使用抗菌药物预防畜禽疾病，必须注意耐药菌的出现和残留问题。这些抗生素在体内被吸收，并不同程度地残留于肉、蛋、奶等产品中，同样对人类健康和疾病防治产生不利影响，为防药物在产品中残留，各国均规定其停药期。人、畜共用的抗生药，如注射用卡那霉素，泰乐菌素等在宰前14天禁用，产蛋期也禁用（产蛋前10天停药）。产蛋期间，除必要的治疗外，严禁在料中添加抗生素，治疗也要用专供畜禽使用的抗生药物。
美国规定肉仔鸡上市前各种抗球虫药的停药时间为：①克球虫粉，不需休药期，可一直使用到肉鸡上市；②尼卡马嗪，须在上市前4天停药；③黄胺喹沙啉，须在上市前10天停药（在停药期间可改其他药物）。