克伦威尔掌权之后，由于资产阶级和新贵族对劳动人民剥削日益加重，国内阶级矛盾逐渐尖锐，封建残余势力也蠢蠢欲动。克伦威尔于1658年病逝后，他的儿子理查·克伦威尔继任护国主，但不久就被迫辞去职务。资产阶级新贵族为保护既得利益，开始与旧势力妥协，保皇势力借机活动。不久，查理一世的儿子查理二世复辟了斯图亚特王朝。查理二世复辟前曾发表过《布雷达宣言》，表示决不对参加过革命的人进行报复。但当登上王位后，他立即背弃了《布雷达宣言》，对革命进行反攻。他宣布，凡参加过审判其父查理一世的“弑君者”均不得赦免，必须从严惩办，连已死去两年多的克伦威尔也不放过。
1658年，克伦威尔死时，他被当作皇室人员盛葬在西敏寺大教堂。1661年1月30日，克伦威尔的尸体被复辟分子从教堂墓穴中挖出来，装上木架，拖曳游街后，再套上镣铐，吊在绞刑架上示众。示众一天后，尸体被放下来，再将头颅割下来，挂在杆子上，尸体则被放在一个洞穴里。最后，他的头颅被钉在西敏寺教堂墙顶的长钉上，一直钉在那里达25年，25年后的一次暴风雨将该头骨吹落下来。后它被人收藏起来，几经辗转之后，被下葬在他的母校剑桥席德尼萨克塞斯学院。具体埋葬地点对外保密，没人知道。
拿破仑的两处安葬地
1821年5月5日，拿破仑病死在圣赫勒拿岛上。生前他曾立下遗嘱：“我希望能够把我的骨灰安葬在塞纳河畔，安葬在我热爱的法国人民中间。”他的遗愿当时没有实现。英国人就近将他葬在岛上的玛加多花园中，墓地旁边有两棵柳树和一眼泉水。法国政府曾多次向英国交涉，要求取回遗体，英国一直没有同意。直到1840年，英国向中国发动鸦片战争时，为了联合法国共同对付中国，才同意归还拿破仑的遗骸。
法国政府为拿破仑举行了隆重的改葬仪式。为此，法国政府拨款100万法郎，并派国王的弟弟率拿破仑的遗臣及两艘军舰去圣赫勒拿岛恭迎拿破仑遗骸。1840年12月15日，拿破仑的灵柩运回巴黎，数以百万计的巴黎市民迎候在道路两旁，在当年拿破仑为炫耀自己战功下令建造的雄伟的凯旋门下，法国的文武百官和巴黎显贵盛装列队恭候。当几匹高头大马牵引着的华丽马车载着拿破仑的灵柩缓缓经过凯旋门时，数百万巴黎人民噙着泪水，目送灵柩，场面十分感人。法国国王及王室重要成员亲扶灵柩，将它送进残废军人院。
残废军人院原是1671年由法国国王路易十四建造的伤残病医院。后几经扩建，成了一组完整的建筑群，外围是四层高的楼宇，中央是圣路易教堂和圆顶大殿，加上前后的广场、花园和林阴大道，显得十分雄伟和肃穆。拿破仑当政时，曾将它改建为战时救济中心和军事博物馆。拿破仑的灵柩就放在该院高105米的圆形塔楼下。圆顶内分为2层，上层环边分成6个圆阁，分别安放拿破仑两个弟弟、一个儿子和四名元帅的骨瓮。下层正中是一个很深的圆形地穴，拿破仑的棺椁雄踞中央。地穴四周刻有12个雕像，分别代表一次光辉的战役。拿破仑的雕像穿着加冕时的冠服，威武雄壮。前来参观的人必须俯视方能看到拿破仑墓。含有英雄到此尽低头之意。据说，当时的设计师为此绞尽了脑汁。第二次世界大战时，纳粹德国攻占法国后，希特勒曾来这里参观，留下了一张俯视拿破仑墓的照片，确实使人感受到了这层含义。
拿破仑的棺木极为考究。棺木外椁用赭红色的斑岩雕成。它的基座是青灰色的云石，这是古罗马人用来殡葬皇帝的用料。法国人为寻找赭红色的斑岩费尽了心机，他们跑遍了意大利、希腊和法国，最后找到了俄国，从200余块石料中挑选了15块，每块重200吨。仅运输它们就用了一年的时间，又花了两年时间切割、雕琢，才把它们做成外椁。外椁内包着6层棺，分别由橡木、乌檀、两层铅、桃木、铁板做成。
