王罕父子败亡后，克烈部彻底瓦解，铁木真又除去了统一大草原的一个强大的对手，他成为蒙古最强有力的统治者。但是，他还有一个不可忽视的敌对势力——乃蛮部。乃蛮部坐落在蒙古西南部，在克烈部的西侧。这里的首领是“太阳罕”和他的儿子古出鲁克。王罕父子就是在逃出黑林后，碰上了乃蛮兵，被误杀的。
其实，当铁木真还受着王罕的保护时，就已经跟横在客列亦惕部西面那个最强大的乃蛮部接触了。乃蛮部因为受着畏兀儿文明的强烈影响，所以他们在全蒙古民族里面要算得一个最开化的部族了。他们可能是第一次把畏兀儿文字应用到蒙古语里面去，并且把它用来记写蒙古语的。除畏兀儿人夕卜，乃蛮部还跟突厥斯坦和七河地方的人民发生着关系。他们的国家因为伊斯兰教徒商人们的光临，所以在乃蛮社会的上层阶级里面都受着他们文化的影响，并且通过这个阶级一直到全民族。同时在乃蛮部里面景教派基督教徒的人数也相当多。
乃蛮部对于铁木真的勃兴，尤其是当客列亦惕强国的覆灭后，他已经成为蒙古中部和蒙古东部的最强有力的统治者时，它是不会不感到极大不安的。在备战练兵的日子里，太阳罕知道：光靠自己的力量，是战胜不了铁木真的。于是，他想到了居住在长城附近的汪古惕部落，因为其他的部落几乎都被铁木真消灭了，剩下的只是些无名之辈。只有这个汪古惕部还值得结成联盟。于是，他派人去游说汪古惕部，准备两面夹攻铁木真。
一天，他派人把能言会道的卓忽难找了来，说：“我准备出兵攻打蒙古，想派你到汪古惕部去一趟，请他们一起出兵。”
临行时，卓忽难对太阳罕说：“汗王请放心，不说服汪古惕部决不回来见您！”
“就看你的了！”太阳罕高兴地说，“你的嘴啊，能顶几万兵马呢！”
但是，太阳罕连做梦都不会想到：自己被汪古惕部反咬了一口。汪古惕部的首领叫阿剌兀思。他早料到了乃蛮部的太阳罕一定会派人来要他出兵相助，共同攻打蒙古部的铁木真。他事先就曾经召集手下，开会商量了这件事。
大家讨论的结果是：蒙古是自己的近邻，乃蛮离自己很远，如今铁木真又那样强大，如果跟太阳罕走一样的路，定会吃铁木真的眼前亏，实在是犯不着。
但是，当汪古惕部的阿剌兀思听说乃蛮派使者前来访问，便按照草原上的风俗热情地款待了卓忽难。
宴席上，有各色山珍海味，包括野鸡肉、狍子肉、飞龙肉应有尽有。
阿剌兀思举起酒杯，热情地说：“太阳罕没有忘记我这个远亲，今天还专门派使臣看望我，感激万分啊，来，我们干一杯！”卓忽难看阿剌兀思这样热情，寻思着：看来自己的事情有门儿！酒过三杯之后，卓忽难便准备把自己的来意告诉阿剌兀思：“阿剌兀思酋长，我这次来有件要事和您相谈。”
“嗯？不要客气，有什么事情尽管说吧？”
于是，他按照太阳罕的吩咐，请汪古惕部出兵。并且，作战计划已经商量好了，请他们和乃蛮部南北夹击铁木真。
阿剌兀思面带笑容耐心地听着。卓忽难不断地观察着阿剌兀思的神色，当他看到阿剌兀思的笑容，感到请兵这事已经是板上钉钉了，于是越说越起劲儿。
阿剌兀思仍在面带微笑耐心地听着。
直到最后，卓忽难终于把自己的话全说了。
“您说完了？”阿剌兀思笑着问道。
“嗯，这就是我们太阳罕王的意思！”
“很好，很好！”阿剌兀思挥了挥手：“来人！”
卓忽难以为阿剌兀思要下达出兵的命令呢，那高兴劲儿，乐得心花怒放。
