“本质论”是黑格尔逻辑学的第二部分内容。“本质论”是建立在“存在论”基础之上的，旨在通过事物的表面，挖掘事物潜在“底层”、“基础”、“本质”和“间接面”。这是“黑氏逻辑学”里相当重要的一部分，有点“方法论”的意思。“本质论”和“存在论”的范畴是不一样的。“存在论”的范畴都是直接性的，从认识论角度来讲，都是停留在直接的表面层次里的。而到了“本质篇”，认识总是出现一个从“直接”到“间接”的问题。因此，在“本质篇”里面的范畴都是成双成对而来的。
“本质论”具体可以分为三个阶段：一是“本质自身”。“本质自身”即本质在自身之内的反映。二是“现象”。“现象”是本质表现为它的对象，通过它的对立面来表现自身的阶段。三是“现实”。“现实”是“本质自身”与“现象”的统一，是“本质自身”的最终实现。
本质
黑格尔认为，“本质论”发展的第一个阶段是本质在自身内部的反思。实际上，本质在自身内部的反思是一种纯粹的反思；是一种内部的还没有表现为外在关系的反思；是一种绝对的、抽象的反思。本质在自身内部的反思的范畴包括同一、差别、根据等等。“同一”是本质自身反思的第一个环节。“同一”表现为本质自身“同一”的存在；本质在自身反思阶段的自身联系指的就是“同一”。“差别”是从“同一”推演出来的一个概念，分为绝对的差别、杂多和对立三种情况。“根据”是“同一”与“差别”的统一体。“根据”是事物的本质，一切事物的存在，都是有根据的，都不能离开根据而独立存在。
黑格尔认为，“本质论”发展的第一个阶段是本质在自身内部的反思。实际上，本质在自身内部的反思是一种纯粹的反思；是一种内部的还没有表现为外在关系的反思；是一种绝对的、抽象的反思。本质是绝对的，没有比本质的本身更深一层次的“再本质”。也就是说，本质自身内部的反思就是最基础的反思。但是，正因为本质是绝对的，所以在本质自身的反思阶段，本质并没有表现出来。也正是因为本质在自身的反思阶段还没有表现出来，所以“纯粹的存在”就是虚幻的，不真实的，不可触摸的，不现实的，甚至可以说是“没有本质的”。
本质在自身内部的反思的范畴包括同一、差别、根据等范畴。
1、“同一”
“同一”是本质自身反思的第一个环节。黑格尔认为，在本质阶段，“同一”表现为本质自身“同一”的存在；本质在自身反思阶段的自身联系指的就是“同一”。本质自身最大的特点就是它的“同一性”。
“同一”分为“抽象的同一”和“具体的同一”两种。“抽象的同一”是抛开任何差别和对立的“同一”，是绝对的“同一”。当然，“抽象的同一”自身的性质也决定了它的“同一性”是片面的，非真理的，是“伪同一”。“具体的同一”指的是在强调“同一性”的同时，把差别也包含在自身内部的“同一”中。黑格尔认为，“具体的同一”把同一性和差别性统一于一体，这才是“真正的同一”。
为什么把“同一性”和“差别性”统一于一体的“具体的同一”才是“真正的同一”呢？黑格尔认为，哲学是科学的科学，科学的科学是不应该把本质自身的“同一”看作是排斥一切差别性的“抽象的同一”。真理也只有在把“同一性”和“差别性”统一于一体的时候，才是真正的科学。因此，排斥一切差别性的“抽象的同一”是不科学的，是片面的。“真正的同一”应该是把“同一性”和“差别性”统一于一体的“具体的同一”。
2、“差别”
“差别”是从“同一”推演出来的一个概念，分为绝对的差
别、杂多和对立三种情况：
（1）“绝对的差别”
“绝对的差别”也称为“单纯的差别”或者“差异”。举个例子：苹果是苹果，香蕉是香蕉。苹果和香蕉是有差别的，并且苹果和香蕉之间的差别就是“绝对的差别”。但是苹果和香蕉的差别在哪里呢？我们只知道，苹果不是香蕉，香蕉不是苹果，但是苹果和香蕉的具体差别在哪？我们似乎不是很清楚。那么，苹果和香蕉的差别是不是就转化为“同一”了呢？我们不能这样理解。但是，我们至少可以知道：“同一”在包含着“同一性”的时候，至少也包含着“差别”的环节；“差别”在包含“差别性”的环节的时候，至少也包含了“同一”的环节。
