双孢菇是草腐菌，分解纤维素、木质素等大分子物质的能力较差，直接利用秸秆有困难，因此培养料必须通过堆制发酵，经过多种有益微生物的作用，将这些大分子物质降解转化成可以直接吸收利用的物质。培养料经过堆制发酵后，一些粪臭物质如游离氨、硫化氢等有毒物质被消除，粪草变得柔软疏松，吸水性和透气性等理化性状得到一定改善。同时，分解大分子物质的微生物死亡后，留下的代谢物和菌体蛋白对双孢菇的生长具有活化和促进作用。即堆制发酵的目的是把多种有机物的混合料转化成适于双孢菇生长而不利于其他微生物生长的基质。此外，在堆制发酵过程中，料温可达到70℃以上，可以杀死培养料中一些中低温型的有害病菌，减轻病虫害对双孢菇生长的危害。
由此可见，堆制发酵对双孢菇栽培来说是必需的，也是非常重要的技术环节。通过堆制可以促使培养料腐熟，改善培养料的理化性状，消除培养料中的有害物质，使培养料转化成选择性培养基，为双孢菇菌丝生长发育创造良好条件。培养料发酵质量的好坏直接影响到栽培的成败。堆制发酵是双孢菇栽培过程中最费工、最艰苦、操作环境最恶劣的作业环节。