随后进来4名大汉。卓忽难感觉有些不对，但是已经晚了。
“把这贼人给我绑起来，去送给铁木真！”阿剌兀思命令4名大汉。
卓忽难一听吓得差点尿了裤子，大声喊道：“您不能这样做啊！”
“的确是这样，我不能这样做出对不起铁木真的事。你真蠢，我们两家无冤无仇，要我出兵打他，做梦去吧！”阿剌兀思说。
当铁木真收到阿剌兀思送来的卓忽难后，既高兴又感激，马上派人给阿剌兀思送去2000匹马、2000头羊，另外还有一封表示友好的信。
铁木真便立刻开始准备新的战争。同时他着手把他的军队组织起来。铁木真的军队在这时候已经表现出一种相当坚强的威力。他的军队依据上古的制度，把他们分为千人队、百人队、十人队。任命汗所亲信的人，并且是有经验的领导者，去做“千户长”和“百户长”。因为需要照管辎重，所以设置着“扯儿必”的新官职。挑选精兵，组成一种“近卫”〔怯薛〕队，做成汗的亲卫队，去保卫他自己。它的组织，是放在严格的贵族基础上的。所选拔的乃是从千、百户长及“自由民”（答剌合惕）里面的子弟而有技能和良好身材的那些人们。
近卫队里面还包含着选拔出来的勇士（把阿秃儿）1000人，这种队伍在作战的时候则常常置在最前线，在和平的时候则备充保卫。铁木真因为深深地知道草原游牧民成为一种突然攻击的牺牲品是怎样的容易，或者经过这样的一击便使规模宏大的事业变成泡影，所以他特别留意去组织汗帐（斡儿朵）的有效保证。
近卫军的制度和千户长、百户长的委任，奠定了草原贵族制的军事组织的基础。贵族们已经不再是一种秩序紊乱和毫无纪律的民兵领袖了，“铁的纪律”已经在近卫军和千户的战斗队伍中实施，而在他的帐殿中也同样严格地在履行着。
在1204年夏之初月十六日，时年43岁的铁木真开始从事出征乃蛮部的战役。这件事虽然可说是先下手为强，但是也包含着相当的危险性。因为游牧民的马群，是终年逗留在草地上的，所以一到春天便自然而然变得特别消瘦了。
当他在开始进军以前，铁木真先用牺牲祭祀他的旄纛，因为这是依照蒙古人的观念，以为这个纛里是住着护军神速勒迭的。乃蛮部由塔阳汗和他的儿子古出鲁克所统率，前进去迎战蒙古军，但是结果却完全败北。
塔阳汗丧失了他的性命，同时具有相当奋发力的古出鲁克也逃到了阿勒台山里去。在《蒙古秘史》里，叙述着成吉思汗的军队，当前进征讨乃蛮部时，用史诗的体裁描写着汗自己和他的股肱骑士们的姿态说：“那时札木合亦在乃蛮处。塔阳汗问：‘那些赶来的，如狼将群羊般直赶至圈内的，是甚么人？’札木合说：‘是我铁木真安答用人肉养的四头狗，曾教铁索拴着。那狗铜额凿齿，锥舌铁心，用环刀做马鞭，饮露骑风。厮杀时，吃人肉。如今放了铁索，喜欢得垂涎着来了。四狗是哲别、忽必烈、者勒篾、速必台，塔阳又问札木合：随后如贪食的鹰般，当先来的是谁？’札木合说：‘是我铁木真安答，浑身穿着铁甲，似贪食的鹰般来了。你看见么？你们曾说，若见了忙豁勒（蒙古）时，教他们连小羊羔儿的蹄皮也不留，如今你试着罢！’”铁木真既然击灭了乃蛮，便把他们整个部族贬作了俘虏，他又进兵去征讨他的宿敌，这个宿敌就是由脱黑脱阿为首领的蔑儿乞惕部的“森林民”。他们又被成吉思汗所击破，但是脱黑脱阿却偕同他的两个儿子和少许部众脱身逃走了。这时候铁木真在蔑儿乞惕部中得到一个有名的美人，就是在蒙古史诗里面称扬的第4个后妃忽兰。
