癌研究早在1983年日本政府就提出“癌研究十年计划”，由东京大学、东北、大阪等大学参加，并与美国有关研究机构合作，集中对致癌原因、诊断方法、治疗途径三方面进行研究。研究还涉及生物化学、遗传学、核物理学等学科，东京大学的医学科学研究是该项研究中的中坚力量。
社会科学研究分理论研究和比较研究两方面（由社会科学研究所和东方文化研究所承担），另外特别集中对中国问题的研究，东方文化研究所12个部中就有9个部在研究中国问题，从远古到中华人民共和国。有关的学部中也有不少有关中国的系科专业设置。
法学部为东京大学历史最老，也是声望很高的学部，日本历史上很多政界要人均出自该学部。设有民主、公法、政治学三个系，附属部门有外国法文献中心，近代日本法政史资料中心。
文学部设文学、史学、语言学、行动学四个系，附设文化交流、北海文化研究两实习实验部门。该学部亦出过众多名扬日本的文学家、诗人、俳名作家、艺人等明星。
经济学部仅含经济学、经营学两系，附属有日本产业经济研究室。
教育学部设教育学、教育心理学、学校教育、教育行政、体育和健康教育5个系，附属学校有中学、高中各一所。
医学部有医学、健康护理学两系，附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室，两所附属医院，附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部的外科，特别是脑外科在世界上十分有名。
理学部设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学九个系，附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。
工学部是东京大学最庞大的学部，含有23个系，几乎覆盖了所有的工程学科，包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算等领域的众多学科，还设有一个工程基础系，一个原子能工程研究和综合试验场。
药学部只含药学、制药化学两系，附设药用植物园。
农学部开设农业生物学、农业化学、林业学、水产学、农业经济学、农业工程、兽医学、林产学8个系，附设有农场、实习林场、牧场、兽医院、水产实验场、绿地植物实验场等实习实验设施。
教养学部负责全校低年级学生的公共基础课，下分综合文化、地区文化、社会科学有关学科、系统自然科学、自然科学有关学科5个系，并设有美国研究资料中心、语言文化中心、数理科学研究室等。
研究生院及研究所
研究生院
设有人文科学、教育学、法学与政治学、社会学、经济学、综合文化、理学、工学、农学、药学、原子能、数理科学等15个研究科，共分100多个专业研究方向。研究生院又具有学部的教学功能，它设有为本科生和研究生授课的教研室一类组织95个，分属于10个相当于系一级的机构中。
研究所
东京大学的科学研究力量强大，机构众多，共有11个研究所和17个供全校乃至全国共同使用的研究中心。
医学研究所在明治时期由痘苗制造所、传染病研究所、血清药物院三部分组成，后三家合并为传染病研究所由内务省管理，战后改名为医学研究所置于东京大学管辖之下。它是东京大学以及日本大学中相当有名的研究所，把传染病、癌以及其他特殊疾病的有关病理和治疗的研究作为主要研究对象。研究的内容有细菌、病毒、寄生虫等病原物特征特性，致病的病因机理，致病生物的细胞学、分子生物学，遗传病的发生原因、规律及治疗，癌的发生发展，抗癌手段等一系列当前医学上的重大理论问题和应用问题。共设有25个研究室，附设有实验动物饲养、动物致病试验、微生物菌株保存、遗传基因破译、分子病研究等部门，亦有一所附属医院。该所有许多人员因医术高明、学业有成在世界上享有盛誉，杉村隆因在胃癌研究中心对癌细胞突变、致癌物的研究成绩卓著，曾获日本文化勋章。在致癌物研究方面知名的人物还有松岛泰次郎等人。
地震研究所是日本该领域唯一的研究所。1925年设立，理论研究项目有地震波，地震发生机理，火山，海啸，海底地震等；应用研究上有地震、火山、海啸的预测预报，抗震建筑，地震探矿等，还设有强震预测中心和地震预报观测中心，在全国各地设立有近20个地震、火山、海啸观测所（站）。
