林则徐负责主持的另一较大的水利工程，是在江苏疏浚江湖水道。江苏各地布满湖泊、河汊，号称泽国，最宜兴办水利，灌溉农田。但由于历任地方官吏只知搜刮民财，以致原来的一些水利工程年久失修，败破坍塌，一遇上倾盆大雨，便出现田舍淹没，饿殍遍野的凄惨情景。为了从根本上制服水患，变有害的江河、湖泊为有利的灌溉水系，林则徐很早就倡议修浚水流淤塞的三江，即吴淞江、黄浦江和娄江（又称刘河）。他出任江苏巡抚时，吴淞江和黄浦江已为前任官员疏浚完工，而刘河和另一条叫白峁河的河流，却依然淤塞为患，成为苏南富庶地区的一大威胁，动工疏浚已是刻不容缓。1834年4月，他发动官民捐款合办，自己先带头捐出了一千两银子。在江苏人民的大力支持下，刘河和白峁河相继破土动工。在施工过程中，林则徐始终把保证质量放在第一位不辞劳苦地在工地上督修查勘，并一边仔细检查，一边随手记上一些暗号，等到竣工验收时，就能够根据记号知道是否符合要求，做到了快捷、准确，令人叹服。由于林则徐对一切施工开支都精打细算，又杜绝官吏侵蚀舞弊，到刘河和白峁河完工时，修河经费竟然略有节余。他又用这笔余款先后疏治了峁淀支河、七浦河、杨林河等河道。在林则徐主持下得以修治的江苏境内的水系还有徒阳运河、练湖、宝山海塘，以及淮安府盐城县的皮大河等湖泊、河塘。由于他作风民主、认真务实，奖惩分明、身体力行，所以在督修水利方面成绩卓著，名声大噪，不仅深得道光皇帝的赏识，而且赢得了万千百姓的爱戴与尊敬。在封建时代，河工、漕运、盐政从来就被贪官污吏视为肥缺，担任这些职务的官吏也往往尤为群众所痛恨，然林则徐主持河道多年却美名鹊起，每到一地都受到百姓“扶老携幼，香花载道”的热烈欢迎，足见其与一般封建官吏的异趣所在。
江苏是林则徐任职时间最久的一个省份。1823年，他就任江苏按察使，这是主管全省司法工作的高级官员。到任之前，他就了解到江苏吏治败坏、豪强逞凶，官府与地方土棍相互勾结，欺压良善、强取豪夺，民情激愤，积案如山。因此，他一到任，便到各地进行明察暗访，采取果断的措施，清理冤狱，纠正错案，惩治豪强、打击恶棍。在短短的几个月内，就清理了一大批案件，以自己的行动昭示天下，从而大得民心，深受江苏百姓的爱戴。
1823年夏天，江苏大雨滂沱，连绵不绝，造成洪水泛滥，许多城镇、乡村顿成泽国，田禾荡然无存，一时间灾民遍野，啼饥号寒，惨不忍睹。在这种情况下，官府、地主、朝廷不但不采取切实可行的救灾措施，反而照旧追逼赋税、敲诈百姓，致使受灾最严重的苏南松江灾民在求生不得的情况下打算铤而走险，聚众反抗。面对民变，江苏巡抚韩文绮力主出动军队进行镇压，林则徐则力陈不可，他认为地方闹灾，官府的责任是帮助灾民渡过难关，武力镇压是不能解决问题的，韩文绮听他言之成理，便收回了原来的决定。由于林则徐的努力，使江苏人民避免了一场大屠杀，他自己并积极投入了救灾工作，提出了“在官不可不尽心，而在民不可不尽力”的救灾总方针和围田抢种、补种的办法，并多次呼吁反对“只顾钱漕，玩视民瘼”的官僚作风。大水未退，他便乘坐一叶扁舟，亲往灾区抚慰灾民，举办平粜，设立医药局，推行“当牛”法（即允许农民当牛给政府收养，次年用原价赎回），组织群众恢复发展生产。在大灾之年，将“民本”思想落实在了行动上，一时“民颂大起”，乡民有口皆碑。并因救灾有功得到道光的赞誉。