在拿破仑墓后的一块石碑上，刻有“我希望能够把我的骨灰安葬在塞纳河畔，安葬在我热爱的法国人民中间”的著名遗言。拿破仑的遗愿最终得到实现。
末代沙皇死后的故事
1917年，俄国二月革命胜利后，临时政府将尼古拉二世及其家人扣留在彼得格勒郊外的皇村，后移至远离首都的托博尔斯克。十月革命胜利后，苏维埃政权于1918年4月，将尼古拉二世及其家人押解到乌拉尔山东侧的叶卡捷琳堡。
1918年5月，发动叛乱的捷克兵团和白俄罗斯军队开始逼近叶卡捷琳堡。7月，这座城市已处在叛军的包围之中。当时的苏维埃政府认为尼古拉二世随时都可能被叛军救走，因此决定立即处决尼古拉二世及其家人，以免后患。1918年7月17日深夜，尼古拉二世和皇后，以及4个女儿和1个儿子，还有保健医生、厨师、男女仆人共11人被集体枪杀于一个地下室里。随后，其尸体被运到郊外林间空地掩埋。
末代沙皇一家被处死后不久，围绕着处死过程中留没留下幸存者的故事便出现了，而且故事接连不断地出现，故事内容越来越具体，使人眼花缭乱，真伪难辨。
最早的故事出现在尼古拉二世一家被处死后的第19个月即1920年2月，当时德国柏林的警察从兰德韦尔运河中救捞出一个女孩。女孩说，她叫阿娜斯塔西娅，是尼古拉二世的小女儿。在她和她的家人被处死时，她受伤昏死过去，醒来时，发现自己睡在一辆马车上，是两位当地农民在运尸体时，发现她还有呼吸，便救了她。他们决定把她运出俄国，送到安全地方去。他们先来到罗马尼亚首都，后又去了德国柏林。到柏林后，两位护送她的农民失踪了，女孩举目无亲，感到绝望，便决定投河自杀，没想到又被救捞上来。这消息在当时引起不小的轰动。女孩长得很像尼古拉二世的小女儿，对皇宫里的故事知道得很清楚，她的双脚的拇囊炎肿也与尼古拉二世小女儿的位置相同。沙皇之妹认定她就是尼古拉二世的小女儿，但沙皇家族的许多亲戚却说她是个骗子。这个女孩对她的说法坚持了六十多年，直到1984年去世。这期间，电影界还将她的戏剧性的故事搬上了银幕。最后，经过专家用DNA技术验证，她真的不是尼古拉二世的女儿，而是一个波兰农民的女儿。
也是在1920年，有一位漂亮的女孩从西伯利亚向中国方向跑去，结果被逮捕并判处死刑。这个女孩说，她是末代沙皇尼古拉二世的女儿，当时的苏俄政府无法证实她的真实身份，于是，将死刑改为有期徒刑，免去了一死。
第二次世界大战结束之后，又盛传起尼古拉二世之子的故事。
在德国的乌尔姆，有一位名叫阿列克谢的红军少校自称他是“沙皇的皇储”，是在1918年7月17日枪杀时逃脱出来的。在美国有一个叫斯科领代尔的，他也称他是“沙皇的皇储”。他还用“阿列克谢”为牌子经营伏特加酒，一时成为抢手货，使他发了一笔财。不过这两人后来都承认他们是说谎。
1994年，西班牙一位名叫亚历克西斯的亲王宣称他是尼古拉二世小女儿的孙子，是当今活着的唯一的沙皇的后裔。据说，梵蒂冈和欧洲有些人士都支持亚历克西斯亲王的说法。但是，尼古拉二世的小女儿是否在枪杀时得以逃脱，目前尚无可靠的根据，所以，亚历克西斯亲王的说法也值得怀疑。
