鉴于水历五年（1651年）厦门失守的教训，郑成功深感倾师远出征战力量尚有不足，必须改变战略，以金、厦为根据地，实施稳扎稳打的战术。先后出击攻打漳、泉所属诸邑，与清军交战数十次，多数是郑军先发制人，主动出击。永历六年（1652年）三月，郑成功围漳州，清兵总督陈锦之率军赴援，在江东桥与郑成功军大战，陈战败退守同安，被家丁所杀，献首级于郑成功。是年四月至十月，郑军包围漳州，城内军民饿死过半，至食人肉。永历七年（1653年）五月，清军将领金砺，率满洲精锐部队大举进攻郑成功的驻地海澄，日夜开炮轰击郑军营寨，郑军士兵死伤不少，一度士气低落。郑成功命令张光启到各营传令，表明自己决心与海澄城共存亡，绝不后退的决心。为鼓舞士气，让冯澄世捧着招讨大将军的官印，到各营传谕：将士中有人能守住海澄，建立战功的，愿将官印相让。郑成功身先士卒，亲自登上将台观察敌情，部将甘辉见清军炮火纷飞，十分危险，劝他下来躲避。他却笑着说：“只有炮弹躲我，哪有我躲炮弹的？”甘辉刚把他拉下将台，一个炮弹便把将台打得粉碎。将上们在郑成功的带领下，临危不惧，纷纷表示死守海澄。
敌人炮火很猛，城墙坏了十余文。郑成功命令将士们掘土藏身，坚持战斗。一大夜里，清兵发出阵阵空炮。郑成功得到密报，清兵弹药已尽，准备攻城了，他当机立断，命令十兵准备大刀、斧头等，待清兵登城时砍杀。清兵果然放出空炮后，蜂拥而至，开始登城。郑成功率领战士迎头砍杀，清兵死伤惨重，护城墙被尸体填平。金硕的精锐部队丧失殆尽，大败而逃。这一仗，因为郑成功指挥有方，英勇顽强，才扭转了战局，反败为胜，充分表现了他杰出的军事才能。战后不久，永历帝封他为漳国公。
（二）招抚与议和
海浪之战后，郑成功的力量不断壮大。而西南的李定国部也于永历六年（1652年）七月，攻克桂林，定南王孔有德兵败自杀。敬谨亲王尼堪也在衡州被杀。“两蹶名王，天下震动。”清王朝为了防止两支抗清队伍会师，纷纷调兵支援西南战场，对永历政权实行进剿策略，而对善于海战的郑成功则实行”招抚”策略。被清政府软禁起来的郑芝龙自然成为诱降郑成功的钓饵。郑成功面临着新考验。
清政府对郑成功转抚为主后，便把郑芝龙视为手中奇货，企图利用父子关系促成招抚计划的实现。为完络郑芝龙父子，永历六年（1652年）七月二十九日，传谕郑芝龙曰：“朕闻尔子在福建为乱，尔投诚有功，毋轻出城行走，朕嘉尔功，故以此告谕尔子，在京有成立者可送一人入侍。”八月初一日又谕：“郑芝龙准入镶黄旗，并官其在京一子为二等侍卫。兵部即行福建督抚除伊母弟及长男听留原籍外，其妻妾两男即填给勘合，遣人同芝龙所差家人，护送来京。”（《清世祖实录》顺台九年七月，八月）其家属于永历八年（1654年）十月到京。名为恩宠，实为人质，这是清政府导演的借父胁子，强迫郑成功和谈把戏的开端。郑成功在接到父亲的信后回书称：“儿南下数年，已作方外之人，与世无争。不料张学圣无故发难，兵袭厦门。儿不得已率兵抵抗，现已骑虎难下，兵集难散。”婉言拒绝了清廷方面的招降。
清廷颇想重使崇祯时“芝龙骚扰海上，官兵屡剿无功，后招抚芝龙，海患始息”的伎俩，然而既想招抚郑成功，却又不敢贸然前往颁敕。于是就密敕浙江福建总督刘清泰：“近日海寇郑成功等，屡次骚扰沿海郡县，本应剪除，但朕思着年大兵下闽，伊父郑芝龙，首先归顺，其子弟何忍背弃父兄，甘蹈叛逆？此必地方官个体朕意，行事乖张，郑成功等虽有心向化，无路上达。又见伊父归顺之后，睿王令人看守防范。又不计其在籍亲人，作何思养安插，以致成功等，疑惧反侧。朕又思郑芝龙既久经归顺，其子弟即朕赤子，何忍复惧加征剿。菲成功等来归，即可用之海上，何必赴京？今已令郑芝龙作书宣布朕之诚意，遣人往谕，成功及伊弟郑鸿逵等知悉。如执迷不悟，尔即进剿。如芝龙家人，回信到闽，郑成功。郑鸿逵等果发良心，悔罪过，即一面奏闻，一面遣才十官一二员到彼审察归顺事实，许以赦罪授官，驻扎原住地方，不必赴京；。凡浙闽广东海寇，俱责成防剿；其往来洋船俱著管理稽查奸先，输纳税课。若能擒斩海中伪藩逆渠，不吝爵赏。此朕厚待归诚大臣至意，尔当开诚推心，令彼悦服，仍详察筹熟，勿坠狡谋。”（《清世祖实录》顺治九年十月）根据密敕，郑芝龙派家人周继武南下传送消息给郑成功，转告清朝欲来议和之意。浙闽总督刘清泰，也修书一封让成功祖母转递，“以疏通关系”。