（二）依照水污染防治法的规定，向水体排放污染物的，按照排放污染物的种类、数量缴纳排污费；向水体排放污染物超过国家或者地方规定的排放标准的，按照排放污染物的种类、数量加倍缴纳排污费。
（三）依照固体废物污染环境防治法的规定，没有建设工业固体废物贮存或者处置的设施、场所，或者工业固体废物贮存或者处置的设施、场所不符合环境保护标准的，按照排放污染物的种类、数量缴纳排污费；以填埋方式处置危险废物不符合国家有关规定的，按照排放污染物的种类、数量缴纳危险废物排污费。
（四）依照环境噪声污染防治法的规定，产生环境噪声污染超过国家环境噪声标准的，按照排放噪声的超标声级缴纳排污费。排污者缴纳排污费，不免除其防治污染、赔偿污染损害的责任和法律、行政法规规定的其他责任。
第十三条负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门，应当根据排污费征收标准和排污者排放的污染物种类、数量，确定排污者应当缴纳的排污费数额，并予以公告。
第十四条排污费数额确定后，由负责污染物排放核定工作的环境保护行政主管部门向排污者送达排污费缴纳通知单。排污者应当自接到排污费缴纳通知单之日起7日内，到指定的商业银行缴纳排污费。商业银行应当按照规定的比例将收到的排污费分别解缴中央国库和地方国库。具体办法由国务院财政部门会同国务院环境保护行政主管部门制定。
第十五条排污者因不可抗力遭受重大经济损失的，可以申请减半缴纳排污费或者免缴排污费。排污者因未及时采取有效措施，造成环境污染的，不得申请减半缴纳排污费或者免缴排污费。排污费减缴、免缴的具体办法由国务院财政部门、国务院价格主管部门会同国务院环境保护行政主管部门制定。
第十六条排污者因有特殊困难不能按期缴纳排污费的，自接到排污费缴纳通知单之日起7日内，可以向发出缴费通知单的环境保护行政主管部门申请缓缴排污费；环境保护行政主管部门应当自接到申请之日起7日内，作出书面决定；期满未作出决定的，视为同意。排污费的缓缴期限最长不超过3个月。
第十七条批准减缴、免缴、缓缴排污费的排污者名单由受理申请的环境保护行政主管部门会同同级财政部门、价格主管部门予以公告，公告应当注明批准减缴、免缴、缓缴排污费的主要理由。
排污费使用的有关规定
《排污费征收使用管理条例》规定：第十八条排污费必须纳入财政预算，列入环境保护专项资金进行管理，主要用于下列项目的拨款补助或者贷款贴息：（一）重点污染源防治；（二）区域性污染防治；（三）污染防治新技术、新工艺的开发、示范和应用；（四）国务院规定的其他污染防治项目。具体使用办法由国务院财政部门会同国务院环境保护行政主管部门征求其他有关部门意见后制定。
第十九条县级以上人民政府财政部门、环境保护行政主管部门应当加强对环境保护专项资金使用的管理和监督。按照本条例第十八条的规定使用环境保护专项资金的单位和个人，必须按照批准的用途使用。县级以上地方人民政府财政部门和环境保护行政主管部门每季度向本级人民政府、上级财政部门和环境保护行政主管部门报告本行政区域内环境保护专项资金的使用和管理情况。
第二十条审计机关应当加强对环境保护专项资金使用和管理的审计监督。
违反了《排污费征收使用管理条例》的罚则
《排污费征收使用管理条例》规定：第二十一条排污者未按照规定缴纳排污费的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门依据职权责令限期缴纳；逾期拒不缴纳的，处应缴纳排污费数额1倍以上3倍以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令停产停业整顿。
第二十二条排污者以欺骗手段骗取批准减缴、免缴或者缓缴排污费的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门依据职权责令限期补缴应当缴纳的排污费，并处所骗取批准减缴、免缴或者缓缴排污费数额1倍以上3倍以下的罚款。
第二十三条环境保护专项资金使用者不按照批准的用途使用环境保护专项资金的，由县级以上人民政府环境保护行政主管部门或者财政部门依据职权责令限期改正；逾期不改正的，10年内不得申请使用环境保护专项资金，并处挪用资金数额1倍以上3倍以下的罚款。
第二十四条县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门应当征收而未征收或者少征收排污费的，上级环境保护行政主管部门有权责令其限期改正，或者直接责令排污者补缴排污费。
第二十五条县级以上人民政府环境保护行政主管部门、财政部门、价格主管部门的工作人员有下列行为之一的，依照刑法关于滥用职权罪、玩忽职守罪或者挪用公款罪的规定，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，依法给予行政处分：（一）违反本条例规定批准减缴、免缴、缓缴排污费的；（二）截留、挤占环境保护专项资金或者将环境保护专项资金挪作他用的；（三）不按照本条例的规定履行监督管理职责，对违法行为不予查处，造成严重后果的。