使人不解的是，1998年7月17日，俄罗斯政府为尼古拉二世举行的隆重葬仪上，确实没有皇储和他小女儿的遗骨，是没找到，还是有其他原因？目前尚没见到令人信服的说法。1993年7月，美国一家报纸的一则报道更给这一情况披上扑朔迷离的色彩。报道说，当时枪杀尼古拉一家时，射出的子弹打到孩子的身上都被反弹了出来，后来发现孩子的衣服上装有8公斤钻石，而这些衣服又是紧身胸衣，因而起到了防弹背心的作用。正因如此，有可能有的孩子未被击中要害而侥幸活了下来。这样说来，有关尼古拉二世后代的生死故事还会出现。
末代沙皇的葬礼
1991年7月，一位名叫阿夫多宁的俄罗斯人公布了一则令世人震惊的消息，说他13年前就发现了沙皇的遗骨。阿夫多宁原是叶卡捷琳堡地方志博物馆的工作人员，他借工作之便，查阅了大量有关沙皇的资料，访问了许多知情老人，最终认定沙皇遗骨埋葬在叶卡捷琳堡市郊过去的一条偏僻道路附近。随后，他和他的朋友阿波夫一起找到了这条道路，并开始寻找。1978年6月1日，他们在距叶卡捷琳堡18公里处的一片林间空地上，发掘到3颗头颅，经判断，他们坚信这就是沙皇和他家人的遗骨，但鉴于当时的形势，他们没敢公布自己的发现。
这则发现沙皇遗骨的消息，不仅引起世人的关注，也引起俄罗斯政府的重视。为了确定沙皇遗骨的真伪，俄罗斯政府拨款34万美元进口了用于尸骨鉴定的先进仪器，还成立了专门的委员会。经过俄罗斯专家多方面的验证和鉴别，到了1994年，终于在先后发掘的11具遗骸中，确认出其中9具是属于尼古拉二世及其家人和随从的。为了慎重起见，俄罗斯政府还请了美国和英国的权威科学家帮助鉴定。科学家采用了目前世界上最先进的DNA技术，他们先从遗骨上取下一些基因物质，再从分散在世界各地的沙皇和皇后家族后裔的身上取下的基因进行比较，结果发现，属于沙皇遗骨的DNA成分与沙皇兄弟的十分相似，而皇后的基因与她家族中的菲利普亲王的则完全一致。专家还利用电脑三维动画组合技术，对颅骨进行复原造像，结果发现，被认定的沙皇、皇后及其三个公主的头颅成像与他们生前的照片完全相同。至此，人们确信这些遗骨就是沙皇一家的遗骨。
1997年11月7日，俄罗斯副总理涅姆佐夫正式向外界宣布了这一消息。1998年2月，叶利钦总统亲自宣布，俄罗斯政府决定于沙皇家族被枪决后80年的1998年7月17日，以国殇仪式安葬他们的尸骨。
要为尼古拉二世一家遗骨举行安葬仪式的消息传出后，莫斯科市、圣彼得堡和叶卡捷琳堡都出面争夺安葬权。三座城市各自述说自己的理由，互不相让。最终，只好由总统拍板定在圣彼得堡。
1998年7月17日，葬礼在圣彼得堡市郊的彼得保罗要塞大教堂举行。俄罗斯政府总统和高级官员、尼古拉二世的亲属和英国肯特亲王麦克尔以及一些国家的外交代表共数百人参加了葬礼。
中午时分，教堂大钟鸣响，尼古拉二世和他的皇后及三个女儿的灵柩由仪仗队缓缓抬入教堂大厅。被杀的沙皇的医生和仆人的四具棺木也被放在大厅内。
葬礼仪式由神父主持，先是点燃蜡烛、唱颂歌，接着叶利钦总统发表讲话，随后，沙皇一家的灵柩被运到教堂中叶卡捷琳娜副祭坛一侧事先挖好的土坑中，这里安葬着彼得大帝以来的历代沙皇。下葬时鸣放了19响礼炮。参加葬礼的皇室成员向沙皇灵柩抛撒白色细沙和五彩花瓣。俄国历史上最后一位沙皇的遗骨在被人淡忘了80年之后，又被隆重地安葬，这恐怕是人们没有想到的。
对于这次备受世界关注的沙皇尼古拉二世的安葬仪式，评说各异。在俄罗斯有巨大影响的东正教神甫没有参加葬仪，因为他们对遗骨的真伪有怀疑。俄罗斯的共产党人则认为尼古拉二世是一位迫害人民的专制君主，不应该为他举行葬仪。国会议员则认为，政府不该不顾老百姓的疾苦而花费八十多万美元去埋葬这些死人的遗骨。老百姓对此则反应平淡。