此后不久，李鸿章有机会纠正自己关于外国政府并不关心传教士问题的观点。在他担任直隶总督一年后，我们发现他参与起草了中国给法国政府的一个通告，其中提出了一些合理的（但对法国政府来说是不能接受的）建议，管理各省的传教士的工作，以预防可能因此出现的国际纠纷。
这些建议中最重要的是（1）明确国内传教士的法律地位，制止国中之国的不幸后果，这个后果由传教士自己和国内的皈依者不受当地政府管制所导致；（2）要意识到严格检验皈依者的品格和过往经历的必要性。
虽然许多没有偏见的观察家立即接受了这些建议，但欧洲各国的外交部和新闻界并没有给予鼓励。阿礼国爵士严厉批评在1858年的《天津条约》中以武力强加给中国的“默认条款”，谴责说“为了使这个国家转向基督教信仰，在一个商业条约中附加改变宗教信仰的作用是徒劳的。”他预见到这种做法最终会成为“引起不信任的原因和动乱的因素”，中国随后的历史不幸地实现了这个预言。基督教教会中的激进派确实要对不幸的中国人民造成的麻烦和苦难负责。密吉先生客观地指出，在分析1900年义和团运动爆发的原因时，中国政府在1871年抱怨的不幸“正在逐年增加，暴力和杀戮不间断地交替发生，外国传教士和中国人民的情感在加速恶化。近年来中国政治承担的后果具体的表现形式是领土掠夺，中国人已经有了丰富的使国家强大、使人民善良的这种宗教的经验。”
李鸿章作为中国外交关系的主导者，持续关注着这个问题。法国在中国成为基督教保护国（德国人有争议）的历史太长太复杂，以致现在不能讲述；说它在中国纯粹的国内行政事务中导入了一个新的而且高度危险的因素就足够了。反教权的法国坚持违背中国的意愿，在中国领土上保护基督徒的权力，没有比这景象更强大的实例可以引证，传教活动可以被一个有侵略性的政权用于政治目的。
1885年中法战争结束时，李鸿章希望消除法国对中国境内的罗马天主教教会事务的政治干预，因此他劝说教皇派遣一名大使到北京，并同意任命一位中国大使去罗马教廷，以便和中国当局面对面地把天主教的代表团安排得更加正规合理。为了达到这个目的，他派遣了一位值得信任的代理人秘密出使梵蒂冈，这位代理是一个叫约翰·乔治·邓恩的英国天主教教徒。邓恩先生还被授权提出北塘大教堂这个令人烦恼的事件，这个俯瞰宫殿的建筑物令慈禧太后和朝廷十分震怒。将它迁移到到另一处的提议早就进入议事日程。尽管付出了巨大的代价，最终这个问题在朝廷和拉扎里斯特代表团双方都满意的情况下得到了圆满解决。但是出于法国声称是罗马天主教代表团的保护国，法国政府对此事的武断态度，使中国人更急于把一名教廷大使安排到北京。
一段时间以来，李鸿章为了这个目的进行的谈判（通过邓恩先生用电报的方式）似乎要取得成功；但是教皇最终被迫收回了他的批准。法国政府给教皇发了最后通牒，威胁要对法国的教会进行严厉的报复，他不得不让步。这件事再明显不过地表明，宗教为了政治目的而贬值了，它也增加了中国人对传教士活动的怀疑。如果李鸿章在以后的时间公开嘲讽欧洲列强对各自宗教宣扬的关注，谁还会指责他呢？
德国政府明显是因为政治上的原因，在1882年不再允许法国对德国传教士行使宗教保护国的权力；它坚持要这些人通过德国代表团拿出他们的护照。这个问题在1886年安泽尔主教被任命到山东后变得尖锐。梵蒂冈被迫于1890年批准了这个新程序，不过由意大利政府提出了类似安排遭到了否决。这种以宗教名义发生的不合礼仪的纠纷，使得不幸的中国当局处于相当窘迫的境地。
