泥鳅受精卵孵化方式因获得受精卵的方法而有不同。
附着受精卵的鱼巢可采用多种方法孵化，一般用经石灰清整消毒过的鱼池均可，不必另设孵化池。如果数量集中而较多时，应另建孵化池。孵化池面积宜为15平方米的长方形，四周建高出地平30厘米池埂。每池可育50万尾泥鳅苗，如有微流水条件，密度还可增加。这种池青蛙是最大敌害，应防止青蛙侵入和蝌蚪生成。所以应在池上覆盖草席，既防青蛙进入，又防阳光直射。另外也可采用网箱孵化。孵化网箱用聚乙烯网布制成，面积以5～10平方米为宜，箱壁高出水面30厘米。网箱可设在静水或微流水处，水深不超过50厘米，孵化密度为500粒/升水左右。静水中密度适当减小，微流水中密度可增加。如经过脱黏处理，也可在孵化缸、孵化槽、孵化环道孵化。具体采用何种形式按规模大小而定。人工授精卵可用孵化缸孵化，密度以500～600粒/升水为宜。孵化用水要预先经过沉淀、过滤，防止泥沙污物及敌害进入。
采用纱框承卵的，承卵纱框浮起后可作为孵化框。纱框承卵可安放或自由飘浮在静水或微流水池中孵化。
也可采用浅筐或用砖垒，或挖地成坑后，在其中铺填塑料膜，用作亲鳅产卵兼受精卵孵化池。还可设计成立体式、多层的工厂化孵化育苗车间。