“郑芝龙被我朝豢养十年，越来越桀骜不训，他的家仆往来海上，与儿子郑成功互通信息；儿子郑成功弄兵于海上，父亲郑芝龙在京都高枕无忧，这是酿祸之根，请早日除掉郑芝龙。”顺治十二年（1655年），满清官员对郑芝龙招抚郑成功的进展深为不满，纷纷上表弹劾，首先出面弹劾郑芝龙纵子叛国的，是三朝元老、左都御史龚鼎孳。
这时的郑芝龙里外不是人，在清政府眼中是郑成功海上作乱的祸根，在郑成功眼中是清政府要挟海上抗清力量的人质。
于是，郑芝龙被削爵下狱。
“不杀掉郑芝龙，郑成功就不会死心，追随他的海上诸将就不会下定投诚的心意。”顺治十四年（1657年），原明郑将领，提督黄梧上疏。
“叛臣的家族应当逐出帝都！”于是郑芝龙被命令充军盛京宁古塔（今黑龙江省牡丹江市），只是没有成行。
顺治十七年（1660年），福建巡抚佟国器截获郑芝龙与郑成功私信，议政王大臣会议遂以“通海”罪名拟定将郑氏斩监候，改为流徙宁古塔。
顺治十八年（1661年）顺治帝驾崩。郑成功收复了台湾，清政府以郑芝龙为人质、引诱郑成功投降的计划完全落空，再也没有利用价值。
十月，辅政大臣苏克萨哈矫诏以“通敌”之罪，将郑芝龙连同他的儿子郑世恩、郑世荫、郑世袭等十余人，斩首于北京柴市（今北京市府学胡同西口）。郑芝龙在北京的全族老少无一遗留。
清政府说郑芝龙通敌是个天大的冤枉，他给郑成功的信都是招降信，是为清政府服务的外交信件，字字句句都体现出清政府的意志。郑芝龙为清政府贡献了所有的力量，受尽了常人难以忍受的侮辱，最后落得满门抄斩的下场。
郑芝龙原本已经成为手握重权的闽粤与台湾地方实力派，为求得一个清朝“闽粤总督”的高官，实现他内心不现实的借清廷维持他海上帝国的美梦，他不顾民族大义，屈膝投降，卖国求荣，结果却印证了他的儿子郑成功反对他降清的远见和冷静。
不过，郑芝龙的一生可以称得上是传奇生涯了。他白手起家，为开发台湾岛立下大功，他建立了当时整个亚洲区域内实力最强大的海上王国，经济、武装、政治实力都稳居第一，明清两朝官方政权都对他无可奈何而只能小心招抚。
郑芝龙时而是商人，时而是海盗，时而是军人，里而是高官，时而又变身为商人，时而又变身为政治家和军事家。他在日本广受称颂，威震东南亚各国的殖民商人，在明、清两个等级森严的封建王朝中封侯拜爵，煊赫一时。他先降明，继后又降清，说明了他的商人逐利的本质，至于他建立海上武装，成为海盗，完全是为生计和明朝的海禁政策情势所逼。
青出于蓝而胜于蓝——“开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基”的民族英雄郑成功
在南安人的心中，郑成功与他父亲郑芝龙相比，如同天壤之别。郑成功是中日混血儿，出生在日本的平户市，受到日本人民的敬仰，日本友人认为郑成功既是中国的民族大英雄，也是日本的民族大英雄。日本平户市市长油屋亮太郎先生曾为郑成功墓题字：“日中之英雄：国姓爷郑成功”。郑芝龙的儿子郑成功与他的政见完全相反。郑成功是一位抗清民族英雄。他坚持民族气节，拒绝清政府的高官厚禄的诱惑，坚持艰苦卓绝的抗清斗争达17年之久。他统率的军队曾大举北伐，攻入长江，克镇江，围南京，震惊全国，成为全国最重要的抗清力量与光复中原的希望。他还从荷兰殖民者手中收复了祖国的宝岛台湾，使之成为重要的抗清基地。他受到中华各族人民世世代代的敬仰，成为了彪炳史册的民族英雄。为收复台湾，他毅然与荷兰海盗开战。郑成功受封南明延平郡王，以金门、厦门及台湾为根据地谋明朝之复国，开创了台湾明郑时期。
开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基。
田横尚有三千士，茹苦间关不忍离。
这首名为《复台》的七言绝句，是著名的民族英雄郑成功在收复台湾后写的。它充分赞扬了将士们在收复台湾战争中茹苦含辛、披荆斩棘、排除万难、争取胜利的坚强意志。“开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基”，郑成功收复台湾，终成千古佳话。
郑芝龙降清之后，郑成功继承了父亲郑芝龙的事业，东亚、南亚海洋之上仍是郑氏家族的天下。
郑芝龙降清之后，他留下的那支黑人雇佣军便由儿子郑成功掌管。其中，有一支由黑人雇佣兵组成的洋枪部队，成为郑成功的贴身卫队。在郑成功进攻南京的战役中，黑人部队在南京城墙下和长江边与清军浴血奋战，立下过汗马功劳。
赤嵌城大败荷夷
