双孢菇的菌丝体在不同生长阶段的形态也有较大差异，一般将之分为绒毛状菌丝、线状菌丝和索状菌丝三种类型。
（1）绒毛状菌丝。在菌种生长阶段和播种后的发菌阶段，菌丝为绒毛状菌丝，菌丝纤细，这是双孢菇菌丝处在的主要形式。绒毛状菌丝不能直接形成子实体，它只能通过覆土调水后在覆土层内变成线状菌丝后才能出菇。
（2）线状菌丝。双孢菇覆土调水后，尤其是在喷“结菇水”前后，绒毛菌丝会扭结成线状菌丝。线状菌丝是形成子实体的基础。
（3）索状菌丝。当秋菇结束，进入越冬期后，覆土中的绒毛状菌丝、线状菌丝大多已萎缩，留下的主要是索状菌丝。索状菌丝是由线状菌丝继续发育增粗形成的。索状菌丝不能形成子实体，春菇出菇前，随着温度回升，通过调水等管理措施，索状菌丝萌发形成绒毛状菌丝，在适宜条件下，绒毛状菌丝再变成线状菌丝，又长出子实体。