企业间合作方式的确定是由合作各方通过多次互动、筛选完成的，且会随着合作目标与合作内容的变化而发生相应的变化。从这一意义上说，合作方式的选择是一个动态发展的过程，是合作方对外部环境和合作伙伴行为的一种反应，具有一定的能动性。虽然在合作关系中，存在着影响合作方式选择的诸多客观因素，但企业，特别是企业的高层管理人员对合作方式是可以选择的。在企业的合作实践中，合作的内容、合作的目标以及合作伙伴的情况对企业就合作面临的关系风险和绩效风险做出判断都有深刻影响，从而影响企业所采用的合作治理结构与管理方式。
一、合作目标
我们可以简单地将合作目标分为单一目标和多元目标。一般而言，单一目标，如获得某种特定的技术或技能，或共同完成某一技术创新活动等，往往采用战略联盟、许可证经营、联合研究或外部市场交易的方式。而当合作有多元目标时，则往往采用建立相对正式的关系，或采用一体化的战略，如联合经营或收购等。
在某些合作中，组织学习是首要的目标，需要学习的也不仅仅是某一专门技术。在这种情况下，相对较为松散的、非正式的合作关系反而有利于知识和信息的流动，此时，联盟、网络等就是较为合适的选择。相对而言，联合研究是一种最有助于在许多合作伙伴之间分享研究成果、交换技术诀窍、实现组织学习效应最大化的合作方式。
二、合作内容
企业对合作所涉及的知识，特别是技术知识和管理知识越熟悉，则越可以采用较一体化的合作方式，例如企业并购等。因为此时企业熟悉合作内容，可以有效地降低绩效风险。如果企业缺乏某一方面的知识，比如缺乏技术知识或管理知识，那么采用联合经营或联盟的方式比较有利于企业知识的补充，也有利于降低绩效风险。由于企业存在着能力方面的相互依赖与相互支持，股权联盟的方式有利于规避关系风险，从而保证合作的顺利进行。当企业对合作的知识与技术一无所知的时候，企业为了获得新知识以进入新领域，可以采用“学习型收购的方式”。采用学习型收购方式主要是为了获得掌握这些新技术与新知识的技术专家和管理专家。当然，企业在考虑如何获得新知识时，从成本的角度看，首选应是招聘专家，其次才是收购有关的公司。
三、与企业经营优势的相关程度
当合作围绕着企业的核心能力展开时，出于对企业核心能力的高度重视，企业往往采取控制程度更强的合作方式来保证合作的成功。当企业拟向合作伙伴输出企业的核心技术与能力时，企业往往采用合资的方式来保证对自己核心技术的控制。当合作伙伴拥有合作企业信心能力发展所需的知识时，合作企业也会采用合作时间跨度更长、关系更紧密的合作方式，如收购、合并或合资等，以保证获取核心知识。之所以采用这些股权联盟的合作方式，是为了尽可能避免当合作伙伴不合作时，有可能造成的企业核心能力的损失。
当合作主要涉及的是企业的非核心知识时，企业可能会采用成本低廉、更具有弹性的合作方式来获得知识和技术。例如，不少公司就是通过交叉许可证经营的方式从对方获得各自所需的非核心技术。
四、技术的生命周期
一般而言，新技术的潜在市场拓展能力应高于成熟技术，但同时新技术的不确定性也具有一定的风险。但是，其潜在的收益相对而言也就较为长久。成熟技术往往具有较低的市场拓展能力，相关合作行为的不确定性相对较小。也就是在成熟技术领域，由于其他竞争对于的存在和市场价格的明晰，关系风险相对较低。因此，企业在处理涉及新技术的合作时，往往采用股权联盟的方式，如合资、收购等；而在处理与成熟技术有关的合作关系时，则喜欢使用非股权联盟的方式，采用弹性较大的合作方式，如外部合同方式等。
五、产品开发的不同阶段
一般而言，在研发的早期阶段，其绩效风险和关系风险都相当高。关系风险高的重要原因在于技术的编码程度较低，而研发的贡献又难以明晰；绩效风险高的主要原因在下技术前景不明，投入与产出都不甚明了。在研发初期，需要企业投入较多的专门性资产，且这些资产有可能覆水难收。因此，在研发活动早期，企业往往采用非股权联盟方式来进行合作，其中较为普遍的方式有联合研究、技术交流、战略技术联盟等。在离产业化阶段较远的研发活动中，企业甚至还会与对手进行联合研究；或充分利用大学、科研机构、专门性研究公司的人力与实验设备，用合同委托研究项目的形式来进行合作研究。例如惠普公司建立之初的实验就是在斯坦福大学完成的，作为对大学的回报，惠普公司为其提供研究资助。中国一些中小型民营科技企业往往能够成功地运用合作研究来降低早期研发阶段的成本与风险。在有些情况下，在长期合作的基础上，多家企业（如供应商——制造商的伙伴）会参与并共同资助研究网络，以齐心合力尽快获得新技术。
