圆斑根腐病先从须根开始变褐枯死，逐渐蔓延到肉质根，围绕须根的基部形成一个红褐色的圆斑，病斑进一步扩大，并相互融合，深达木质部，致使整段根变黑死亡。在发病过程中，由于病根反复形成愈伤组织和再生新根，致使根部病健组织交错，表面凹凸不平，形成此病特有的根部症状。由于根部受害，地上部也表现出异常现象。
苹果树上可表现出四种症状：
①萎蔫型：枝条生长衰弱，叶簇萎蔫，枝条失水，严重时皮层皱缩。②青干型：叶片骤然失水青干，在青干与健全叶肉组织交界处有明显红褐色晕带。③焦枯型：叶片尖端或边缘枯焦，而中间部分保持正常。④枝枯型：与地下部烂根相对应的少数骨干枝呈带状坏死，皮层变褐下陷，后期皮层崩裂，易剥离。该病7～9月是发病盛期。
确诊根部有病后，以树干为中心开挖3～5条放射沟，以主要根系的分布而定沟的深度。选用下列药剂：80％五氯酚钠，每株150～250克，掺50～100倍细土撒入沟内，或对水250倍浇入沟内。70％五氯硝基苯，每株250克。70％甲基托布津可湿性粉剂，每株100～150克。波美1度石硫合剂，每株50～75千克。0．2%～0．5％硫酸铜溶液，每株50～75千克。用药后覆土即可。