德国驻北京大使赫尔·冯·布兰德在与安泽尔主教的相处时直言不讳地说，对传教士的“保护”是政治资产，德国不打算把它交给其他任何列强。安泽尔主教是一个诚实的人，分清了作为一个忠诚的德国人应尽的职责和作为一位牧师对教皇利奥八世应尽的职责，他毫无掩饰地表达对法国保护国的偏爱。在最终决定自己的行动方向之前，这位主教向教皇咨询，李鸿章抓住这个机会给红衣主教兰波拉写信，建议做一些安排以规范基督徒在中国的地位。他仍然期望看到一位教皇大使来到北京，后者能够不求助于战马、步兵和大炮来解决宗教问题。梵蒂冈与返回中国的安泽尔主教的态度，都倾向于鼓励这种希望，但李鸿章和罗马教皇都无法克服法国的坚决反对。
1891年10月，法国政府施加压力，劝告梵蒂冈放弃派遣一位教廷大使携带信件和礼物去见中国皇帝的计划。在中国的罗马教会的激进分子仍然是非宗教性外交目标的辅助工具，李鸿章被迫承认他的努力是毫无希望的。这是为一项事业进行的毫无结果的谈判，这次所有的正义都在中国这一边，所有的不公正都在对方那一边，这毫无疑问地使他随后怨恨传教工作；值得称赞的是，他并没有将全部的怨恨发泄到某个特定的传教士身上。另外，尽管他未能到达国外，大大地简化中国政府对内部事务的控制，但他在总督的职位上仍然坚定地、成功地维护了法律和秩序，并坚持了消除所有与外国列强摩擦事由的国内政策。
后来，在甲午战争和李鸿章被解除直隶总督之后，维新派动荡的精神，充满“西学”的自豪，开始显示缺乏知识是一件多么危险的事，康有为用粗糙的理论扬言要以一场破坏迷信的暴动影响整个政府结构，大多数保守文人学士在这些破坏性的影响中找到了传教士传播罪恶的新证据。
康有为政治上的太平盛世的设想，明显是受李鸿章的热情的启发，卢梭、密尔顿和其他欧洲作家所主张的政府原则，直接适用于治愈中国腐败的情形；许多教会学校通过世俗的教育方法来促进了维新观念的发育已是公开的秘密，他们的教育完全不适合学生在现有的社会制度下扮演有用的公民的角色。李鸿章虽然充分了解这种新危险产生的原因和本身的性质，但他在思想上仍然保留了足够的宽容，没有谴责基督教在世俗教育中出于好意却犯下的错误。
李鸿章意识到，在教会学校中产生的破坏性因素不像日本纯世俗大学所产生的精神产品那么不受约束，具有革命性。一方面，学生们吸收有关民主制度和人权的粗糙思想，另一方面出现了通过采用无政府主义性质的手段反抗当局的总体趋势。李鸿章敏锐地预见了这一切；他意识到，中国政治经济制度的旧瓶子里装不下这种新酒，而新酒的引进又是无法阻挡的。他对改革者，甚至有革命倾向的人的态度是坚定的，但是因同情和伤感而有所软化。1871年，他提议为受到西学教育的人设立一个对外事务研究机构，同时开设文职官员的特殊考试，如果这个建议在当时被接受的话，对付维新派就容易多了。1898年，慈禧太后用严厉的措施暂时解决了这个问题；但李鸿章的政治判断又一次得到了证实，他去世十年后，在1911年的革命中——这是一次起义，由一群受过公务教育而没有可能做官的不满者发起。
从整体上看，李鸿章作为外交家和政治家的生涯，明显不同于他那些最着名的同僚（如南京和武昌的两个总督），最大的不同是清醒地认识到这样的事实：改变是不可避免的，明智的选择是及时准备迎接改变的到来；可用于这种准备的工具很少而且不适当。他同时代的人通常没有认识到清朝行政体制改革的必要性，也没有面对任何紧急情况的心理准备。如果你愿意成为一群盲人中的独眼领袖，那么这只眼睛就必须有着非凡的视野。