戊戌变法运动失败后两年，即光绪二十六年（1900），又爆发了震撼世界的义和团反帝爱国运动。这场运动是甲午战后帝国主义侵略加深、民族灾难空前严重的产物，是中国人民反侵略、反瓜分斗争发展的高峰，也是长期以来遍及全国的反教会侵略斗争的继续和发展。
义和团源自义和拳、梅花拳和大刀会等民间秘密结社，其组织成员主要活动在山东、直隶、豫东、苏、皖北部一带，以设坛练拳为形式，以“保卫身家，防御盗贼”为口号，吸引群众参加。甲午战后，随着帝国主义侵略的加深，义和拳斗争的矛头开始指向帝国主义。光绪二十四年八月（1898年10月），梅花拳首领赵三多在山东冠县梨园屯（今属河北威县），首先率众起义。自光绪十二年（1886）德国传教士至冠县城北梨园屯传教以来，教民与村民争夺当地玉皇庙的斗争，始终未断。光绪二十四年（1898），新任山东巡抚张汝梅迫于外国教士压力，派员拆除玉皇庙，再次激起村民的反抗。村民阎书勤邀请直隶县梅花拳首领赵三多前来支援。赵三多将梅花拳改称义和拳，在梨园屯亮拳设场。八月十八日（10月3日），赵三多等拳众在冠县蒋家庄祭旗举义，举起“助清灭洋”旗帜，从而揭开了义和团运动的序幕。随后，拳众分兵两路，一路由阎书勤率领，活动在直鲁交界地区；一路由赵三多率领，沿运河北上，活动于直隶南部。与此同时，鲁西北的茌平、高唐、禹成、长清、平原等州县的义和拳，在朱红灯和心诚（本明）和尚的领导下，也积极展，开了反洋教斗争。光绪二十五年（1899）秋，平原县杠子李庄教民地主李金榜仗势欺压拳民李长水。发生冲突后，知县蒋楷袒教抑民。朱红灯应平原县义和拳的邀请，率众支援当地的反教会侵略的斗争，九月（10月），在平原县与恩县交界处的森罗殿大败前来镇压的清军。从此，朱红灯成为鲁西北义和拳的旗手，以致出现了“济南至德州三百余里皆其党羽”的局面。面对义和拳反抗斗争的迅猛发展，山东巡抚毓贤一方面感到义和拳声势浩大，防不胜防，剿不胜剿，不如抚而用之；另二方面又目睹义和拳起事皆因“教民肆虐太甚，乡民积怨不平”而引起的事实，于是对义和拳从一味镇压转而采取剿抚兼施而以抚为主的方针，以便达到既控制义和拳又利用义和拳排外的目的。为此，他派济南知府卢昌诒亲往平原境内抚绥义和拳，并通令山东各地义和拳、大刀会一律改为“民团”。从此，山东、直隶等地的义和拳普遍改称义和团，“扶清灭洋”、“兴清灭洋”、“保清灭洋”一类口号，也在山东义和团队伍中进一步流行起来，义和团在山东得到了更大的发展。
伊藤博文义和团运动的蓬勃兴起，引起了帝国主义强烈的恐惧和仇视，他们要挟清政府迅速撤换毓贤，并指名要袁世凯继任山东巡抚。在帝国主义的压力下，光绪二十五年十一月四日（1899年12月6日），清政府令毓贤赴北京，由袁世凯代理山东巡抚。袁世凯到山东后，立即发布《查禁义和拳匪告示》，对义和团进行威胁恫吓；同时联合青岛德国军队和各地教堂武装，对义和团进行疯狂屠杀。广大人民对袁世凯的暴行恨之入骨，喊出了“杀了袁鼋蛋，我们好吃饭”的口号。有人还在巡抚衙门的照墙上，画了一个头戴红顶花翎的大乌龟，俯伏在洋人屁股后面，表示对袁世凯的愤恨。在袁世凯的血腥镇压下，山东义和团运动暂时转入低潮，一部分转移到直隶继续活动。
直隶南部地区的义和团运动，几乎与山东同时兴起。光绪二十六年（1990）春，山东一部分义和团成员流散到直隶后，进一步推动了直隶地区义和团运动的发展。三、四月（4、5月）间，义和团的组织已遍及全省各个地区，并控制了直隶的省府保定城。接着，义和团从保定向北发展到新城、定兴、涞水、涿州一带，逼近北京；向东发展到雄县、霸县、静海等地，逼近天津，从而在津、京、保三角地带形成了一个新的斗争中心。义和团运动在直隶的发展，引起了帝国主义的仇视，也遭到了清军的镇压。四月（5月）下旬，涞水县义和团全歼副将杨福同所率马队七十余人，杨本人也被击毙。义和团二三万人乘胜进占涿州城，继而直趋北上，捣毁高碑店、涿州、琉璃河、长辛店、丰台等地的火车站，连慈禧太后的“龙车”也被烧毁。
