在批判了君主专制之后，黄宗羲进而说：现在天下百姓怨恨他们的君主，“视之如寇仇，名之为独夫，”这完全是理所当然的。他明确提出了这样的问题：“岂天地之大，于兆人百姓之中，独私其一人一姓乎？”在他的笔下，从来被认为至高无上的“天子”，被剥掉了神圣的光圈：“天子”并不是什么神权天授，不过是普通人中的“一人一姓”而已。因此，他进一步提出了“向使无君”（假设没有君主）这一从根本上否定帝王的大胆设想。这种设想在当时虽然是不可能实现的，但毕竞是一种非常卓越的思想，它提出于封建君主专制统治时期，犹似在漫漫的长夜里出现的一道划破天际的流星，耀人眼目。
对于那些为君主和王室效忠的官僚，黄宗亲辛辣地斥之为皇帝的“仆妾”。他们从“君之一身一姓”出发，“视天下人民为人君囊中之私物”，穷凶极恶地为皇帝“敲剥”天下百姓，以求得主子的欢心。黄宗素认为在这样的君臣手中所掌握的法律，必然是“一家之法”，而根本不是“天下之法”，他们利用这种法律来“检桔天下人之手足”，结果是“法愈密而天下之乱即生于法之中”。也就是说，压迫人民的封建法律意繁密，意将激起人民的反抗。他直截了当地说：这种法律实在是“害天下”的“非法之法”！黄宗获尖锐地提出了法律为谁所用的问题，揭穿了封建君主利用法律来图其“利欲之私”，明白地表达了反对压迫人民的封建法律的思想。
在《明夷待访录》中，黄宗羲还有力地鞭挞了封建思想和窒息人才的科举制度。他认为为这种制度服务的所谓学校纯属是“富贵熏心”的势利场。他鄙视那些以皇帝之是为是、以朝廷之非为非的读书人，对有真才实学但却被埋没于“草野之间”的人们则表示深深的同情。
针对明代皇权专制高度强化的弊端，黄宗羲提出了一系列制约君主专制的设想。突出表现在他提出了较为详备的抑止绝对君权的方案。首先，他主张建立平等的君臣关系限制君主专制。他在《原君》篇中认为臣的职分是“为天下，非为君也；为万民，非为一姓也”。君臣关系是共治天下的“师友”，诚所谓“治天下犹曳大木然，前者唱邪，后者唱许，君与臣，共曳木之人也”，彼此相互唱和，共同协力。因此，君对臣不得任意支使，臣对君不可一味愚忠，而应有独立的人格，“非其道，即君以形声强我，未之敢从也”。
其次，提出恢复宰相制的建议。黄宗羲在《置相》篇中云：“有明之无善治，自高皇帝罢丞相始也。”因此，要复设宰相，使天下大事皆由宰相上传下达，且“天子批红，天子不能尽，则宰相批之。”宰权的设置，无疑是对君权的一种牵制和分割。
再次，主张以法制来抑制君主专制，强调“有治法而后有治人”，通过法治的巨大约束力，把君主制度纳人“公天下”的轨道。指出自三代以下的法是专制君主“为一己而立”的“一家之法”，是保障君主专制的“非法之法”，只有建立有益于天下的“公正之法”，才能达到法治的目的。
复次，提出了设学校以监督朝政的设想。黄宗羲在《学校》篇中指出，学校除了培养人才。传播知识，还应制造舆论。议论朝政、公正裁断是非，是一个教育与参政议政功能合一的新型机构，“使治天下之具皆出于学校”。由此，又提出了规划设立新型学校的具体办法：其一，选择当世大儒充任太学祭酒，并给予其与宰相对等的政治地位。每月初一日，皇帝、宰相及其他大臣都必须到校听祭酒讲学。皇帝在听讲时“亦就弟子之列”，“政有缺失，祭酒直言无讳”；其二，通过公议选举，由地方名儒担任郡县学官，每月初一、十五，“学官讲学，郡县官就弟子列”。讲学时，对“郡县官政事得失，小则纠绳，大则伐鼓号于众”，向民众公布官府的错误。在黄宗亲的这一学说中，把持这些学校的著名学者，仍然是封建的知识分子，一般来说不可能完全代表广大人民的根本利益。这同所谓的“宰相传贤”，把希望寄托于个别“贤人”的主张一样，都反映了时代和阶级的局限性。但是，在猛烈抨击封建君权。法律、专制主义和要求一定的民主权利等方面，都显示了他极其敏锐的政治眼光和敢于大胆批判旧传统。旧制度的斗争精神，并对以后的反专制斗争起了积极的推动作用。