1831年夏天，江苏再次因运河决口出现大灾，江北地区一片汪洋。此时，林则徐已任职河南，因为他以前在江苏办赈卓有成效，道光帝便命令他再次负责赈灾事务。林则徐想到灾区人民的疾苦和企盼，二话不说，立即成行，救灾工作还在前往江苏的途中即已开始着手，途经商丘时，林则徐购买了2万石小麦，一并运到江苏，以济燃眉之急。小麦运抵后，他考虑到南方人民不习惯面食的饮食特点，决定以小麦二升折合大米一升分给灾民；短欠的价银，则责成地方士绅筹集支付。这种强制地主、士绅捐赈救灾的做法，在其他官员中是不容易找到的。
自担任地方官以来，林则徐始终勤勤恳恳，忠于职守，成绩卓著，口碑极佳，逐渐被委以重任，1832年3月，他被提升为江苏巡抚。消息传开，江苏各地百姓无不欢欣鼓舞，额手称庆。莅任时，竟有几万人成群结队、喜气洋洋地出来迎接。
对于林则徐这样一位清正廉洁，重民爱国的官员而言，职务的每一次升迁，都意味着责任的扩大，付出的增加。来到江苏，等待他的是水患过后接踵而至的饥馑和瘟疫。那种饥民鸠形鹄面、奄奄待毙的惨状如此强烈地振撼着这位抱定“民本”思想的有良心的巡抚，他忧心忡忡，寝食难安。许是上苍要考验这位上任的新官，不久，江南又出现大旱，江北也受到洪水的威胁。第二年夏天，又是祸从天降，大雨连绵，江潮水势猛涨，许多堤岸被冲坏，房屋倒塌，庄稼被浸泡在大水中，灾民颠沛流离无以为食。到秋天，各地仍是连月阴雨，农民辛辛苦苦种植的稻子和棉花，受到严重威胁。面对接二连三的灾情，林则徐马不停蹄，立即投身于赈灾之中。他亲自到田地巡看，发现稻穗结的多半是空谷，有的仅灌半浆，即使是半熟的稻子，也多变成焦黑。有一部分虽已收割，但由于长期晴少雨多，无法及时曝晒，已经发芽霉烂了。至于棉花，早期结的花铃有不少被风吹落，后来结的也大多腐烂落地，大致只能得到一二成的收获。情势实在堪忧，林则徐毅然为民请命，上奏道光皇帝，诉说灾情之严重、灾区百姓颠沛流离之苦，请求朝廷体恤民艰，适当减免赋税。为此，他被道光皇帝斥责为“不肯为国任怨，不以国计为亟”，“只知博取声誉”。然而，在这种危及个人声名前途的情势下，林则徐仍然坚持直言具奏，情词恳切地说：国家与人民是不可分开的一个整体，朝廷的一切开支都取之于民间，民富国富，民穷国穷，现在暂时减轻灾区人民的负担，表面上看来是国家的收入减少了，但等到渡过了难关，恢复了生产，农业得到好收成，国家的财政来源不就更保证了吗？所以，目前对人民多放宽一分追逼催索，就能够多培养一分民众的元气，要是一味苛刻盘剥，灾民被逼得走投无路，则难保不会激起民变。诚恳的态度、人理的分析，终于打动了道光，破例减免了江苏灾区的钱粮。为官一地，造福一方，无论过去、现在，还是将来都是明智之举。然而在封建专权，天威难测的大一统体制下，任何不慎，哪怕是言辞的不当，都有可能触犯天子，家破人亡，身为一名封建大员，能将百姓的疾苦放在心上，并且不计得失，反复直陈，这样的胆识与魄力，并非人人做得到的。如果没有早年艰苦生活的磨砺、与下层百姓的生息相通、父母亲朋的言传身教和一个知识分子的良心，很难想像林则徐会有这样的立场和态度。