东方文化研究所致力于东方文化的综合研究，下分泛亚、东亚、南亚、西亚等研究室。其中以对中国的研究最为全面，力量最强，资料十分丰富，研究涉及政治、经济、军事、文化、艺术、历史等领域，附设有东方文化文献中心。
社会科学研究所从研究范围上分为两方面，一是社会科学的综合性研究；二是重在比较方面的研究，目光瞄准当代国际社会，从当代政治、法律、经济、社会文化等方面进行全球的比较研究。还设有供外来人员参加研究的现代日本社会研究室。
史料编纂所是历史悠久的史料馆，负责史料的研究、整理编辑和出版。上至古代、中世纪到近现代的史料，古书散乱记录，特殊史料均在整理编录之内。
应用微生物所研究常见微生物的基本特性及应用，包括发酵工程遗传育种及保存，酶、抗生素的生物合成工程，活性研究，基因转换等，附设有微细藻类综合中心。
生产技术研究所前身是东京帝国大学第二工学部，主要从事军工产品的生产和运用，现为东京大学规模最大的研究所，设有44个工程技术研究室，其中多元数值信息处理工程研究室为客座教员研究室。并附设有千叶实验场，计测技术开发中心，尖端材料开发研究中心，灾害减轻国际工程研究中心，特殊电子学研究中心等机构。
宇宙线研究所进行天体物理研究，包括超高能量的强相互作用、弱相互作用，中子物理、宇宙线的观测及研究等。
原子核研究所着重于原子核及基本粒子的实验研究以及有关的基本理论研究。研究内容有原子核瓜，放射能，高能粒子加速器装置，中子测定，高能粒物理，原子核测定装置等。其中超高真空学、中间能物理为吸收外国研究学者的客座研究室。
海洋研究所是日本该领域唯一的研究所，承担海洋方面的综合基础研究任务。有海洋的物理、气象，海洋的化学、生物学，海底结构及地质，海洋的生态，海洋微生物，海洋资源环境调查，海洋渔业开发等研究室，并拥有两艘海洋考察船。
物理研究所进行材料特性实验研究及有关理论的研究，如物质极限特性、浓缩性、放射性、新材料开发等。其中固体特性、极限特性等二室为客座教员研究部门。
这些研究所中，宇宙线所、原子核所、海洋所、物理所为全国共同使用的研究所。除此以外，东京大学还有3个全国共同使用的大型中心：大型计算机中心，据称是世界上最大的计算机中心，装有8台新型M—200H电子计算机系统，容量大，外围设备齐全，分时系统能力很强。由文部省直接支持，为文部省所辖大学服务，这样就构成了以东京大学为中心的京都计算机网络，统筹计算机的使用和调度。全京都的大学教师和学生都有资格成为用户，为大学的教学和研究提供了方便的条件。
东京大学文献中心，1968年改名为“学术信息中心”，收集全国各大学的学术研究信息，为高校的学术情报提供服务。
气候系统研究中心，根据气候模型进行气候系统的研究，有4个重点学科。
这些全国性的共同使用机构，由文部省投资进行设备更新和组织人力，吸收外来人士，包括国外研究学者和国内其他大学教员，设备对外开放，实际上已成为全国性的科学研究中心。
特色看点
东京大学是所历史悠久的著名大学，它保持着传统大学的多学院、多学科特征。目前全校的学科差不多全是老学科，办学水平很高，几乎所有学科均能授予硕士和博士学位。东京大学对新建学科和教学上的改革持慎重的态度，他们认为必须保持学校的一贯传统，不要人云亦云，方能办出高质量和自己的特色。
“以质取胜”“以质取量”是东京大学的办学目标，全校教职员工认为保持学校的稳定和学术上的高水平是维系学校尊严和荣誉所不可缺少的。因此他们在培养人才方面着眼于高质量，为达到这个目标，他们采取了一些措施：为控制学校规模，不宜把学校办得过大，以维持学校运转的高效率，目前一直把本科学生人数控制在15000人左右；强调大学在搞好教学的同时，开展科学研究，多出世界前沿的学术成果；精心选择，建设一支高质量的教授队伍；教学上强调基础知识教育，规定四年制大学生必须有两年时间在教养学部学习共同必修基础课和一部分专业基础课；建立导师带研究生制度，对研究生严格要求，同时充满爱心，悉心指导等等。
入学资讯
入学要求
个人简介，学习计划，成绩单和日语水平。
入学期限
第二年4月和10月的奖学金申请人于当年3—5月接受入学，详情咨询相关部门。
费用及奖学金
本科生研究生（其他博士课程）硕士（法学博士课程）研究学者入学费282000日元282000日元282000日元学费/年520800日元520800日元804800日元