（第一节）种蛋的收集
产下的蛋，应立即收集。因为鸟蛋在野外的时间越长，暴露于有害因素中机会就越多，对孵化率的影响也就越严重，所以应尽早尽快收集。如长时间暴露于阳光下及在炎热的环境中时间过久，都会对鸟蛋产生不良影响：
（1）在炎热的环境中，即使没有鸵鸟抱窝孵化，但当环境温度升到孵化温度时，受精卵也会发生细胞分裂和胚胎发育。但是，这时环境温度不稳定，会影响胚胎发育，导致孵化率下降。
（2）即使有母鸟抱窝，如长时间暴露于阳光下，过高的环境温度也会使鸟蛋内部温度升高而使胚胎死亡。
（3）当环境温度和湿度适合微生物生长时，微生物会大量繁殖，而蛋污染的机会可能会大大增加。
（4）在野外无人看管时，有些动物可能偷食鸟蛋。
鸟蛋在由车辆、船舶、飞机等运输工具长途运输时，尤其应该注意以下几点：
（1）蛋应以干布擦拭干净；
（2）装蛋箱应垫以泡沫塑料或棉花；
（3）检查气室，确保气室朝上；
（4）在运输工具上也应垫加泡沫塑料。因反复摇晃颠簸会破坏鸟蛋的内部结构。
（5）箱子外面应涂以白色油漆以防止热辐射。
（第二节）种蛋的清洗
清洗目的是保持蛋的清洁与干净，防止微生物污染。即使蛋基本干净，但只要稍微有点脏，也必须清洗。假若蛋太脏，应以含消毒液的温水，轻轻地用软毛刷刷洗，以防止可能发生的污染。最好用流动的温水（40℃）清洗。在盆里清洗时每洗一个蛋后应换水，而且盆子也应彻底清洗。也可以在温水中加一些含氯或含碘的清洁剂。整个清洗过程不要超过2～3分钟。清洗后让其自然干燥。
清洗后禁止用湿布擦拭。因为湿布很可能含有许多微生物而增加污染的机会。禁止用冷水清洗，因为如蛋内温度高于水温，蛋内容物就会受冷收缩，导致脏水吸入蛋内而造成污染。
另外，也应防止搬运时的污染。我们的手往往带有许多微生物，所以在手接触鸟蛋前，一定要用含清洗液的温水洗手。
蛋的清洗必须在贮存前进行。干净的蛋可直接贮存。但无论如何不要刮擦蛋壳，以免微生物通过蛋壳破损处侵入蛋内而增加污染的危险。
（第三节）种蛋的贮存
一、湿度
平胸鸟类的蛋在贮存时，应保持较低的湿度。湿度过高时，往往会孵出肿大的、湿漉漉的小鸟，所以贮存时湿度不要偏高。贮存湿度以13％～18％为宜。
二、蛋的摆放
贮存时，蛋一般是侧放，但有些往往以气室向上贮放。我们建议还是以侧放为佳。
三、翻蛋
在孵化时翻蛋是一项必需的工作，但在贮存时是否需要翻蛋尚有争论。已有研究证实，贮存时翻不翻蛋都无关紧要，因为贮存时受精卵基本停止了细胞分裂和胚胎发育，关键是要严格控制低温低湿。
四、贮存室的要求
首先，应建一凉爽、通风、无污染贮存室。美国jamea Sluarl博士建议做一个装有冰块的简易贮箱。箱底及四边放置冰块，并以夹板与鸟蛋隔开，以防止融化水或冷凝水接触鸟蛋而造成污染或损害。注意温度低于18℃。
五、熏蒸
熏蒸应在贮存前进行，没有被污染的蛋不必熏蒸。
六、贮存注意事项
从蛋的产出至孵化这段时间，蛋的发育与成熟是一个非常重要的阶段，直接影响孵化率并最终影响经济效益所以应加强管理。
（1）产蛋后尽早尽快收集，可防止外界环境中不良因素的影响。
（2）在运输工具上放置泡沫塑料，运输时多加小心。
（3）破损蛋要丢弃以免交叉污染。
（4）蛋应放在相对凉爽、干燥处，最多不超过两周（最好是一周）。也可放在冰箱或恒温箱内，但要保持适宜湿度。如条件允许，也可放在带有冰块的贮蛋箱内，但必须每天更换冰块，以确保温度在13～18℃。
（5）蛋要侧放。
（6）禁止翻蛋。
（7）用加有清洁剂的温水清洗鸟蛋，再以干布擦净，最好不要冲洗。
（8）搬运时要时刻保持清洁卫生，尽可能防止污染。
（9）贮蛋室应凉爽、干净、通风，温度为13～18℃。