为把荷兰海盗驱逐出台湾，1661年郑成功下令修建战船，招募训练水兵。仅两个月时间就修造兵船300多艘，其中有大帅船、先锋船、哨船等。船一般有二层甲板，主力战船大青头(因船体多饰以青色而得名)长约10丈，宽2丈1尺，高1丈5尺，吃水8尺，载重三四千担，配备2门大炮，一前一后。
荷兰侵略者在台湾守备森严，修城筑堡，总兵力约2800人，战舰有“赫克托”、“斯·格拉弗兰”、“威因克”、“马利亚”号等主力战船，还有小艇多艘。其主力舰“赫克托”号长30丈，宽6丈，树5桅。下三层，装有照海镜、铜炮和二丈高的巨铁炮，炮弹发出去可以洞裂石城。
顺治十八年三月初一日（1661年3月30日)，郑成功在金门祭海誓师，进军台湾；4月30日（四月初一），郑军登陆台湾。
在1661年5月1日的海战中，郑成功采取了“以多击少”的战法，派出的60艘各装有两门大炮的帆船迎战荷军。在镇将陈广、陈冲的指挥下，郑军猛烈的炮火引发了荷舰火药库爆炸，击沉了荷军主力战舰“赫克托”号，用火船焚毁了“斯·格拉弗兰”号，平底船“白鹭”号和“马利亚”号则分别逃往日本和巴达维亚。
这次海战，荷军遭受重创，战败降于安平，仅存的几只小船逃进了台湾城内，再也不敢出战。
5月7日（四月初八日）郑成功登陆安平，占领台湾南部。6月，郑成功攻取台湾东都，改赤崁城为承天府。
郑军以数量优势夺得了台湾海峡的制海权，自己也损失了近一半战船，伤亡1000多人。此后的台湾海峡就再没什么像样的海战了，荷兰殖民者和葡萄牙人有着一样的问题：战线太长，人力物力补给不足。而且1652年后英荷战争在欧洲沿海展开，牵制了荷兰人绝大部分的人力、物力、财力。1660年后荷兰人全力备战第二次英荷战争，加紧建造大型战舰。至1661年，荷兰海军已拥有70艘大型战舰，平均装炮50至80门。可是这些战舰要留在欧洲对付英国人，不可能支援台湾，所以在远东的荷兰军队实力有限。
再败荷夷
从台湾海战中逃跑的“马利亚”号于1661年6月驶抵巴达维亚，向东印度公司报告了荷军在赤嵌城战败和台湾城被围的消息。
荷兰驻巴达维亚殖民当局为挽回败局，派出海军统领科布·考乌率领“科克伦”号、“厄克”号等10艘战舰，上面载有752名士兵以及够吃8个月的米、牛肉和猪肉前去增援。经过38天的航行，于8月12日驶抵台湾海面。海上风浪很大，这支船队在海上停留了近一个月之后，才有5艘战舰在台湾城附近海面停泊。
荷军得到的增援力量虽然有限，但还是决定配合增援的舰船和士兵企图一举击溃郑成功的部队，并任命卢特·塔华隆·贝斯为总指挥。
“对郑军决不可轻饶，要斩草除根，见到一个杀一个，一个也不能留下！”荷军总指挥卢特·塔华隆·贝斯恶狠狠地下令。
9月16日，荷军从海、陆两路向郑军发起攻击。
在海上，荷军企图迂回至郑军侧后，焚烧船只。而郑军却避开了与荷军舰队正面作战，隐蔽在岸边。当敌舰闯入埋伏圈后，陆海两处，万炮齐发。经过一个小时的激战之后，郑军以死亡150人，受伤若干人的代价，击毁了荷军战舰2艘，俘获小艇3艘，荷军损失了1个艇长、1个尉官、1个护旗军曹和128名士兵，另外还有一些人负伤。
而在陆上，荷军几乎没有发起什么像样的进攻就偃旗息鼓了。
就在郑成功大败荷兰人之际，顺治十八年十月初三日（1661年10月25日），郑芝龙及其在京子孙家眷11人全部被清廷杀于北京柴市。
12月1日，郑成功令陈宣、陈冲用数十只、内装硝磺等易燃物的小船乘风火烧荷军船只，黄安则督率一队人马从七鲲身夹攻，击沉荷军战船3艘，击毙击伤荷军多人。
这样，荷兰在台湾海一带的海上力量基本上全被郑军摧毁，只能坐以待毙。
经过这场战争，郑成功也为日后攻占台湾岛奠定了坚实的基础。
在经过数十年的战争之后，清朝廷逐渐理解了以郑芝龙、郑成功为代表的东南海洋势力。在康熙皇帝亲政后，清廷对海洋势力采取了以招抚为主、打击为辅的策略。三藩之乱后，清朝逐步调整了海洋政策，从最严厉的海禁走向允许对外贸易，并在招降台湾之后开放口岸，使外贸合法化。清廷与东南的海洋势力最终相互妥协。
郑芝龙在京亲人惨遭灭门后，郑成功为郑家留下了一支血脉。郑成功病死后原葬在台南的洲仔尾，到康熙三十八年（1699年），郑成功的孙子郑克回返大陆，康熙帝赐郑成功和郑经父子的灵枢归葬故里，迁葬时场面十分隆重，康熙帝赐挽联悼念郑成功：
“四镇多贰心，两岛屯师敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志方知海外有孤忠。”
清朝对与清军一生为敌的郑成功评价很高，然而对真心投诚的郑芝龙却是斩首弃尸，连遗体也没有留下，以至于在郑氏祖茔中只有郑芝龙的灵柩，而没有尸骨。
郑芝龙和郑成功父子二人政治智慧和精神品格的高下不言而喻。