林则徐作风踏实，工作细致，几乎事必躬亲，负责到底，并针对一些具体情况，灵活机动，妥当处理，收到了极佳的效果。江苏闹灾荒时，恰逢大官僚潘世恩因父母去世，在家守孝。林则徐听说潘府积粮万石，便要求他开仓发米，赈助灾民。潘世恩舍不得，撒谎说家里的粮仓粒米无存。无法找粮食救济百姓？林则徐知道他心里想什么，便顺水推舟地说，既然是个空仓，那就暂时借给官府贮放粮食吧。话刚落音，封条已贴上潘家粮仓的门上。第二天，林则徐传令手下的人揭去封条，打开米仓，将全部粮食散发给急需救助的灾民。潘世恩无话可说，眼睁睁地看着搜刮来的米、麦又回到贫苦农民的手里。作为大学士的潘世恩，位尊权重，就在天子的脚下，本是地方官员万般巴结，以图其在皇上面前美言自己的人物，林则徐的这种做法，显示了其有胆有识，不畏权贵的精神。为了帮助百姓渡过灾荒，林则徐曾带头捐赠银两，待赈款和物资凑齐，他担心地方官吏勾结豪绅从中作弊，化公为私，不能将全部款项、实物用到灾民身上，决定派出在苏州府学习的诸生一百多人，代替官绅担负施赈任务。他们到灾区后，认真清查户口，核实受灾人数，按哪定发放银、米等物。依靠请生办赈，这是林则徐的大胆尝试。事实证明，这个办法的确起到了避免官绅侵吞赈款、欺压灾民的作用，人们称道这是一项“善政”。”林则徐在江南的另一重大政绩是整顿漕务。当时，清政府实行南粮北运，每年都要从南方搜刮4百万石粮食，称“漕粮”。江南一带的产粮区，就成了清政府重要的“粮仓”。尤其是江苏，更是当时“漕粮”负担最重的一个省份，本来政府的征收已经十分苛重，加上官府和属下爪牙的巧立名目，层层加码，贪污肥私，致使漕务成了江苏人民的又一重大灾害。对于这些情况，林则徐早有所闻，任江苏巡抚以后，立即着手解决这一问题，采取了一系列有力措施，进行整顿、改革。如限制官吏浮收勒索，惩办侵蚀钱粮的人员，调派得力干吏随船押运等。他还会同两江总督陶澍议订章程，对革除漕务的弊病，作了一些具体的规定。这些虽然不可能从根本上改善人民的穷困处境，但多少总会给贫苦不堪的农民减轻一些负担。
林则徐在多次办赈救灾中体会到，灾荒之年，作为父母官，采取临时救济措施固然很重要，但毕竟是亡羊补牢的消极办法。整顿漕务也只是权宜之计，他觉得要从根本上改变老百姓的处境，减轻南方各省人民的负担，必须从发展生产上做文章，粮食产量增加，就可以储粮备荒，改善百姓的生活。根据江苏的实际，他打算改变江苏广大地区历来只种晚稻不种早稻的习惯，派人到福建、湖南等地引进优良稻种，并在巡抚衙门后面辟出一块空地，聘请有经验的老农先进行试种，用事实打消农民的后顾之忧，然后再逐步推广。同时，又鼓励和组织一些热心农业改革的人编写农书，广为宣传；对那些思想保守的人则进行说服开导。林则徐听说署理江苏按察使李彦章，曾在广西试种水稻，对农业生产颇有研究，便委托他写了一部《江南催耕课稻编》，并亲自为之作序，说明早稻的好处，对地方官绅的种种反对论调，进行了有理有据的反驳。
为了彻底解决北方对南方在粮食上的依赖，林则徐提出了对北方农业生产进行大规模改革的设想，这个设想虽然大胆，但林则徐却胸有成竹，早在担任翰林院编修期间，他就开始注意这个问题，曾查阅了历代农田水利的档案资料，对其进行分析研究，并准备着手编写一部《北直水利书》。他的具体想法是：北方水源并不贫乏，土质也适宜种植水稻，只要大力兴修水利，开沟挖渠，就能将旱荒之地变成肥沃良田。他建议可先在河北的天津、河间、永平和遵化四个府州低洼潮湿、芦苇丛生的荒地，开垦种植，取得成效后，再向山西、陕西、河南等省逐步推广。对于这个方案，林则徐充满信心。他认为，如果能在京畿附近治水造田，便可以提高粮食产量，使京师等地做到粮食自给，从而结束长期以来南粮北运的局面，祸害江南人民的“漕粮”，自然也就可以免除了。他把自己的设想以《胪陈直隶水利事宜十二条》奏报道光，希望朝廷采纳，只可惜当时守旧势力盈朝，陈陈相因，得过且过，林则徐的呼声无人倾听，他的美好愿望终成泡影。
