世界著名汽车制造商之间的对抗。而与IBM公司结盟则意味着产品有相当市场能力，同时也意味着企业必须为一流的制造商提供一流的专门技术。同时，合作网络的选择在一定程度上还决定了下一步的具体合作伙伴的选择范围。因为，在企业合作关系中，企业选择合作对象时，首先需要考察的是新的合作对象对原有的合作是否构成危害，是否会损害网络的共同利益，影响自己与盟友的关系，是否会危及自己长远的利益。例如，迪斯尼、可口可乐和麦当劳这三者之间的联盟就决定了其中的任何一方都不能无视盟友的好恶与利益，与他们的对手发生交易行为。这种合作关系上的锁入效应要求企业在选择合作网络的时候非常慎重，而且，在选择具体的合作伙伴的时候，应该关注这一伙伴所在的网络及其盟友的情况。这如同选择婚姻对象时，人们对“门户”的重视。
第二层次的选择应该确定与何种类型的对象进行合作。企业在考虑合作战略时，应当和上游企业、下游企业、同行业企业、其他企业以及政府、高等院校、科研机构等其他组织进行合作。在知识合作中，企业可选择大学、研究性机构、研发型公司、政府部门以及其他企业等不同类型的知识组织作为自己的合作伙伴。在实际的合作过程中，这些各不相同的知识系统为组织提供各种知识资源，其合作的成本与收益也各不相同。
一、与大学和科研单位的合作
企业与大学和独立的科研机构（例如中国科学院等研究机构）的合作，尤其是研究与开发方面的合作是备受关注的“产学研合作”问题。此处我们主要讨论企业与大学的合作问题，企业和科研机构的合作有许多相似之处。
大学、特别是那些研究型大学是知识创新的重要源泉之一。他们拥有丰富的知识资源，可以为企业的技术创新和产品创新提供帮助。一般而言，大学在与企业的合作中，主要具有以下三个功能：为企业提供专门的技术支持；进一步延伸企业内部的研究；为企业提供窗口使它们了解正在成长的技术。
在企业与大学的一般合作关系中，大学所能提供的主要是一些非核心层的技术与知识，其资产的专门性程度较低。随着现代经济的发展和大学功能的变化，大学在企业界的作用以及企业在大学的作用都在发生变化。“学术研究能力的开发，本身就孕含着未来经济和社会发展的萌芽，它表现为人力资本、未编码知识和知识产权。把川流不息的知识转变成技术创新的新源泉，是大学学术研究的一项任务。这些新源泉也正在改变大学的结构和功能。这种潜在的资源只有通过体制改革，并成立技术转让办公室和有产业界参加的技术孵化器及各种研究中心，才能给产业参与者创造收益。从只侧重生产和传播知识，转向技术转让和组建公司，大学的重心发生了变化，并与生产部门之间形成了一种新的组合”，这是亨利-埃兹科维茨和劳埃特·雷德斯多夫在《大学与全球知识经济》这本汇集了对知识经济时代大学在经济发展中新功能探讨的新思想的著作中的开篇之辞。事实上，大学与产业之间的边界也在不断模糊。由于知识的资本化，由于知识的价值实现需要拥有知识的组织将其编码并市场化，因此，大学也参与到知识的直接商品化过程中。在与企业所结成的各种研究联盟中，在大学与其周围密布的中小高技术企业群之间的紧密互动中，大学寻求的是知识的有效商品化。从技术转让中获得显著收益正成为优秀大学的标志，“一个研究团自筹资金的程度不仅是衡量他们社会效益的标尺，而且也是评估他们学术地位的准绳。“事实上，大学和其他研究机构从技术转让中获得的收益正不断提高。因此，大学在长期知识积累的基础上，比过去更关注于应用研究、技术开发及其商品化，更重视市场的需要，重视企业的知识与经验，也重视企业的合作。