义和团进抵北京、天津附近，直接威胁到清政府的统治。在这样一种局势面前，清政府中一部分顽固派官员主张暂时承认义和团合法，加以控制利用，使自己躲避开群众运动的打击。经过多次密议后，慈禧太后决定接受这部分人的建议，对义和团的策略再次由以剿为主转为以抚为主，默许京外义和团入京。从此，义和团在清政府的默许下，大批涌入北京和天津。到五月（6月）下旬，北京城内的义和团已达到十余万人，许多宫内太监和清军士兵也纷纷加入。同时期进入天津的义和团也不下三万人，著名义和团首领曹福田、张德成等相继在天津设立坛口，红灯照首领林黑儿也在天津城北建立起红灯照坛口。北京、天津实际已为义和团所控制。
义和团在直隶及京、津地区的迅猛发展，在全国范围内引起强烈反响。光绪二十六年（1900）夏，从黑龙江到两广，从江浙到陕甘、新疆的广大地区内，都出现了人民群众的反教会斗争，有的直接打出义和团的旗号，有的与义和团的反帝斗争遥相呼应，形成了席卷全国的农民反帝风暴。
义和团运动是一个广泛群众性的反帝爱国运动。义和团的主要成分是农民。此外，城乡手工业者和水陆交通运输工人，也是义和团的重要组成部分。在运动高潮时期，一些守旧官绅、清军士兵也加入到义和团行列，从而使义和团的成分趋于复杂。
义和团起源于民间的秘密结社，因此，它从始至终在全国未建立起统一的组织和统一的领导机构。义和团的基层组织为“坛”，或称“坛厂”、“拳厂”。团民分别属于各个坛口，并围绕坛口进行各种活动，平时主要是操练武术气功，求神、喝符、念咒。一村一镇或一街一巷设一坛或数坛不等。有的地区，在几个或十几个坛口之上，还设有总坛口。总坛口的负责人称老师，坛的首领称大师兄、二师兄，男团员称“大众”，彼此互称“师兄”；女团员称“二众”，彼此互称“姊妹”，在团内地位一律平等。各总坛口之间没有统属关系，每当斗争需要联合行动时，则散发帖子邀请，由有声望的大坛口负责人统一指挥战斗。由于有着共同的斗争目标，所以能够做到“传单一出，千人立聚”，虽远在千里之外，也能迅速前来参加战斗。
由于组织的分散，义和团在各地提出的口号不尽相同。但从光绪二十四年（1898），山东冠县义和团打出“助清灭洋”或“扶清灭洋”的旗帜后，类似的口号就在各地义和团中迅速地流传开来。在义和团运动高潮中，“扶清灭洋”同样是各地义和团的主要口号和旗帜。这个口号，是帝国主义和中华民族的矛盾上升为最主要矛盾、封建主义和人民大众的矛盾降到次要的服从的地位这一客观现实，在农民群众中的朴素的反映。“灭洋”作为农民群众朴素的反帝口号，触及到了“救亡”这一时代的主题，具有无可争辩的正义性；但它又是笼统排外的口号，反映了义和团对帝国主义的认识还处于“表面的感性的认识阶段”。“扶清”可以减少来自清朝官府的压力，集中力量反帝，但也模糊了人们对清政府反动本质的认识，给清政府对反帝运动的破坏，造成了可乘之机。总之，这个口号的提出，从积极的意义上来说，它在某种程度上减轻了义和团反帝斗争的阻力，有利于争取更广泛的群众参加到义和团运动当中来，促进了义和团运动高潮的到来。但是，这个口号并不是也不可能是农民阶级对客观形势进行科学分析的结果，因此它也就不可能把群众反帝斗争引向胜利。
义和团运动的蓬勃发展，沉重地打击了帝国主义在华的侵略势力。帝国主义各国为了镇压中国人民的反帝运动，保持和扩大它们在华的侵略权益，进而实现瓜分中国的野心，决定联合出兵，发动一场空前残暴的对华战争。