林则徐是地主阶级中一名较好的官员，主要表现在努力发展生产和关心民瘼上，进入仕途以来，本着上为国计，下恤民生的精神，他整顿河工、兴修水利、救灾放赈，无论于那个方面，都表现出了不同于一般封建官吏的施政才干，使其思想中体现着鲜明的人民性，这与他在任职实践中较多地接触百姓、了解下情是分不开的。
林则徐是主张“经世致用”的地主阶级改革派的代表之一，他目睹清朝国势衰微，甚为忧虑，为了使国家民族走向富强，林则徐竭力提倡内政改革。
鸦片战争前后，由于鸦片输入、白银外流，加之战争赔款，致使清政府陷入了严重的财政危机。针对这种状况，林则徐提出了兴利除弊，体恤民生，以培国本的思路。他认为，国计与民生实相联系，下恤民生，正是为了上筹国计。为此，他反对赋税繁苛，反对官吏敲诈勒索，主张纾民力、培元气，明确提出“裕国足民”的正确主张。
在当时，漕务、盐务、河工，是清朝积重难返的三大弊政，也是地主阶级改革派普遍关注的问题。林则徐的内政改革主张也集中在上述问题上。
清政府每年都要从南方六省征收几百万担漕粮，动用四、五千只帆船，运往北方，供京畿官兵食用，不仅耗费大量人力、物力，而且官吏层层贪污，敲诈勒索，民众无不怨声载道。林则徐担任地方官后，主张“官督帮收”，在官府监督下，由船帮直接收粮，改变过去由官府征粮入仓，再交船帮运输的办法，从而节省粮食进出仓的时间，避免官吏从中舞弊；他还提出改河运为海运，由水师护送民间商船运送漕粮。另外，他的在直隶一带兴修水利，在北方试种水稻，就地取粮，免除南粮北运的主张，则是其欲彻底解决潜运弊端的大胆设想。
由于官府垄断并与盐商互相勾结，贪污中饱，盐政也是弊窦丛生，林则徐与魏源等人，都主张推行票盐法，由盐商交税领取盐票，再买盐自由销售，以革除官府垄断的弊端。
林则徐还对金融和矿务提出了自己的主张。当时，由于洋钱高于白银，造成白银亏损，白银又高于制钱，造成银贵钱贱，商民交困。有的官员主张压低洋钱价格，有的则把银贵钱贱归咎于商人所发钱票不能兑现，主张禁止使用钱票。林则徐不以为然。他认为洋钱既已流通使用，骤然压低价格，必会损害商民利益。他主张由官局铸造银钱，既可压抑洋钱并逐渐取而代之，又可便于商品交换，保护商民利益。林则徐是我国历史上自铸银币，建立本国银本位货币制度的首倡者。关于商人使用钱票问题，林则徐认为，它对国家财政金融不仅没有妨碍，而且，钱票在民间通行，还可济民用之不足，有利于商品交换和经济发展的需要，否则，困窘的国家财政更无补救之法。出于开辟财源的考虑，林则徐反对封禁矿山，主张鼓励人们开采，具体经营可以官办，也可以官商合办，还可以商民自办。他在云贵总督任内，鉴于云南矿藏丰富，便主张“招集商民，听其朋资伙办，成则加奖，歇亦不追”（《林文忠公政书》第227页）。甚至认为商民开矿，比官府开矿更有成效。
林则徐改革内政的主张，虽是为了挽救清朝的财政危机，补救封建统治，但同时也包含着富强祖国，抵御外敌的良好愿望。其客观作用，顺应了资本主义萌芽的要求，有利于商品经济的发展，在当时具有进步意义。