辅料约占培养料总量的5％左右，其作用是补充营养，改善理化性状，加快发酵速度。因辅料所起作用不同，常在发酵时分批加入。
（1）尿素等化肥。栽培双孢菇时常使用一定量的化肥，主要为尿素。尿素含氮量46％，能提供足够的氮素，有利于培养料的发酵和子实体的形成。尿素含氮量高，但不能直接被双孢菇菌丝吸收利用，必须经过堆制过程中好氧微生物的作用，转化为碳酸铵的形式固定下来，才能被菌丝利用。尿素转化速度受堆料的温度、酸碱度的影响，故使用尿素时不宜多，宜早不宜迟。尿素使用量一般占干重的0.5％～2％，且应在建堆时一次加入，或在建堆和第一次翻堆时分两次加完。加入过多或过迟，会使培养料内产生大量的游离氨，轻者造成鬼伞大量发生，重者抑制菌丝生长，甚至使菌种不能萌发。此外，其他氮素肥料如硫酸铵、硝酸铵也可使用。
（2）过磷酸钙。过磷酸钙是由硫酸和磷矿粉直接作用制成，为灰白或浅灰色粉末，主要成分为磷酸钙和硫酸钙，呈弱酸性，不溶于水。培养料中添加过磷酸钙，可弥补磷、钙的不足，有利于培养料的发酵腐熟。过磷酸钙还能中和掉培养料中多余的氨，但注意使用不能过量。过磷酸钙用量为干重的0.5％～1％，常在第二、第三次翻堆时分两次加入，或在第三次翻堆时一次加入。
（3）石膏。即硫酸钙，微溶于水。培养料中添加石膏，一方面直接为双孢菇生长提供硫、钙等营养，而且可使秸秆表面的胶体粒子、腐殖质等凝结成颗粒结构而沉淀下来，产生凝析现象，使黏结的堆料变松散，形成有利于氨气挥发、通气性良好的物理结构，提高了培养料的持水性和保肥力。石膏本身不含氮、磷、钾等元素，但其可固化气态氮为化合态氮，并可减少培养料中的氮素损失，加速培养料机质分解，使可溶性磷、钾迅速释放而被双孢菇吸收利用。石膏因其本身的弱酸性，添加于培养料后，还可调节堆肥酸碱度。另外，石膏还能与双孢菇菌丝产生的草酸中和，使菌丝表面形成草酸钙薄膜，起到抵御外界不良环境、保护菌丝的作用。石膏用量为培养料干重的1％～2％，常在建堆时一次加入，或在建堆和第一次翻堆时分两次加入。石膏即使添加过量也会以不溶性的状态存在，所以对双孢菇菌丝无害。所以，添加石膏在保证双孢菇稳产等方面是有效的，也是最重要的添加物之一。
（4）石灰。石灰为强碱性物质，添加石灰不仅可以调节酸碱度和补充钙元素，还可降低培养料中农药的残留量。石灰在生产中还常常被用作消毒剂、杀菌剂和防潮剂，有着重要作用。石灰的用量一般为料干重的1％～2％，常在第二次或第三次翻堆时加入。
（4）碳酸钙。碳酸钙又叫石灰石粉，是用石灰石加工成的白色粉末，呈弱碱性，主要作用是为蘑菇提供钙质营养。碳酸钙还能中和菌丝生长时产生的有机酸，使培养料pH值不致下降过多。碳酸钙用量一般为培养料干重的1％～2％。