此外，在《明夷待访录》中，黄宗羲还提出了“工商皆本”等先进的经济思想。在中国封建社会早期，强调以农为本，以商为末，这是与当时的生产力发展水平相适应的。但随着社会经济的不断发展，特别是到了封建社会后期，这种“农本商末”的观点就跟不上生产力的发展步伐甚至起到相反的作用。黄宗羲对这种过了时的传统观点，对于“本”与“末”，提出了新的看法。他认为衣食卜铺张浪费，婚丧时奢侈宴祭，生活中迷信巫佛，这些“皆不切于民用”的东西才是“末”，必须“一概痛绝之”；而工商同农业一样，“皆本也”，即都是国家经济的根本。为了发展工商业，他提出要统一货币，主张开设宝钞库（银行），以金银作为纸钞的基金；随时可以兑换，使市场上“常有千万财用，流转无穷，此久远之利也”。这些看法和主张，反映了当时的中国社会进一步发展生产力、扩大商品经济的客观要求，是我国近代先进的经济思想的先声。
《明夷待访录卜书的出现不是偶然的，它是中国封建社会末期这一特定历史条件下的产物。总的说来，黄宗羲的政治经济思想，表明他是站在时代的前列的。由《明夷待访录》这个书名看出黄宗羲认为自己的学说能把国家由黑暗引向光明，但学说的实现却有待于“明主”的求访采纳。同时代的大思想家顾炎武读完该书后，给予极高的评价，说若是实行书中的主张，则“百王之敝可以复起”，历代王朝的衰敝可以改变，国家可以振兴。同时，顾炎武还指出：“古代君子所以著书待后，有王者起，得而师之。”（《明夷待访录》附录，《顾宁人书》）在其后的梁启超更进一步说道：
“此等论调，由今日观之，固甚普通，甚肤浅；然在二百六七十年前，则真极大胆之创论也……而后梁启超、谭嗣同辈倡民权共和之说，则将其书节钞，印数万本，秘密散发，于晚清思想之骤变，极有力焉。”
（梁启超《清代学术概论》）
在完成《明夷待访录》这部巨著后，黄宗羞于康熙二年（1663年）四月，北渡钱塘江，抵达崇德，应友人吕留良邀请，在吕氏梅花阁任教。吕留良早年曾在浙西参加过抗清斗争，是崇德的著名学者。他们于顺治十七年（1660年）在杭州相识，从此一见如故，此后直到康熙五年（1666年）初，黄宗羲于每年春夏间都在梅花阁课徒授业，讲学之余，他与吕留良、吴之振。吴尔尧等人赋诗吟唱，共同编选《宋诗钞》，相处得极其融洽。康熙三年（1664年），当著名学者钱谦益辗转病榻的时候，黄宗炭等人曾结伴到常熟探望，见到他们的到来，钱谦益非常欣慰，便把丧葬事务托给黄宗羲，并请他代写《庄子注序》等三篇文章，他都一一点头答应。
康熙六年（1667年），黄宗羲辞去吕氏馆事，前往绍兴讲学。绍兴是刘宗周的故乡，以前刘宗周曾在这里讲过学，轰动一时。到绍兴后，黄宗羲与过去一同跟随刘宗周求学的友人姜希辙商议，恢复了刘宗周兴办的、中断了二十多年的证人书院。证人书院在当时十分活跃，黄宗羲的讲学轰动了大江南北，同时代的史学家全祖望曾说：“东之鄞，西之海宁，皆讲主讲，大江南北从者骈集。”（全祖望《神道碑文》）第二年，他又在宁波创立证人讲会，在整理刘宗周遗书的同时，大张旗鼓地宣讲刘宗周的学术主张。在他的倡导和影响之下，陈赤衷等人也闻风而起，在宁波创建讲经会，浙东各地，一时人才辈出，经史之学蔚为大盛。
这期间，黄宗羲讲学的主旨就是“以申蕺山之绪”（全祖望《神道碑文》），论学风则主张实用，反对空谈，提倡追求根抵，反对抄袭。他还十分强调读史和博览，并强调读书应融会贯通。
为了讲学的需要，黄宗羲把宋元迄于明六、七百年间的“学术文献”作了系统的检阅，于康熙十四年（1675年）编定《明文案》；更于次年（1676年）编著了中国历史上一部大规模的哲学思想史——长达六十二卷的《明儒学案》，并为晚年辑著《宋儒学案》、《元儒学案》“以志七百年来儒苑门户”做了必要的准备。
