为了预防苹果腐烂病的发生，除了加强栽培管理，增强树势，提高树体抗病力外，就是抓住关键时期，喷施药剂预防。春季发芽前，全树喷洒40％福美砷可湿性粉剂100倍液，或40％福美砷可湿性粉剂与腐殖酸钠1∶1混合后喷施100倍液，或用300～500倍菌毒清。对重病园或重病树，在夏季（6～7月）落皮层开始产生时，对主干、主枝、大枝中下部容易发病的部位涂刷上述药剂，或在11月上中旬再喷洒1次上述药剂，预防效果十分明显。
在苹果幼树上预防腐烂病应特别注意对剪锯口的保护，在修剪时，随时用灭腐灵原液、腐必清原液、843-康复剂或石硫合剂原液等涂抹，可有效地控制腐烂病在剪锯口处发生。