在研发阶段的后期，特别是在商品化阶段，由于技术相对稳定，其中的不确定因素有所下降，企业往往会采用股权联盟的方式来控制这一技术。由于缺乏市场开拓的必要投入能力，企业之间会采用合资的方式来促进技术的有效商晶化，尤其是在两个合作伙伴之间规模或实力不对等的情况下。
六、资产的专门性程度
资产的专门性程度是对合作方式影响较大的一个因素。正如我们在前而分析中所指出的，资产的专门性程度越高，其所需投入的专门资产也就越多，而这种专门性资产的生产率相对而言也会高于一般性资产。显然，此时专门性资产的投资风险会高于一般性资产的投资。如果所在行业的规模经济效应显著，那么企业持续在专门性资产上的投资，能够为企业带来投资收益规模递增的可能。在这种情况下，企业采用股权联盟的合作策略是比较有利的。企业可以采用收购、合并、合资的方式来控制这些专门性资产。这种内部一体化的合作方式在企业间围绕高专门性资产进行合作、存在较高关系风险、且关键企业有足够的协调与管理能力时，将较为合适。但是，如果企业之间存在着较高程度的相互信任，那么企业的关系风险则可能低于绩效风险（因为专门性资产上的绩效风险较高，企业面临着投资无法收回，有高风险），此时采用网络式合作方式将更为有利。因为建立在相互信任基础上的网络合作方式的协调与管理成本都较低，且入盟企业能够保持相当的弹性与市场应变能力。
企业在一个规模经济不明显的行业中，一般较多投资于一般性资产。在这种情况下，绩效风险相对较低，而关系风险则上与彼此的信任程度有关。如果彼此相互信任，可以较多的采用松散的联盟方式。但是，如果彼此之间明显存在着机会主义风险，那么实际的合作方式选择就是一种以合约为基础的生产联盟与网络。这种网络能够实现对一般性资产的最佳组合与充分利用，能够通过合约基础上的重复交易来节约交易成本，增加企业生产与经营的柔性，提高经营效果。
七、知识的未编码程度
未编码知识是企业核心能力的重要组成部分。由于未编码知识及其传递特点，围绕未编码知识的合作往往不同于基于编码知识的合作。知识的未编码程度越高，知识传递的成本就越高。这一方面是由于未编码知识的接受难度较大（因为只有具有类似经历与经验的企业才能较好地接受未编码知识，并将其有效整合到自己的知识体系中；不具有类似经历与经验的接受方则可能难以理解并有效吸收未编码知识）。另一方面是因为未编码知识的编写与外化会给知识输出方的核心能力带来不利影响。同时，知识的未编码程度越高，相对而言合作中的关系风险也就相对较高。这种关系风险既来自输出方知识奉献方面的机会主义，也来自接受方对未编码知识的攫取动机。此外，未编码知识的价值衡量与贡献评价也具有相当的不确定性。由于上述种种原因，企业会偏好选择股权联盟的方式来控制未编码知识，采用合资、并购等方式来获取/扩散未编码知识。事实上，只有在长期、紧密、利益一体的合作中，企业才能围绕未编码知识与技术诀窍进行有效合作。企业很难用外部市场交易的方式获得未编码知识，因为未编码知识的获得是一个“干中学”的过程，一次性的短期交易是难以获得有价值的未编码知识的，而企业也不会向一个“陌生人”去传授未编码知识。
虚拟联盟
虚拟联盟实际上是合作联盟的虚拟化，我们可以这样来理解虚拟联盟：在非股权联盟中，当联盟中的合作者大量增加，每一个入盟者都不能在联盟中起“垄断”作用，且这些合作者间的关系呈网络形式时，非股权联盟就演变为虚拟联盟。随着联盟成员以几何级数增加，每个联盟成员的作用将日益模糊，但同时联盟成员间的依赖性却进一步增加。
我们称一些特殊的合作网络为一个虚拟联盟是受到了虚拟企业思想与实践的影响。虽然我们现在还不能精确地定义什么是虚拟联盟，因为我们见到的虚拟联盟的范例还不多，我们对虚拟联盟的特征还不能充分和准确地加以把握，但是，直觉告诉我们：从虚拟合作的角度看，就像虚拟企业是储蓄一个企业的功能一样，虚拟型网络则是模拟企业与企业之间合作功能的一种特殊的非股权式战略联盟。