在这一环境变化中，企业与大学的合作会带来更为丰盛的收获。在这方面，由企业出资金、学校出技术建立联合开发中心是一条可行之路。例如，东南大学仅在“九五”计划期间就与企业联合建立了六个以高新技术项目为基础的联合研究院或研究中心（产学研合作基地）。它们分别是与南京熊猫集团合作组建的“东大熊猫电子研究院”，与深圳华为技术有限公司合作组建的“东大华为联合研究中心”，与无锡小天鹅洗衣机集团合作组建的“东大无锡小天鹅应用科学技术研究院”，与国家信息产业部电信科学技术研究院合作组建的“信息产业部电信科技研究院移动通信联合研究开发中心”，与南京跃进汽车集团合作组建的“跃进汽车集团研究院东大分院”以及与四川正保集团合作组建的“东大正保研究发展中心”。这些合作机构都是通过发挥双方的优势，在某一技术领域联合开发高新技术和产品的产学研基地，它们为企业与大学合作，科技与经济结合发挥了重要的作用。
产学研研究中心介于研究机构与企业或政府之间，保证了一部分有研究潜办的人专门从事研究与开发工作。而研究中心在一定程度上可以对大学的研究工作起引导作用。而且，研究中心本身是跨学科的。在这种网络状的中心中，技术的创新异常活跃，研究中心的直接目的就是技术创新和将技术创新商品化。
大学中类似的研究联合体还可以包括基于核心技术或基于多种产品和加工的研究联盟。这种联合体与研究中心的不同之处在于研究中心的核心是掌握了核心技术的研究机构，而研究联盟则是具有相当实力和技术的企业实体。
中国诸多的企业，无论是国有企业，还是民营企业。都与大学有密切的联系。特别是从高新、科研机构的大墙中走出来的知识企业，与大学更是合作紧密。他们往往与大学的某些研究机构，甚至是研究骨干个人有着密切的联系，通过合约、丰厚的报酬和深厚的私人感情，以虚拟的方式获得大学中的知识创新和研发人员的知识。对大学里优秀毕业生的争夺，特别是对那些与夫学的研究机构有着紧密互动关系的研究生的聘用，也是建立与大学合作关系的便捷途径。华为公司在1999年资助了南京大学、东南大学的学生科技活动，主办了南京地区的通信学科研究生学术研讨会，这些无疑会增强华为公司与这些高校之间的合作。而微软中国研究院成立不久，便到高校组织专题技术讲座，赠送教学软件，这些在赢得客户忠诚的同时，也建立与高校的良好合作关系。
此外，在中国，企业与大学的合作还有社会资本方面的收益。大学在社会公众和各级政府都有良好的信誉和发达的设会网络资源。通过与大学的紧密合作，企业可以获得信誉资源的溢出效应，提高自身的知识资源平台。这对于中小企业尤为重要。
在华跨国公司对中国大学资源的利用也是相当成功的，如飞利浦公司在华投资初期就与东南大学等高等院校紧密合作，而当在华投资不断取得成功以后，飞利浦公司则在高校投资建立研究中心，资助研究中心对专门技术的研究。而投资建立北京邮电大学——北方电信研究开发中心的北方电信公司则是跨国公司与中国大学合作的先行者。到1999年考初，仅在清华大学，跨国公司就建立了3个研究所、4个研究室、12个培训中心。
在某些情况下，企业与大学的成功合作实际上是大学的知识资产和知识资源（包括未编码知识、人力资源等）与企业的经营性资产整合的成功。如东南大学与无锡小天鹅集团共同投资建立的应用工程研究院，就是寻求知识资本与产业资本有效聚合的一种尝试。从1998年建市以来，东南人学无锡小天鹅应用科学技术研究院已取得了良好的运行效果。而北京大学计算机研究所与北大方正之间的紧密合作，是方正和研究所发展的共同动力，互相补充，不可或缺。
在与大学的合作中，企业对合作关系以及合作活动的有效管理是保证合作产出的重要条件。特别是当以非合约形式（如私人关系）建立合作关系时，往往难以有效控制合作研究的进度与质量，这一点企业在与高校的合作实践中应加以关注。
二、与专门性研发公司的合作
