神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，讳翊钧，穆宗第三子也。
母贵妃李氏。隆庆二年，立为皇太子，时方六岁。性岐嶷，穆宗尝驰马宫中，谏曰：“陛下天下主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗喜，下马劳之。陈皇后病居别宫，每晨随贵妃候起居。后闻履声辄喜，为强起。取经书问之，无不响答，贵妃亦喜。由是两宫益和。
六年五月，穆宗崩。六月乙卯朔，日有食之。甲子，即皇帝位。以明年为万历元年，诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡，有苗裔者恤录。庚午，罢高拱。丁丑，高仪卒。壬午，礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士，预机务。秋七月丁亥，初通漕运于密云。庚寅，察京官。己亥，戒谕廷臣，诏曰：“近岁以来，士习浇漓，官方刓缺，诋老成为无用，矜便佞为有才。遂使朝廷威福之柄，徒为人臣报复之资。用是薄示惩戒，余皆曲贷。诸臣宜祓除前愆，共维新政。若溺于故习，背公徇私，获罪祖宗，朕不敢赦。”庚子，尊皇后曰仁圣皇太后，贵妃曰慈圣皇太后。八月戊午，祀大社大稷。九月甲午，葬庄皇帝于昭陵。冬十月己未，侍郎王遴、吴百朋、汪道昆分阅边防。辛酉，停刑。十一月乙未，河工成。十二月辛酉，振榆林、延绥饥。甲戌，以大行未期，罢明年元夕灯火及宫中宴。
万历元年春二月癸丑，御经筵。三月丙申，诏内外官举将材。夏四月乙丑，潮、惠贼平。庚午，旱，谕百官修省。五月甲申，诏内外官慎刑狱。六月壬申，振淮安水灾。秋七月，河决徐州。九月癸未，振荆州、承天及济南灾。丙戌，四川都掌蛮平。癸卯，停刑。冬十一月庚辰，命诸司立程限文簿，以防稽缓。十二月己未，振辽东饥。是年，暹罗、琉球入贡。
二年春正月甲午，召见朝觐廉能官于皇极门。二月甲寅，振四川被寇诸县。
三月癸巳，赐孙继皋等进士及第、出身有差。夏四月丙寅，诏内外官行久任之法。
五月辛丑，穆宗神主祔太庙。八月己巳，振山西灾。庚午，振淮、扬、徐水灾。
冬十月甲寅，决囚。丁卯，视朝阅铨选。闰十二月庚寅，诏罢明年元夕灯火。是年，琉球入贡。
三年春正月丁未，享太庙。二月戊寅，祀大社大稷。辛巳，诏南京职务清简，官不必备。丙申，始命日讲官分直记注起居，纂缉章奏，临朝侍班。夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，书谨天戒、任贤能、亲贤臣、远嬖佞、明赏罚、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存敬畏、纳忠言、节财用十二事于座右，以自警。
五月庚子，淮、扬大水，诏察二府有司，贪酷老疾者罢之。六月戊辰，浙江海溢。
戊寅，命抚、按官，有司贤否一体荐劾，不得偏重甲科。是夏，苏、松、常、镇大水。秋八月丙子，礼部侍郎张四维为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。丁丑，河决高邮、砀山。戊子，免淮、扬、凤、徐被水田租。九月戊午，京师地震。冬十月丁卯，地再震，敕群臣修省。戊辰，停刑。十一月乙巳，祀天于南郊。十二月辛未，诏罢明年元夕灯火。是年，安南、琉球、暹罗、土鲁番入贡。
四年春正月丁巳，辽东巡按御史刘台以论张居正逮下狱，削籍。夏五月戊申，祀地于北郊。六月庚辰，复遣内臣督苏、杭织造。秋七月丁酉，谕吏、户二部清吏治，蠲逋赋有差，明年漕粮折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草湾河工成。八月壬戌，释奠于先师孔子。是秋，河决崔镇。
冬十月乙亥，振徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水灾，蠲租有差。
是年，安南、琉球、乌斯藏、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密入贡。
五年春正月己酉，诏凤阳、淮安力举营田。二月乙丑，振广西饥。三月乙巳，赐沈懋学等进士及第、出身有差。夏五月癸巳，广东罗旁瑶平。秋八月癸亥，河复决崔镇。闰月乙酉朔，日食，阴云不见。九月己卯，起复张居正。冬十月乙巳，以论张居正夺情，杖编修吴中行、检讨赵用贤、员外郎艾穆、主事沈思孝，罢黜谪戍有差。丁未，杖进士邹元标，戍边。十一月癸丑，以星变考察百官。是年，琉球入贡。
