这里所说的阴阳往往有所偏而难以两全，含有阴阳相依互用的思想，与传统的道教思想是一致的，如《太平经》、《周易参同契》、《黄庭经》都强调“和合阴阳”。但这是就修炼的过程而言，就修炼的目标指向来说，吴筠则重阳贱阴，主张要使“阳胜阴伏”。在他看来，仙人就是纯阳而无阴。
他在《玄纲论·以阳炼阴章第十四》中说：“仙者，超至阳而契真。死者，沦太阴而为鬼。……务以阳灵炼革阴滞之气，使表里虚白，洞合至真，久于其事者，仙岂远乎哉？”即所谓“阴滓落而形超，阳灵全而羽化”（《登真文》，《全唐文》卷九二五）。那吴筠所说的阴、阳究竟是什么呢？他把柔和、慈善、贞清等称为阳，把刚狠、嫉恶、淫浊等称为阴。所以，“阳胜阴伏”也被他理解为“制恶兴善”，但这不是伦理学意义上的善恶，其实质是“虚白其志”、“虚凝静息”。以阳炼阴的目的，是为了“以有契无”，“形性相资”（《神仙可学论》，《宗玄集》卷中），从而“益形”“存性”。最后，吴筠对上述思想总结到：“生我者道，灭我者情。苟忘其情，则全乎性。性全则形全，形全则气全。气全则神全，神全则道全。道全则神王，神王则气灵。气灵则形超，形超则性彻。性彻则反覆流通，与道为一。，，（《玄纲论·同有无章第七》）吴筠的上述思想，是唐代末年、五代时期钟吕内丹派思想的先声。
那么，“识元命之所在，知正气之所由”后，怎样修道呢？吴筠认为，仙道无方，学则有序：先学“正一”打下基础，再学“洞神”，接着修“灵宝”，最后修“洞真”（《玄纲论·学则有序章第十一》）。在修仙过程中。要以至静为宗，凝结神性；以精思为用，感激神明；以斋戒为务，感应真精；以慈惠为先，激助功成。“然后，吐纳以炼藏，导引以和体，怡神以宝章，润骨以琼体”（《玄纲论·学则有序章第十一》）。其中的要点仍然是“宝神”和“养形”，促进“气液通畅，形神合同”。关于修道之术，吴筠强调“吐故纳新以和其神，高虚保定之良药以辅之”。他虽然没有完全否定外丹服食，但认为如果“汲汲于炉火，孜孜于草木，财屡空于八石”，而不知“金液待诀于灵人，芝英必资于道气”（《神仙可学论》），那就是舍本逐末，必然无所成就。
总之，吴筠的修仙理论以老庄的清虚无为为宗旨，表现了内丹开始兴盛，外丹开始没落时的过渡时期的特点。
对于王道之术，吴筠主张道德、天地、帝王三位一体：“道德者，天地之祖；天地者，万物之父；帝王者，三才之主。然则，道德、天地、帝王三者一也。”（《道藏》三家本，第23册，第676页）他强调“父不可不教于子，君不可不治于人。教子在乎义方，治人在乎道德”。关于为治之道，他提出了“主明而无为”（《玄纲论·化时俗章第八》）的观点。
对于伦理之术，吴筠是以道教的思想框架来容纳儒家的伦理规范。他在《玄纲论‘明本末章第九》中说：“夫仁义礼智者，帝王政治之大纲也。
而道家独云遗仁义、薄礼智者，何也？道之所尚，存乎本。故至仁合天地之德，至义合天地之宜，至礼合天地之容，至智合天地之辩，皆自然所禀，非企羡可及。矫而效之，斯为伪矣。”吴筠认为…仁、义、礼、智的根据在于道，必须合乎天地之理，遵循它要合乎自然，如果矫揉造作，就会流于虚伪。这是一种自然主义的伦理学说。吴筠尤其强调帝王要本着这样的伦理思想，促使自己具有这样的道德品行，这样无为而治，可以事半功倍。他说：“故人生以道为心，以德为体，以仁义为车服，以礼智为冠冕，则垂拱而天下化矣。”对一般人而言，吴筠认为，道德品行的修养同样很重要。修仙首先要从道德品性的涵养着手。“至忠至孝至贞至廉，《真诰》之言不待修学而自得。”（《玄刚论·同有无章第七》）在生活中，时时要“剪阴贼，树阴德”，行为处事，要“奉上以忠，临下以义，于己薄，于人厚，仁慈恭和，宏施博爱。”“这样做其实是为了“含至静”，促使“性耽玄虚，情寡嗜欲”（同上），清静寡欲以存神养？。这反映了道教对伦理道德的看法，确实不同于儒家。
《唐玄宗御制道德真经疏》