专门性研究—开发机构往往拥有资产专门性程度极高的知识资源（包括知识资产与未编码知识），因此，为了满足企业对这些专门资产的需求，与专门性研究公司的合作是必要的。在新兴产业，特别是像生物技术这些具有“干中学”特征的行业中，专门性研究开发公司的作用主要在于形成知识资产。在个人（或小组）技术发明与工艺改进基础上建立的专门研究公司，往往既具有开发潜力，又拥有市场前景的产品与技术，缺乏的是强大的资金运营能力和市场开拓能力。通过与这些专门性研发公司的合作，企业可以迅速获得知识资产，并能较快产业化。这种合作对于各方都足有利的，因为专门性研发公司的知识优势和资源优势主要集中在知识创新，但在商化所需的结构性资本、生产知识与营销知识方面却处于劣势。因此，企业，特别是实力强大的企业与专门性研发公司的合作，对研发公司而言，有利于实现知识投资的规模，加快产品开发上市速度；而对于大企业来说，可以快速形成新的优势，并能将企业累积的经营性资产、信誉和其他结构性资本等附加在新知识优势上，形成有竞争力的产品，更进一步提高企业在结构性资本和经营性资产上的投资同报，这实际上也是一种有效的知识扩散方法。
三、与政府资助的研究机构的合作
与政府资助的研究机构（它们中的一部分由政府主办）的合作，在企业的合作活动中也占有一定的份额。政府资助的研究机构拥有一些特殊资源，而这些资源则是其他组织所无法拥有的。这种特殊资源主要是研究机构与政府部门之间的紧密联系和在行业标准以及市场上的作用。国有研究机构和政府部门中的研究中心或技术推广中心，在影响行业标准和研究成果认定方面仍然具有其他组织不可替代的作用。这是企业努力发展与各级政府部门资助的研究单位合作的重要因素。
作为政府部门的研究机构，也拥有一定专门知识方面的优势，特别是在产业政策和技术发展态势方面的知识与经验相对丰富。在一些行业主管部门的研究机构中，大量的行业内信息资源也是这些研究机构的优势所在。
在中国，随着科技体制和经济管理体制改革的深入，虽然许多政府部门中的研究机构会逐渐转变为研究性公司，脱离原先与政府部门间的行政隶属关系，但是，这些研究机构的独特优势在一段时间内并没有受到太大影响。他们原来所具有的各种人力资源、信息资源优势依然会继续发挥作用。
四、与其他企业的合作
企业之间的合作是最主要的合作方式，其中包括与上游企业（供应商）的合作，与下游企业（供销商及客户）的合作，与同行业企业的合作以及与其他行业的企业之间的合作。
在与上游企业的合作中，需要解决的关键问题是培养上游企业与企业的信任。如果上游企业不信任制造商，将某些与制造商共同开发的技术提供给制造商的对手，那么技术外汇极可能导致供需链的断裂。因此，在培养上游企业技术水平的同时，企业必须培养上游企业对自己的信任，特别足对共同利益和长远发展的信心。只有有效地识别上游企业并帮助其随着企业的知识提升进行相应的知识发展，企业才能专注于自身的专门领域，保持经营优势。也正因为如此，丰田公司不断向它的上游企业提供技术、信息和知识方面的帮助，甚至还派专业技术人员到上游企业工作。
当企业成为一个合作网络中的技术整合者时，它就负有整个合作网络技术发展的组织与管理的责任。有意识地培养上游企业，管理与上游企业之间的平衡。关系是技术整合者必须承担的任务。只有这样才能维持与上游企业之间的长期合作关系，也才能从供需链中获得经营优势。
在与下游企业的合作中，选择合适的经销商是制造商们共同关心的问题。合作伙伴的奉献态度、协作意识、彼此信任的程度、沟通的质量、参与的情况以及通过合作方式解决冲突的能力都会对制造商与经销商之间的伙伴关系产生积极影响。也就是说，那些有一定的奉献意愿，能够在销售网络、销售能力和为下游企业服务方面努力投入的经销商，那些能够与制造商沟通、协作的经销商以及具有合作能力与诚意的经销商是可取的合作伙伴。此外，在选择经销商时，还应该关注经销商的信誉以及它在当地市场的社会资本情况。在市场分布上经销商的当地知识是市场开拓的基础，因此，选择当地的企业经销自己的产品至关重要。当然，组织文化上的相近也有利于合作奖系的发展。