六年春正月，筑决河堤。二月戊戌，免兖、青、登、莱所属逋赋。庚子，立皇后王氏。三月甲寅，礼部尚书马自强兼文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼东阁大学士，预机务。甲子，张居正葬父归。夏四月乙未，免湖广、四川逋赋。丙午，诏户部岁增金花银二十万两。六月乙未，张居正还京师。秋七月乙卯，吕调阳致仕。丙子，诏江北诸府民，年十五以上无田者，官给牛一头、田五十亩开垦，三年后起科。九月庚午，诏苏州诸府开垦荒田，六年后起科。辛未，停刑。冬十月辛卯，马自强卒。十一月辛酉，礼天于南郊。是年，乌斯藏入贡。
七年春正月戊辰，诏毁天下书院。二月己丑，遣使分阅边防。三月甲子，免淮、扬逋赋。夏五月癸亥，祀地于北郊。六月辛卯，核两畿、山东、陕西勋戚田赋。秋七月壬子，振苏、松水灾，蠲税粮。戊午，京师地震。是年，乌斯藏入贡。
八年春二月辛未朔，日有食之。戊子，耕耤田。戊戌，河工成。三月辛亥，奉两宫皇太后如天寿山谒陵，免所过田租。甲寅，还宫。丁卯，赐张懋修等进士及第、出身有差。夏闰四月庚申，广西八寨贼平。冬十月辛丑，汰内外冗官。乙巳，振苏、松、常、镇饥。十一月丙子，诏度民田。是年，琉球入贡。
九年春正月庚午，敕边臣备警。辛未，裁诸司冗官。癸酉，土蛮犯锦州，游击周之望败没。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，辽东总兵官李成梁袭败土蛮于袄郎兔。三月丙寅，大阅。是月，土蛮犯辽阳，副总兵曹簠御之，败绩。夏四月丁酉，振山西被灾州县。乙卯，振苏、松、淮、凤、徐、宿灾。户部进《万历会计录》。秋八月丁未，扬州大水。九月丁亥，停刑。冬十月己亥，土蛮犯广宁、义州，李成梁御却之。十一月丙戌，振真定、顺德、广平灾，免税粮。是年，裁各省冗官，核徭赋，汰诸司冒滥冗费。琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏入贡。
十年春二月癸巳，顺义王俺答卒。丁酉，免天下积年逋赋。三月庚申，杭州兵变，执巡抚吴善言。丁卯，兵部侍郎张佳胤巡抚浙江，讨定之。丙子，泰宁卫部长速把亥犯义州，李成梁击斩之。己卯，倭寇温州。夏四月戊子朔，谕礼部，令民及时农桑，勿事游惰。甲午，宁夏土军马景杀参将许汝继，巡抚都御史晋应槐讨诛之。庚子，以久旱敕修省。五月庚申，免先师孔子及宋儒朱熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子翚，故大学士杨荣后裔赋役有差。庚辰，振畿内饥。六月丁亥朔，日有食之。壬寅，振太原、平阳、潞安饥。乙巳，前礼部尚书潘晟兼武英殿大学士，吏部侍郎余有丁为礼部尚书兼文渊阁大学士，预机务。晟寻罢。丙午，张居正卒。秋七月庚午，振平、庆、延、临、巩饥。九月丙辰，以皇长子生，诏赦天下。甲子，上两宫皇太后徽号。冬十月丙申，苏、松大水，蠲振有差。十二月壬辰，太监冯保谪奉御，籍其家。壬寅，复建言诸臣职。是年，免畿内、山西被灾税粮。哈密、乌斯藏入贡。
十一年春正月壬戌，敕严边备。闰二月甲子，俺答子乞庆哈袭封顺义王。缅甸寇永昌。乙丑，如天寿山谒九陵，免所过田租。庚午，如西山谒恭让章皇后、景皇帝陵。辛未，还宫。乙酉，振临、巩、平、延、庆五府旱灾，免田租。三月甲申，追夺张居正官阶。庚子，赐朱国祚等进士及第、出身有差。夏四月丁巳，张四维以忧去。己未，吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。甲戌，承天大雨，江溢。是月，广东罗定兵变。五月，我大清太祖高皇帝起兵征尼堪外兰，克图伦城。六月乙丑，振承天、汉阳、郧阳、襄阳灾。秋八月丙辰，免山西被灾税粮。九月甲申，如天寿山谒陵。己丑，还宫。冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水灾，蠲振有差。十一月己卯朔，日有食之。十二月庚午，慈宁宫灾，敕修省。是年，琉球入贡。
十二年春二月丁卯，京师地震。己巳，释建文诸臣外亲谪戍者后裔。三月己亥，减江西烧造瓷器。夏四月乙卯，籍张居正家。丁巳，游击将军刘綎讨平陇川贼。五月甲午，京师地震。六月辛亥，以云南用兵，免税粮及逋赋。秋八月丙辰，榜张居正罪于天下，家属戍边。九月丙戌，奉两宫皇太后如天寿山谒陵。己丑，作寿宫。辛卯，还宫。冬十月丁巳，停刑。丙寅，免湖广、山东被灾税粮。
十一月己丑，余有丁卒。十二月甲辰，前礼部侍郎王锡爵为礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，预机务。癸亥，罢开银矿。是年，安南、乌斯藏入贡。