《明儒学案》是黄宗羲论学的代表作，其内容主要有这样几个方面：
第一，将明朝学术思想的发展，按学说宗旨、学派系统，分门别类地加以排列，“为之分源别派，使其宗旨历然”（《自序》），共立学案十九，叙及学者二百余人。在体例上则以“有所授受者分为各案，其特起者，后之学者，不甚著者，总则诸儒之案”（《凡例》）。各学案又都冠以叙论，作简括的介绍说明，随后分列本案各学者，并依次叙述他们的传略。在各叙传中，除了介绍生平，还扼要介绍主要学术观点，并加以评析；同时节录各学者的重要著作或语录，列于叙传之后，提供了解各家学术见解的具体资料。黄宗象用发展的眼光来考察学术思想的演变，而且在一定程度上掌握了综合归纳等科学的研究方法，这是他在研究水平上高出许多前辈和同时代学者的重要表现之一。
第二，黄宗泰明确提出“学问之道，以各人自用得着者为真，凡倚门傍户，依样葫芦者，非流俗之士，则经生之业”（《凡例》）。这就是说，他认为人云亦云的人无足轻重，但是有水平、有独创见解的，所谓“功力所至，竭其心之万殊者”，哪怕“一偏之见”，“相反之论”，也要加以重视。综观全书，他基本上贯彻了这个原则，因而书中也能比较客观地反映各家学术观点，正如他在《自序》中所表明的那样：“羲为《明儒学案》，上下诸光生，深浅各得，醇疵互见，要皆功力所至，竭其心之万殊者，而后成家，未尝以懵懂精神冒人糟粕。”
第三，黄宗羲论学奉王阳明、刘宗周为宗，但他不一味盲从，对于他们学说中的不当之处，黄宗羲敢于提出自己的看法，树立不同观点。例如，他对王阳明十分强调“去人欲，存天理”这种唯心主义的观点不以为然，因而批评说：阳明先生经常讥讽宋代理学支离破碎，而一到实际中自己却总又“重蹈覆辙。”总之，他能比较全面地看待姚江学派；而且对其他各派学说，也能比较客观地加以记述和评价。
《明儒学案》在刊印之前，就已引起许多学者的重视，彼此传抄，竞相阅读。康熙三十一年（1692年）刻印问世后，清代学者推崇备至，著名史学家全祖望认为这本书是“有明三百年儒林之薮也”。就连禁书极严的清朝统治者在乾隆年间编修《四库全书》时也收录了此书。《四库全书总目提要》虽然对此书价值有所贬低，说它在学术上存门户之见，但也不得不承认该书对于考见各派学术的源流得失以及明末党派之争有借鉴作用，“亦千古之炯鉴央”。在学术渊源上与黄宗羲异趣的汤斌称赞说：“先生著述弘富，一代理学之传，如大禹导山导水，脉络分明，事功文章，经纬灿然。真儒林之巨诲，吾党之斗构也。”（《南雷文定》附录《交游尺牍》）。
另外，黄宗羲在《明儒学案》和其他著作中所反映出的哲学思想也达到了相当的高度，具有很深的造诣。有明一代，前期是程朱理学占统治地位，后期是王阳明心学占统治地位。但到明末清初，无论是理学还是心学，都出现了严重的理论危机，都难以回答“天崩地解”时代提出的种种新问题。正如黄宗羲所批评的：“天崩地解，落然无与吾事，犹且说同道异，自附于所谓道学者，岂非逃之者俞巧乎！”（黄宗羲《留别海昌同学序》）他就是在时代对于新哲学的呼唤下着手整理宋元明哲学资料的。他的后半生，长期沉浸在深刻的哲学思考中。
黄宗羲师从刘宗周，因而刘宗周所提倡的“工夫与本体亦一”的“慎独”说对他无疑起了极大的影响。但他的哲学思想不全来自师说。也不尽同于师说。他较之刘宗周，经历的变故更大，读书更多，见闻更广，视野更阔，因而思索更深。全祖望曾说：“公以濂洛之统，综会诸家，横渠之礼教，康节之数学，东莱之文献，良斋、止斋之经制，水心之文章，莫不旁推交通，连珠合壁，自来儒林所未有也。”（全祖望《梨洲先生神道碑文》）虽然黄宗益还没有达到集大成的地步，但他确实是宋、元、明七百年儒学的综合整理者和批判者，又是明末清初社会大变动的理论批判者，他在哲学上的成就主要有两点：