唐玄宗李隆基（685～762年）是中国历史上最崇道的帝王之一。一般认为《唐玄宗御注道德真经》（以下引文简称《注》）和《唐玄宗御制道德真经疏》（以下引文简称《疏》）是他亲自撰写的。但事实上，这其中的很大一部分工作是道士们的功劳。虽然如此，不可否认，唐玄宗确实参与了此事，《注》和《疏》得到了他的认可，也可以代表他自己的思想。
这从贯穿二书的“道为理本，孝实天经”（《颁示（道德经注）（孝经疏>；昭》，《全唐文》卷32），力求把儒、佛、道三教融会贯通的指导思想就可以看出来。
唐玄宗认为，《道德经》的本旨是以“体用互陈”的方式“明道德生蓄之源”（《疏·释题》）。唐玄宗比较推崇成玄英的思想，对它多有继承。
在道的阐释上，成玄英以“妙本”释“道”，唐玄宗也如此。不过，成玄英只是以“妙本”比喻、说明“道”，唐玄宗则反过来，用道来说明妙本。
他认为，“妙本”是道的根本，“道者，妙本之功用，所谓强名，无非通生，故谓之道。”（《疏》卷三）他说，“妙本”，“吾不知其名，但见其大通于物，将欲表其本然之德，故字之日道。”（《疏》卷一）这样说，是不是说“妙本”就是最高的本体了呢？唐玄宗认为，最高的本体不是妙本，而是“虚无”。“虚无者，妙本之体。体非有物，故日虚无。”（《疏》卷三）也就是说，妙本的体是虚无，用是道。宇宙万物的最高本体，并不含蕴着具体的事物。它作为最高本体的地位，是通过“妙本”而得以显现的，而“妙本”又通过“道”来表露其通生万物的根性。那么，这种“通生”作用怎么表现出来呢？唐玄宗继承成玄英的“归于妙本”、“从本降迹”（《道德真经玄德纂疏》卷二）的观点而作了进一步的阐发。他认为，一切可道可名、有欲无欲、有形无形的具体事物，都是“妙本”之“迹”。人运用语言、概念、范畴来把握的，都只是妙本的迹，不是妙本自身。妙本是无法言说，不可言说的。从有名无名来说，无名、有名是圣人勉强地用来说明本与迹的同异关系的概念，与道的本身没有关系，道本身并无所谓有名还是无名（《疏》卷一）。或者说，有名、无名不是用来描述道的性质的。“妙本”与“迹”之间的关系，从衍生与被衍生的角度来看，“自出而论，则名异，是从本而降迹也”（《疏》卷一）。另一方面，“自同而论，则深妙，是摄迹以归本也。”（同上）既然这样，“若住斯妙，其迹复存，与彼异名，等无差别”（同上）。这里“与彼异名”之名，是“非常名”。对于“妙本”，唐玄宗还从有、无的角度作了进一步的阐释。他认为，妙本在混沌之中而形成，本无形质，但万物都从它而来，都得依靠它而存在、变化，它“品物流行，斯可谓有无状之形状，有无物之物象，不可名之为有，亦不可格之于无。”（《疏》卷二）如同不能用有名、无名来描述道一样，也不能用有、无来解释道。这可以结合《庄子·知北游》来理解：“道不可闻，闻而非也；道不可见，见而非也。道不可言，言而非也。知形形之不形乎？”唐玄宗想要表达的意思是：“道非色、声、形、法”，然而“乃于无色之中能应众色，无声之中能和众声，无形之中能状众形，是无色之色，无声之声，无形之形。”（《疏》卷二）所以，用“色”之“希”、“声”之“微”、“形”之“夷”来称谓“妙本”之“道”，只是“明道而非道”（同上）。有与无也是如此。虽然“有之所利，利于用用必资无”，“无之所用用于体，体必资于有”，而“有”与“无又相互以为“利”（《疏》卷一），但毕竟“涉有”只可称“器”，“约形器以明道用”，不能把“道用”之“有”，即“形器”，等同于道体（“妙本”）本身。再说明白一些，谈论形而下的“有”只是为了把人引向对形而上的“无”之道的顿悟，是捕鱼的网，而不是鱼。得到了鱼，网就没有用了。从本体论的角度，唐玄宗不同意“有生于无”和“有无相生”的说法。他借鉴佛教大乘空宗的思想解释说：“有无对法，本不相生。相生之名，犹妄执起，如美恶非自性生，是皆空故”（《疏》卷一）。也就是说，“夫有不自有，因无而有”，“无不自无，因有而无”（同上）。说有说无，最终还是为了说“妙本”之“道”。“妙本不有不无”，“谓之有，则寂然无象”，“谓之无，则湛似或存”（《疏》卷三）。所谓“自无而降有”，其实质就是“从本降迹”（同上）。
