双孢菇除作为营养食品外，还具有良好的药用价值。双孢菇性凉、味甘，具有健脾开胃、理气化痰等功能，可辅助治疗体虚纳少、痰多腹胀、恶心泻泄等症。在《中国药用真菌图鉴》中记载了双孢菇的药用功能：含有胰蛋白酶、麦芽糖酶等多种酶类，可以治疗消化不良。双孢菇对人体的保健作用主要表现在以下几个方面：
（1）降血压、降血脂、降胆固醇作用。双孢菇脂肪含量只有1.5％，而且脂肪的性质类似于植物脂肪，含有较高的不饱和脂肪酸，其中作为亚麻酸前体的亚油酸尤其重要。亚油酸是世界公认的降低血脂的有效药物。双孢菇子实体可以给人体提供充足的亚油酸，因此，经常食用双孢菇对降低血脂有明显作用。另外，双孢菇中含有酪氨酸酶、胰蛋白酶、麦芽糖酶等，有助消化，能溶解一定的胆固醇，还有降血压的作用，对高血压、高血脂、糖尿病等多种疾病有较好的辅助疗效。
（2）抗肿瘤作用。现代医学研究证明，双孢菇中所含的核糖核酸，能诱导机体产生干扰素，可抑制肿瘤的生长和发展，又被称为“天然抗癌良药”，并能增强人体对癌细胞的抵抗力，有预防和治疗癌症的作用。双孢菇中所含多糖和异蛋白，也具有一定的抗癌活性。
（3）抗菌消炎作用。菇体中含有广谱抗生素，对金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌及大肠杆菌等有良好的抑制作用。
（4）抗病毒和护肝作用。在双孢菇提取液中还发现有干扰素诱导剂，具有很强的抗病毒能力。利用双孢菇罐藏或盐渍加工过程中的预煮液制成的药物对医治迁延性肝炎、慢性肝炎、肝肿大、早期肝硬变均有显著疗效，利用双孢菇浸出液提取物制成的“健肝片”可作肝炎的辅助治疗药物。
（5）其他保健作用。双孢菇具有抗氧化及增强免疫功能的作用，可作为免疫功能调节剂开发利用。经常食用双孢菇可增强机体免疫力，调节人体代谢机能，预防和治疗高血压、冠心病等多种疾病。双孢菇还有助于治疗白细胞减少症、消化道障碍等症，对促进食欲、恢复大脑功能、促进乳汁分泌也有一定辅助作用。