双孢菇的播种方法因菌种类型、栽培模式、栽培料种类不同而异。我国双孢菇栽培中培养料发酵质量相对较差，菌种类型和栽培原料多样，所以播种方法也较多。一般粪草菌种采用穴播法，麦粒菌种采用混播加表面撒播法，如果采用棉籽壳或玉米芯栽培一般采用表面撒播法。目前最常用的是混播加表面撒播法。
（1）混播加表面撒播。将培养料抖松，取所需菌种的1／2均匀地撒于料面，然后用手或叉子将菌种与上半层培养料均匀混合，然后再将剩余的1／2菌种撒在培养料表面，用薄木板轻拍培养料表面，使菌种与料层紧密接触以利保湿和定植，表面尽量保持平整。最后盖上报纸或有孔的塑料薄膜。温度高时不可用薄膜覆盖，否则膜内容易凝结水珠，有时会成为污染的原因。此法可以提高菌种均匀度，萌发后穿透料层快，封面早，发菌均匀，但较费工。
（2）穴播加撒播。利用粪草菌种接种时一般采用此法。穴播即在料面上按“品”字形或方形打穴，穴深3～5厘米，穴距8～10厘米，将核桃大的菌种块逐穴填入，然后轻拍使料与种紧贴。应注意种块不可揉搓，轻捏成团放入穴中即可，天气干燥、风大时入穴深度可适当深一点，湿度大可适当浅一点。但要注意种块要有部分露在料面，以利透气，加快萌发。种块大小及穴间距要均匀，注意不要漏播。然后在表面撒少量菌种封面，其余同上。
播种后每天要检查一下发菌情况。如发现个别菌丝不萌发的地方，应及时补种。如发现杂菌，要注意通风，并在杂菌处撒石灰粉。如成批不萌发、不吃料则应查明原因，采取相应补救措施。