巴纳伊巴河发源于巴西马拉尼翁州、皮奥伊州、戈亚斯州和巴伊亚州四州交界处的库鲁帕以南约50千米处，河流先由南向北流，然后转向东流，继而再转向北流，在巴纳伊巴市以西50千米附近注入大西洋。流域位于西经41°30′—45°58′，南纬3°00′—10°13′之间。河流全长1700千米，流域面积35万平方千米，多年平均流量2300立方米/秒，年径流深220厘米，年径流总量725亿立方米。
巴纳伊巴河左岸支流主要有：巴奈比尼亚河、巴尔萨斯河、若昂河、马古河等；右岸主要支流有：里奥济纽河、沃尔塔河、乌鲁苏伊普雷图河、古尔盖亚河、伊陶埃拉斯河、卡宁德河、波蒂河和龙加河等。尽管巴纳伊巴河水能资源非常丰富，但到目前为止，兴建的大型工程只有博阿埃斯佩兰萨水库，该工程大坝为土石坝，最大坝高53米，水库总库容45亿立方米，水电站总装机容量23.8万千瓦，工程于1964年开工，1970年完工。