早在光绪二十六年三月（1900年4月），列强就向清政府发出联合照会，限令“两月以内，悉将义和团“匪”一律剿除，否则将派水陆各军驰入山东、直隶两省，代为剿平”。①五月一日至三日（5月28日至30日），各国公使经反复磋商，决定联合出兵镇压义和团。他们一面调集在华武装组成特遣队前来北京“保护使馆”；一面电请各国政府增兵来华，并警告清政府说：“不论中国政府的态度如何，各外国公使已决定调兵来北京，我们劝告中国政府让步，以免引起意外的结果。”②清政府屈服于各国的压力，竟同意侵略军进京。这样，于五月四日和六日（5月31日和6月2日），俄、英、美、日、德、法、意、奥八国侵略军四百余名，分两批乘火车进入北京。与此同时，各国舰队和侵略军迅速向渤海湾集结，到五月六日（6月2日），停泊在大沽口外的外国军舰达到二十四艘，侵略军达八千人。五月十四日（6月10日），八国侵略军二千三百名，在英国海军中将西摩率领下从天津向北京进犯。五月二十一日（6月17日），侵略军悍然向大沽炮台发起猛烈攻击，经六小时激战，大沽炮台失守。至此，八国联军侵华战争正式爆发。
光绪二十六年五月（1900年6月）中旬，在清政府面前出现了极其复杂而又严重的局势：一方面，帝国主义联合发动了对华的侵略战争；另一方面，义和团的反帝斗争，因帝国主义的武装进攻而更加高涨。究竟如何办，清政府必须作出迅速的抉择。为此，从五月二十日至二十三日（6月16日至19日），慈禧太后连续召开四次御前会议进行研究。会上，对帝国主义是和还是战？对义和团是剿还是抚？发生了严重分歧。吏部侍郎许景澄、太常寺卿袁昶等人主张剿杀义和团，使洋人不再派兵入京。光绪帝支持这一派人的主张。端王载漪、协办大学士刚毅等则主张利用义和团与列强对抗。双方互不相让，会议无法作出决定。二十三日（19日），大沽炮台失守、联军大举入侵的消息传到北京，慈禧太后紧急召开第四次御前会议，决定对各国宣战。五月二十五日（6月21日），清政府发布宣战上谕，表示对侵略者要“大张挞伐，一决雌雄”。同时，清政府发出正式招抚义和团的上谕，奖给义和团粳米十万石、白银十万两，并任命庄亲王载勋、协办大学士刚毅等统辖义和团，要义和团绝对听从他们的管理和指挥，违者处死。表面上看来，清政府似乎要与帝国主义决战了，其实不过是故作姿态罢了。二十九日（25日），即宣战后四天，慈禧太后在答李鸿章的谕旨中说：“此次之变，事机杂出，均非意料所及。朝廷慎重邦交，从不肯轻于开衅。”三十日（26日），在答复各省督抚时又说：“此次义和团民之起，数日之间，京城蔓延几遍，其众不下十数万，自兵民以至王公府第，所在皆有。剿之则即刻祸起肘腋，生灵涂炭，只可因而用之，徐图挽救。”③六月三日（6月29日），清政府电令驻外使节，向各国解释对外宣战非出自朝廷本心，乞求各国谅解，并无耻表示对义和团这股“乱民”，一定“设法相机自行惩办”④。这一切，充分说明清政府对外宣战的根本原因，是借宣战躲过义和团的打击锋芒，并有效地控制义和团，最后借助帝国主义的力量消灭义和团。
清政府宣战后，东南各省督抚公开抗拒，宣称凡五月二十五日以后的“宣战”与“招抚”上谕都是“矫诏”，概不奉行。同时，他们又直接与帝国主义订立约章，实行所谓“东南互保”。五月三十日（6月26日），两江总督刘坤一、湖广总督张之洞委托督办铁路事务的买办官僚盛宣怀指使上海道余联沅与各国驻上海领事制订《东南互保约款》、《保护上海城厢内外章程》，规定：“上海租界归各国共同保护，长江及苏杭内地均归各督抚保护，两不相扰，以保全中外商民人命产业为主”⑤。不久，两广总督李鸿章、山东巡抚袁世凯、浙江巡抚刘树棠、闽浙总督许应骚等都参加了“东南互保”。这一举措，使帝国主义解除了后顾之忧，可以集中力量在北方发动侵略战争，并且阻碍了义和团运动向南方的发展，破坏了东南各省人民的反帝斗争。
八国联军的侵略战争，激起了义和团和部分爱国官兵的英勇抵抗。他们不顾清政府的阻挠破坏，顽强地战斗在反侵略战争的最前线，表现了中华民族不畏强暴的英雄气概。