菌丝是由孢子萌发而来的、由具有横膈膜的管状细胞连接而成的丝状物。菌丝片段也可以再生为新的菌丝。菌丝在培养基中蔓延生长后，众多菌丝交织在一起形成的集合体称为菌丝体。菌丝体是双孢菇的营养器官，主要行使分解、吸收、贮藏和运输营养的功能。
双孢菇的幼嫩菌丝呈白色，老后略带黄色，绒毛状，生长性状因品种而异。根据菌丝体的培养特征可将双孢菇品种分为三种类型，即气生型、匍匐型和杂交型。气生型品种的气生菌丝旺盛，基内菌丝少；匍匐型品种的菌丝一般贴伏在培养基表面生长，基内菌丝发达，气生菌丝少；杂交型品种是利用气生型和杂交型品种通过单孢杂交获得的杂交品种，其菌丝的培养性状介于气生型和匍匐型之间。不同类型的品种的栽培性状也表现出明显的差异。