唐玄宗对于道教哲学的一个比较大的贡献是把道教哲学本体论推进了一步。老子曾经在《道德经》中提出了两个命题，一个命题是“道生一，一生二，二生三，三生万物”，另一个命题是“人法地，地法天，天法道．道法自然”。这两个命题的关系的处理，对道教哲学的本体论建构曾是一个颇为艰深的难题。唐代初期以前，《西升经》和《升玄内教经》等道教经典，一方面主张道是万物的本体，另一方面在解释“道法自然”时又认为“道出于自然”或“道本自然”。直到成玄英也还一方面说“道即是本，物从道生”，同时又说“道是迹，自然是本”。这就受到了佛教学者们的攻击，他们认为，从哲学理论的周圆来说，一个哲学体系只能有一个本体，道教同时有两个本体，所以是不周圆的。唐玄宗明确意识到这个问题，他说：“虚无者，妙本之体，体非有物，故日虚无。自然者，妙本之性，性非造作，故日自然。道者，妙本之功用。所谓强名，无非通生，故谓之道。幻体用名，即谓之虚无自然道尔。”也就是说，“虚无”、“自然”、“道”是“妙本”的三个特性，是从三个方面来说明“妙本”的。
其中，“虚无”是就“体”状而言，“自然”是就“性”质而言，“道”是就“功用”而言。这样，真正的本体只有一个，即“妙本”，从妙本可以解释说明一切，道教的本体论就显得周圆多了。
道作为妙本之用，其功能就是通生。那么，道的“通生”究竟是怎样实现的呢？唐玄宗指出，“和气冲虚，故为道用。用生万物，物被其功。
论功则物凝其光大，语冲则道曾不盈满，而妙本深静，常为万物之宗。（《疏》卷一）这是说，道的通生的功能是籍助于气来完成的，和气源源不断地分化出来，凝聚而为物，物体现了道的功能，而物的不断衍生则说明了道之虚，妙本的深与静。至于通生的具体程序，唐玄宗在注释《道德经》的“道生一，一生二，二生三，三生万物”时说，“一”是指冲和之精气，“道生一”指的是“道动出和气，以生于物”。但是，精气尚不能直接产生具体的事物，“应化之理，由自未足，更生阳气，积阳气以就一，故谓之二也。”精气必须有阳气配合。这还不够，精气又“积阴就二”而成“三”，这样阴阳交泰，冲和化醇，万物于是产生出来。这样产生出来的万物，也就“当须负荷阴气，怀抱阳气，爱养冲气，以为柔和”（《疏》卷六）。这个过程，唐玄宗不完全是从本源论的角度来看，更重要的是从本体论的角度来看。他说：“至道降？，为物根本，故称妙本。”（《疏》卷七）“妙本”的“生化”，一方面是“运动无穷”（《疏》卷三）的，另一方面是“遍于群有”而“无所偏私”的（《疏》卷三），再一方面，道虽然生化万物，但不居功，也“不为主宰，于彼万物，常无欲心”（《疏》卷四），也就是没有目的性，是纯粹的自然而然。
那么，万物化生出来之后，道与物之间的关系是什么呢？对此，唐玄宗用感应这一对概念作了探讨。他认为：“道性清静，妙本湛然，故常无为也。万物恃赖而生成，有感而必应，故无不为也。”（《疏》卷五）对道来说，“物感必应，应必缘感”（《疏》卷七）。道之所以功用泽被万物，就是因为它“应物遂通，化成天下”（《疏》卷一）。总之，物有所感，道必有所应。而且，道“应”物之“感”是“无心”（《疏》卷三）、“无常心”（《疏》卷七），“无私”（《疏》卷一）的。
物与道之间有感应的关系，人与道之间也同样。与物不同，人能够积极地感道而修道。唐玄宗指出：“夫人之正性，本自澄清，和气在躬，为至柔也。”（《疏》卷六）人的正性与妙本、道在实质内容上是一致的。但是，“及受形之后，六根爱染，五欲奔驰，则真性离散，失妙本矣。（《疏》卷二）为此，要“修性反德”，“望道为本”（《疏》卷七），“不离妙本，自有归无，还冥至道”（《疏》卷三）。那如何回返正性呢？唐玄宗认为，人与生俱来的本性是静，出生之后与物相感而动，人就有了欲望。