环境保护专项资金的支出范围的有关规定
《排污费征收使用管理条例》规定：第十三条环境保护专项资金应当用于下列污染防治项目的拨款补助和贷款贴息：（一）重点污染源防治项目。包括技术和工艺符合环境保护及其他清洁生产要求的重点行业、重点污染源防治项目；（二）区域性污染防治项目。主要用于跨流域、跨地区的污染治理及清洁生产项目；（三）污染防治新技术、新工艺的推广应用项目。主要用于污染防治新技术、新工艺的研究开发以及资源综合利用率高、污染物产生量少的清洁生产技术、工艺的推广应用；（四）国务院规定的其他污染防治项目。
环境保护专项资金不得用于环境卫生、绿化、新建企业的污染治理项目以及与污染防治无关的其他项目。
环境保护专项资金使用的管理的有关规定
《排污费征收使用管理条例》规定：第十四条国务院财政、环境保护行政主管部门每年应当根据国家环境保护宏观政策和污染防治工作重点，编制下一年度环境保护专项资金申请指南。地方财政、环境保护行政主管部门可以根据国务院财政、环境保护行政主管部门编制的环境保护专项资金申请指南，制定本地区环境保护专项资金申请指南，指导环境保护专项资金的申报和使用。
第十五条申请使用中央环境保护专项资金的，应当按照以下程序及要求进行申报：（一）申报程序：中央环境保护专项资金按照隶属关系以项目形式申报。项目组织实施单位或承担单位为中央直属的，通过其主管部门向国务院财政部门和环境保护行政主管部门提出申请；项目组织实施单位或承担单位为非中央直属的，通过其所在地的省、自治区、直辖市财政、环境保护行政主管部门联合向国务院财政、环境保护行政主管部门提出申请。
（二）申请材料要求：申请材料分正文和附件两部分，正文为申请经费的正式文件，附件为每个项目的可行性研究报告。
项目可行性研究报告内容包括：项目的目的、技术路线、投资概算、申请补助金额及使用方向、项目实施的保障措施、预期的社会效益、经济效益、环境效益等。申请使用贷款贴息的单位，还应当提供经办银行出具的专项贷款合同和利息结算清单。
第十六条国务院环境保护行政主管部门对申报中央环境保护专项资金的项目进行形式审查后，国务院财政、环境保护行政主管部门应当组织有关专家进行评审，按项目的轻重缓急及专家评审结果排序，统一纳入项目库管理，并根据财力状况联合下达项目预算。环境保护专项资金的拨付方式按国家有关规定执行。
第十七条地方环境保护专项资金的申报、项目评审及预算下达参照本办法第15条、第16条执行。
第十八条财政部门应当将环境保护专项资金纳入年度预算，按项目进度和资金使用计划及时拨付资金，并对环境保护专项资金的专款专用及其他配套资金的到位情况进行监督检查，确保项目按时完成。
第十九条项目承担单位收到环境保护专项资金后，应当严格按照有关规定组织项目的实施。污染治理项目在实施过程中应当严格执行国家有关招投标管理规定。环境保护行政主管部门应当根据项目进度检查治理技术方案的实施以及污染物总量削减措施的执行。项目完成后，应当根据国家有关规定及时验收。
第二十条各省、自治区、直辖市财政、环境保护行政主管部门应当于年度终了后的30日内，将排污费征收情况及环境保护专项资金使用情况年度报告上报国务院财政、环境保护行政主管部门。
排污费资金收缴使用的违规处理的有关规定
《排污费征收使用管理条例》规定：第二十一条环境保护行政主管部门在排污费收缴工作中，应当严格执行国家的有关法律法规，依法及时足额收缴。对擅自设立排污收费项目、改变收费范围的，同级财政部门应当责令改正，并按照《国务院关于违反财政法规处罚的暂行规定》（国发[1987]58号）予以处罚，并对负有直接责任的主管人员和其他直接负责人员按有关规定给予行政处分。
第二十二条排污者在规定的期限内未足额缴纳排污费的，由收缴部门责令其限期缴纳，并从滞纳之日起加收2‰的滞纳金。排污者拒不按前款规定缴纳排污费和滞纳金的，按照《排污费征收使用管理条例》的有关规定予以处罚。
第二十三条环境保护专项资金使用者必须严格按照环境保护专项资金的使用范围确保专款专用，发挥资金使用效益。不按批准用途使用环境保护专项资金并逾期不改的，按照《排污费征收使用管理条例》的有关规定予以处罚。
第二十四条对弄虚作假、截留、挤占、挪用排污费资金，应收未收或者少收排污费等违反财务制度和财经纪律的行为，应当给予有关责任人员经济和行政处罚；构成犯罪的，移交司法机关处理。
排污申报登记制度
排污单位必须在指定时间内，向当地环境保护行政主管部门办理排污申报登记手续，并提供防治水污染方面的有关技术资料。
排污单位必须如实填写申报登记表，经本单位主管部门核实后，报当地环境保护行政主管部门审批。
企业、事业单位的新建和技改项目，试产前3个月内按第6条规定向当地环境保护行政主管部门进行排污申报登记。
排污单位排放污染物的种类、数量、浓度有重大变化或改变排放方式、排放去向时，应提前15天向当地环境保护行政主管部门申请，履行变更登记手续。