第二年，铁木真抱着剿灭他的仇敌乃蛮人古出鲁克和蔑儿乞惕人脱黑脱阿的果敢目的，统率着军队从事超越阿勒台山脉的更远距离的战役。
速必台，他的最干练将领之一，被派遣去追击蔑儿乞惕部的残余，以及和他们一起溃走的脱黑脱阿的几个儿子。这次胜利的结果，遂使铁木真成为全部北方蒙古的主人。一切蒙古部落都变成了他的臣下。这里硕果仅存的，只不过札木合薛禅一个人而已。
第二天，铁木真下令继续追赶逃兵：“斩草要除根，不能让这些仇敌溜掉。”于是，他派出两队追兵，自己率领一队人马以屈出律为目标，另一队以札木合为目标。
太阳罕手下的战将屈出律带着小队人马逃走以后，一路上疲于奔命，口渴难忍，后来终于来到了塔米儿河边，刚想捧水痛饮，不料铁木真的人马已经追到了河对岸。没有办法，他只好带着残部继续逃跑。直到龙骨河一带，骑兵们实在跑不动了，屈出律心想：跑也得死，战也得死，拼了吧！
于是，铁木真的这一路追兵和屈出律的残兵又展开了一场惨烈的大搏斗。
毕竞，屈出律这一方在人数上是劣势，又处于极度的疲劳状态，作战已经是力不从心了，最后，骑兵们都战死在龙骨河畔，而屈出律本人则凭着高超的武功，只身逃走了。
当铁木真的另一股追兵赶上札木合时，他已经被绑起来了。原来，札木合一路逃跑，最后，只剩下了5个随从，这5个随从一看大势不妙，暗中商量：铁木真早晚会追来，不如投降算了。于是，随从的5个人把札木合绑了起来，交给了铁木真。这5个人本想在铁木真面前讨个好处，不料，铁木真看着这5个人，冷冷地问道：“正在札木合拼命奔逃之时，是你们把札木合绑来的？”
“是呀，您不是要抓他吗？”其中的一个人讨好地说。
“札木合对你们如何？”
“还可以！”
“他信任你们吗？”
“非常信任！”
“既然札木合对你们还可以，又这么信任你们，那你们为什么还出卖他？”
那5个人不语。
“你们这群没良心，不讲义气的贼人！”铁木真说完，叫人把他们拉出去斩了。
札木合正为这5个人先他而死得意洋洋之时，铁木真转向札木合：“我的札木合安答，你为什么三番五次欲置我于死地？不过，虽然如此，我仍可念安答之情，放你一条生路。”
“你还够朋友，我死了也心安了！”札木合根本不服软。
“我们是安答，一起发过誓言，对不对？”铁木真问。“对，我们曾经发过誓！”札木合回答说，“那誓言我也记得，谁若是背叛了朋友，必死！”
“所以，我就没想活。”札木合沉思了一会儿，接着说，“再说，世界上不能有两个太阳，今天你既然已经成了蒙古草原的‘太阳’，我札木合就不必再活了。不过，我还是希望你让我不出血而死。”
“好，我答应你！现在就依照你的话，叫你不流血而死，之后，我还会以礼埋葬！”随后，铁木真命令手下的人将札木合装在麻袋里勒死了。
太阳罕眼看大势已去，就带着妻子躲进了一个山洞里。不久就被捉住杀掉了。就这样，乃蛮部灭亡了，剩下来的乃蛮兵看到太阳罕被欲了头，都跪在地上求降。而札木合召集来的那些塔塔尔、蔑里吉、只儿斤等各部的残兵败将，也都做了铁木真的俘虏。
札木合一死，漠北就再没有人能同铁木真争夺汗位了。