十三年春正月辛卯，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月丁未，南京地震。京师自去年八月不雨，至于是月。庚午，大雩。三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞袭把兔儿炒花，大破之。壬辰，减杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。夏四月丙午，大雩。戊申，以旱诏中外理冤抑，释凤阳轻犯及禁锢年久罪宗。戊午，步祷于南郊，面谕大学士等曰：“天旱虽由朕不德，亦天下有司贪婪，剥害小民，以致上干天和，今后宜慎选有司。”蠲天下被灾田租一年。五月丙戌，雨。六月辛丑，慈宁宫成。壬寅，建武所乱卒伏诛。是月，四川松、茂番作乱。秋八月己酉，京师地震。闰九月戊戌，振淮、凤灾。癸卯，如天寿山阅寿宫。戊申，还宫。庚申，停刑。冬十二月丁卯，汰惜薪司内官冗员。
是月，顺义王乞庆哈卒。是年，土鲁番、乌斯藏入贡。
十四年春二月癸未，严外官馈遗。三月戊戌，以旱霾，谕廷臣陈时政。癸卯，禁部曹言事，罢治京畿水田。癸丑，赐唐文献等进士及第、出身有差。戊午，久旱，敕修省。夏四月癸酉，京师地震。六月癸未，松茂番平。是夏，振直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥。山西盗起。秋七月癸卯，振江西灾。戊申，敕户、兵二部抚安灾民，严保甲。是月，淇县贼王安聚众流劫，寻剿平之。九月壬辰，王家屏以忧去。乙卯，停刑。己未，发帑遣使振河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾。冬十月丙寅，礼部主事卢洪春以疏请谨疾，杖阙下，削籍。十一月癸卯，祀天于南郊。是年，土鲁番入贡。
十五年春正月壬辰，发帑振山西、陕西、河南、山东诸宗室。三月乙卯，乞庆哈子撦力克袭封顺义王。夏四月，京师旱，大疫。六月戊辰，禁廷臣奢僣。
是月，京师大雨。振恤贫民。秋七月，江北蝗，江南大水，山西、陕西、河南、山东旱，河决开封，蠲振有差。八月庚申，以灾沴频仍，敕抚、按官惩贪吏，理冤狱，蠲租、振恤。九月丁亥朔，日当食，阴云不见。己丑，停刑。冬十月庚申，大学士申时行请发留中章奏。十一月戊子，郧阳兵噪，巡抚都御史李材罢。是年，哈密、琉球、乌斯藏入贡。
十六年春三月壬辰，诏改《景皇帝实录》，去郕戾王号，不果行。山西、陕西、河南及南畿、浙江并大饥疫。夏四月，振江北、大名、开封诸府饥。五月，四川建昌番作乱，讨平之。乙巳，以军储仓火及各省灾伤，敕内外官修省。六月庚申，京师地震。甲子，以灾伤停减苏、杭织造。秋七月乙卯，免山东被灾夏税。
庚午，定边臣考绩法。八月乙未，诏取太仓银二十万充阅陵赏费。九月己未，停刑。庚申，如天寿山阅寿宫。甲子，次石景山观浑河。乙丑，还宫。庚午，甘肃兵变，巡抚都御史曹子登罢。是月，青海部长他不囊犯西宁，杀副将李魁。冬十一月辛酉，禁章奏浮冗。是年，乌斯藏入贡。
十七年春正月己酉朔，日有食之。丁巳，太湖、宿、松贼刘汝国等作乱，安庆指挥陈越讨之，败死。二月丙申，吴淞指挥陈懋功讨平之。三月丙辰，免升授官面谢。自是临御遂简。癸亥，云南永昌兵变。乙丑，赐焦竑等进士及第、出身有差。夏四月己亥，王家屏复入阁。始兴妖僧李圆朗作乱，犯南雄，有司讨诛之。
六月甲申，浙江大风，海溢。己丑，永昌乱卒平。乙巳，南畿、浙江大旱，太湖水涸，发帑金四十万振之。秋八月壬寅，严匿名揭之禁。冬十月癸未，停刑。癸卯，黄河决口工成。十二月己丑，谕诸臣遇事勿得忿争求胜。是年，安南、乌斯藏入贡。
十八年春正月甲辰朔，召见大学士申时行等于毓德宫，出皇长子见之。夏四月甲申，振湖广饥。六月己卯，免畿内被灾夏税。甲申，青海部长火落赤犯旧洮州，副总兵李联芳败没。乙酉，更定宗藩事例，始听无爵者得自便。秋七月庚子朔，日有食之。乙丑，召见阁臣议边事，命廷臣举将材。己巳，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。是月，火落赤再犯河州、临洮，总兵官刘承嗣败绩。八月癸酉，停撦力克市赏。冬十月戊寅，振临洮被兵军民。十二月甲申，遣廷臣九人阅边。是年，安南入贡。
十九年春正月，顷甸寇永昌、腾越。二月乙酉，总兵官尤继先败火落赤余众于莽剌川。闰三月丁丑，以彗星见，敕修省。己卯，责给事中、御史风闻讪上，各夺俸一年。夏四月丙申，享太庙。是后庙祀皆遣代。五月壬午，四川四哨番作乱，巡抚都御史李尚思讨平之。六月壬子，王锡爵归省。秋七月癸未，谕廷臣，国是纷纭，致大臣争欲乞身，此后有肆行诬蔑者重治。八月丁酉，免河南被灾田赋。九月壬申，许国致仕。甲戌，申时行致仕。丁丑，吏部侍郎赵志皋为礼部尚书，前礼部侍郎张位为吏部侍郎，并兼东阁大学士，预机务。冬十月癸巳，京营军官哗于长安门。十二月甲午，诏定戚臣庄田。癸丑，河套部敌犯榆林、延绥，总兵官杜桐败之。是年，畿内蝗，南畿、浙江大水，蠲振有差。琉球入贡。