（2）“杂多”
所谓“杂多”，是指事物各自独立，纷然复杂，彼此区别而没有本质联系。在“绝对的差别”中，“同一”在包含着“同一性”的时候，至少包含着“差别”的环节；“差别”在包含“差别性”的环节的时候，至少包含了“同一”的环节。于是，“同一”和“差别”在彼此包含的基础上又彼此独立，互不干涉。“杂多”指的就是“同一”和“差别”在彼此包含的基础上的彼此独立，互不干涉。
（3）“对立”
“对立”是差别的第三种情况。黑格尔认为，“同一”和“差别”在彼此包含的基础上的彼此独立、互不干涉就是“杂多”，也就是“无差异”。“无差异”和“差异”是相对的。在此基础上，黑格尔进一步推演出“对立”的概念：“对立”就是任何事物都包括“相异”和“不相异”两种环节的情况。黑格尔还认为，“对立”意义上的差别就是“本质的差别”。黑格尔在他的《小逻辑》中这样论述“本质的差别”：“在对立中，有差别之物并不是一般的他物，而是与它正相反的他物；这也就是说，每一方只有在它与另一方的联系中才能获得它自己的‘本质’规定，此一方只有反映另一方，才能反映自己；相应地，另一方也是如此。所以，每一方都是它自己的对方的对方。”很显然，黑格尔所谓本质的差别，是指肯定和否定两个方面的差别，这两个方面各自独立，相互排斥，但同时又相互关联，互为前提。难怪黑格尔认为，“本质的差别即是对立”。
另外，黑格尔还认为，“对立”是“绝对的差别”和“杂多”的统一体。
首先，“对立”包含“杂多”的成分。“对立”的双方是肯定和否定。“杂多”的成分也包括肯定和否定的对立。因此，“对立”含有“杂多”的成分。其次，“对立”包含有“绝对的差别”的成分。“绝对的差别”是绝对的，单纯的差别。例如：甲不是乙，包括甲对乙的否定，也包括乙对甲的否定。“杂多”指的就是肯定和否定的彼此独立，互不干涉。因此，“对立”包含有“绝对的差别”的成分。正如黑格尔在《大逻辑》中所讲：“在对立中，规定的反应或差别达到完成的地步。对立是同一性和杂多的统一体；对立的诸环节在一个同一性中表现为杂多，因而成为对立的。”只有在“同一性”的基础上，“杂多”才是“对立”的；没有“同一性”，“杂多”是不可能转化为“对立”的。
“矛盾”
黑格尔认为，“对立”着的任何一方，是必须在承认另一方存在的前提之下才存在自身的，否则，“对立”是不会存在的。从这一点上讲，“对立”着的双方是彼此包容的关系，离开对方，自己便不会存在。另外，“对立”着的双方是彼此排斥的，因此，“对立”着的双方又是独立存在的。由此，黑格尔在“对立”的基础上推演出了“矛盾”的概念。什么是“矛盾”呢？彼此既互相包容又互相排斥，既互相依赖又互相独立，这就是“矛盾”。黑格尔在它的著作中说：“差异一般已经就是自在的矛盾。”矛盾是“一个事物里包含着的对立”，对立双方“既彼此相关，而又彼此漠不相关”。这就是说，一切现实的事物都在自身中包含着相反的规定，是“作为相反规定的具体统一”。黑格尔认为，矛盾比它由之而来的同一、差别、对立等纯反思规定具有更高的真理性。
“矛盾”在哲学上是一个非常重要的概念。哲学自从有了“矛盾”，就开始生动起来。黑格尔说：“一切事物都自在地是矛盾……这个命题比其他命题更加能表述事物的真理和本质。”矛盾之所以是更深刻、更本质的东西，就是因为矛盾“是一切运动和生命力的根源；事物只因为自身具有矛盾，它才会运动，才具有动力和活动”。矛盾是一切自己运动的根本，而自己运动不过就是矛盾的表现。“因为自在的肯定事物本身就是否定性，所以它超出自身并引起自身的变化”。
矛盾的存在是客观的和普遍的，它不仅存在于理性中，而且为事物本身所固有。天地间绝对没有任何事物不具有矛盾，“矛盾是推动整个世界的原则”。而辩证法就是要阐述事物和概念的自身运动和发展，揭示一切运动、生命和事物的推动原则。所以黑格尔说，“本来意义的辩证法”就是“在对象的本质中发现本质自身所具有的矛盾”。可见，关于矛盾的思想在黑格尔的辩证法中占有非常重要的地位。
3、“根据”
在“同一”与“差别”的基础上，黑格尔推演出了“根据”的概念。黑格尔认为，“根据”是“同一”与“差别”的统一体。根据是事物的本质，一切事物的存在，都是有根据的，都不能离开根据而独立存在。《逻辑学》里这样论述“根据”：“这一命题通常是说：有了什么东西，就不能把它看作是有的直接物，而要看作是建立起来的东西；它并不停留在直接的实用或一般的规定性上，而是要从那里回到它的根据里。”从这里我们可以看出，“根据”就是事物内在的本质，本质实际上就是“根据”。有了“根据”的概念，我们在以后提到任何事物的时候，都要立刻想到它的“直接性”和它的“间接性”。它的直接性就是它存在的根据；它的间接性是因为它的直接性而存在的。
黑格尔把“根据”分为以下三个方面：
（1）“绝对的根据”
因“文”生“意”，“绝对的根据”是绝对的根据关系，一般的、普遍的根据关系。我们通常讲的“形式与本质”、“形式与质料”以及“形式与内容”的关系都是“绝对的根据关系”。再具体一点讲，“绝对的根据”就是对任何事物都实用的根据，是在任何情况下都实用的根据，绝对没有例外。
（2）“确定的根据”
同样因“文”生“意”，“确定的根据”是相对于“绝对的根据”而言的，是不同于一般的根据关系，是特殊的、具体的和有确定内容的根据关系。“确定的根据”又分为“形式的根据”、“现实的根据”和“完全的根据”三种。
a、“形式的根据”
“形式的根据”就是指“根据”和“有根据的东西”的绝对统一，就是“底层”和“表层”的绝对统一。在具体论述“形式的根据”之前，黑格尔提到了一个“充足理由律”的概念。黑格尔认为，“充足理由律”宣布任何事物在本质上都是直接的，也就是说，要想说明乙就只有通过甲。“充足理由律”告诉我们，当形式逻辑要求科学研究找到真正的根据的时候，另外还要求不以直接的材料为满足，即直接的材料不能作为根据。例如，在回答“为什么苹果能解渴？”这一问题的时候，不能用“因为苹果能解渴，所以苹果能解渴”来回答。但是形式逻辑对“充足理由律”本身的要求缺乏根据。之所以在“形式的根据”里，对“充足理由律”本身的要求缺乏根据，对根据的“根据”缺乏论证，或者说就是没有根据的根据，是因为，在“形式的根据”里，“根据”和“后果”实际上是互相来说明对方。或者说，在“形式的根据”里，就是把“有根据的东西”自身的内容又重复了一遍，而把这一次的重复认为是“根据”。用“根据”和“后果”来互相说明对方的情形最后会陷于一种没有结果的同义反复之中，也就是说，只是限于形式的“论证”。再例如，“为什么花儿会开花？”“因为花儿是能开花的植物。”在这个例子里，既有充分理由，也有充足的根据，但是这里的充分理由或者充足的根据都是多余的，都不能从本质上说明问题。
b、“现实的根据”
与“形式的根据”正好相反，在“现实的根据”里，“根据”和“有根据的东西”，“表层”和“底层”不再是一个内容了，而是从“有根据的东西”回归到“根据”，从“表层”回归到“底层”。在“现实的根据”里，“根据”的内容只涉及“有根据的东西”的一部分内在的本质，而不是从全局上把握事物。“现实的根据”总是从事物的某一部分谈起作为根据，因此，不管把哪一部分内容挑出来作为根据，都无法充分说明事物的本质，都不能成为事物的充分根据。