二十年春正月丙戌，给事中孟养浩以言建储杖阙下，削籍。三月戊辰，宁夏致仕副总兵哱拜杀巡抚都御史党馨、副使石继芳，据城反。辛未，王家屏致仕。
壬申，总督军务兵部尚书魏学曾讨宁夏贼。戊寅，赐翁正春等进士及第、出身有差。夏四月甲辰，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。甲寅，甘肃巡抚都御史叶梦熊帅师会魏学曾讨贼。撦力克擒贼，叩关献俘，复还二年市赏。五月，倭犯朝鲜，陷王京，朝鲜王李<口公>奔义州求救。六月丁未，诸军进次宁夏，贼诱河套部入犯，官军击却之。秋七月癸酉，免陕西逋赋。甲戌，副总兵祖承训帅师援朝鲜，与倭战于平壤，败绩。甲申，罢三边总督魏学曾，以叶梦熊代之，寻逮学曾下狱。
八月乙巳，兵部右侍郎宋应昌经略备倭军务。己酉，诏天下督抚举将材。九月壬申，宁夏贼平。冬十月壬寅，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，充防海御倭总兵官，救朝鲜。是月，振畿内、浙江、河南被灾诸府蠲租有差。十一月戊辰，御午门，受宁夏俘。十二月甲午，以宁夏贼平，告天下。是年，暹罗、土鲁番入贡。
二十一年春正月甲戌，李如松攻倭于平壤，克之。辛未，王锡爵还朝。辛巳，诏并封三皇子为王，廷臣力争，寻报罢。壬午，李如松进攻王京，遇倭于碧蹄馆，败绩。二月甲寅，敕劳东征将士。夏四月癸卯，倭弃王京遁。六月丁酉，诏天下每岁夏月录囚，减释轻系，如两京例。癸卯，倭使小西飞请款。秋七月癸丑，召援朝鲜诸边镇兵还。乙卯，慧星见，敕修省。八月丙戌，以灾异敕戒内外诸臣修举实政。冬十月丙申，停刑。十二月丙辰，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事，召宋应昌、李如松还。是年，振江北、湖广、河南、浙江、山东饥。河南矿贼大起。乌斯藏入贡。
二十二年春正月己亥，诏以各省灾伤，山东、河南、徐、淮尤甚，盗贼四起，有司玩愒，朝廷诏令不行。自今以安民弭盗为抚按有司黜陟。二月癸丑，皇长子常洛出阁讲学。甲子，遣使振河南，免田租。三月癸卯，诏修国史。夏四月己酉朔，日有食之。五月辛卯，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯并兼东阁大学士，预机务。庚子，王锡爵致仕。六月己酉，雷雨，西华门灾。敕修省。秋七月丙申，河套部长失兔犯延绥。是月，延绥总兵官麻贵败河套部敌于下马关。冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠总督川、贵军务，讨播州宣慰使杨应龙。丁卯，诏倭使入朝。是月，炒花犯辽东，总兵官董一元败之。是年，琉球、乌斯藏入贡。
二十三年春正月癸卯，遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。
三月乙未，赐朱之蕃等进士及第、出身有差。夏五月丁酉，京师地震，敕修省。
秋九月戊寅，青海部长永邵卜犯甘肃，参将达云败之。乙酉，诏复建文年号。冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。十二月辛丑，大学士赵志皋等请发留中章奏，不报。是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
二十四年春二月戊申，麻贵袭河套部，败之。三月乙亥，乾清、坤宁两宫灾，敕修省。壬辰，下诏自责。是月，火落赤犯洮河，总兵官刘綎破走之。夏四月己亥，李宗城自倭营奔还王京。五月戊辰，河套部敌犯甘肃，总兵官杨浚击破之。
庚午，复议封倭，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬往。六月，振福建饥。秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请发推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。闰八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大学士赵志皋请视朝，发章奏，罢采矿，不报。九月乙未，杨方亨至日本，平秀吉不受封，复侵朝鲜。
乙卯，葬孝安庄皇后。是月，河套部犯宁夏。总兵官李如柏击败之。是秋，河决黄堌口。冬十月丙子，停刑。乙酉，始命中官榷税通州。是后，各省皆设税使。
群臣屡谏不听。十二月乙亥，陈于陛卒。