刘清泰收到郑成功“仍甚骄横”、“又无诚意”的回文后，仍不甘心，回文让郑芝龙利用父子情谊实施招抚计划。同时清廷又获悉，郑成功对阎抚张学圣、道员黄澍、总兵马得功乘其远出偷袭厦门一事耿耿于怀。为了消除清郑之间的芥蒂，促使招抚成功，决定追究责任。永历六年（1652年）十一月都察院参奏：“阎海之变，实张学圣贪秽启之。”永历七年（1653年）二月二十八日得旨，张学圣、马得功、黄澍、王应元俱革职，“拿解来京，严讯具拟”。五月初十日，敕封“郑芝龙为同安侯，子成功为海澄公，弟鸿逵为奉化伯，芝豹为左军都督府左都督、总兵官，各食禄俸如例”。对郑芝龙“首倡归顺”大加赞赏，并指责睿王多尔衮“不体朕心，仅从薄叙，猜疑不释，防犯过严，在闽眷属又不行安插恩养，以至阖门惶惧，不能自安”，还在敕谕中公开谴责“地方抚镇官，不能宣扬德意，曲示怀柔，反贪利冒功，妄行启衅”。公开承认“厦门之事，咎在马德功”（《清世祖实录》顺治十年五月）。清廷在采取了上述一系列举措后，开始与郑成功进行第一次和谈。
永历七年（1653年）五月，清廷特遣满洲章京硕色携赐敕官印，令郑芝龙派表弟黄征明及家人李德。周继武。陈福。李春同往，并谕刘清泰派于员密切配合。颁诏使一行于五月二十日动身，闰六月初一日抵达福州，将敕印交总督派员特送泉州。又令李德等携芝龙手书先行试探、劝和。八月，郑芝龙又一次派家人李德、周继武、黄征明等带信给成功说：“清廷欲差二大人赍海澄公印敕，以一府安插”，黄征明又代为转告其父识时遇主之事，并劝说：“君道不分畛域，务期海上不兴风作浪。此时为皇上之鸿仁，又开国之际，欲得承家之子者也。”劝说中动之以情，试图以此坚定郑成功拯救郑芝龙的决心。郑成功复信说：“时下我兵数十万……师旅繁多，日费巨万”，要求以“省会地方钱粮”及“三省（闽、浙、粤）地方相界”（《先王实录》），实际上是拒绝受封。九月，刘清泰写信给郑成功说：“今令尊公以身傍日月之旁，令祖母年逼桑榆之景……岂甘一时之倔强而冒青史之讥，咫尺之飘摇而酿赤族之祸也哉？”公然以郑芝龙一家的安全相威胁。同时又写信给郑鸿逵进行挑拨分化，功以“或力挽以同归，或独先以就义”（《先干实录》），郑鸿逵复信说：“第以数十万之众，仰给于一府，安顿不易，畔散堪虞。”（《实录》清郑议抚失败。
清政府对郑成功“妄行索地，夸诈大言”，十分恼火。但经过议政王大臣半个月的议论后，还是决定向郑成功让步，进行第二轮议和。永历七年（1653年）十一月初六日，顺治在敕谕中，再次赞扬郑芝龙“首倡来归”的功绩，斥责睿王多尔衮对其“疑心轻听，不计周全恩养，以致尔疑惧淹留，迹寄海中，情甘化外……父即为功臣，子岂愿为仇敌？但道阻巨修，尔心无由上达。前者李德等，持尔家书至，朕令细询日语，悉尔至情，朕侧然念之。推心置腹，何分新旧？即使海隅底定，防镇也必须人才，与其另择他人，岂如任用尔等？爱加封爵，畀以事权，聿同开国之功，特锡承家之庆。兹封尔为海澄公，给靖海将军敕印，照例食俸。复念尔兵卒众多，一府难以安插，钱粮委难支给，仍益以漳州、潮州、惠州三府，并泉州四府驻扎，即将四府水陆寨游营兵响，拨给尔部下弁兵，不足不另（《清世宗实录》顺治十年十一月）。从敕谕看，清政府为达到招抚目的，做出了很大让步，答应给四府之地安插兵弁。十一月十一日，差内阁借读折库纳、兵部员外郎贾齐纳二使持敕印赴闽招抚。翌年二月，郑成功率部到安平与清使相见，接受敕印，但以“兵马繁多，非数省不足安插”为由，并进一步提出“和则高丽、朝鲜有例在焉”的要求，不肯开读印（《先王实录》）。三月，刘清泰又写信给郑成功，劝其从速“拜诏”，郑成功在复信中仍提出“必有三省方就和”的要求（《先王实录》）。刘清泰复信则以“固山枕戈久矣，今大兵驻马于漳畔，劲师露刃于泉南，有不能顷刻待者”相威胁，顺治也再次敕谕成功说：“今据尔疏奏，虽受敕印，尚未剃头，冀望委畀全闽，义谬称用兵屯扎舟山，就近支给温、台、宁、绍等处钱粮，同语多乖，要求无厌、乃复以未撤四府官兵为辞，尔尚未归诚，岂有先撤四府官兵之理？”八月，清朝派内院叶成格、刑部郎中阿尔善偕芝龙二子世忠。四子世荫及家人李德、周继武，李春等问往福建送敕书，八月二十四日抵泉州。谕令世忠先赴厦门“打探叔、兄之顺逆之心，以利传旨”。颁诏使在泉州呆了月余，世忠、李德等往返厦门不下十余次，反复劝说。九月初七日，二使派成功弟渡舍光来，见成功“跪下，涕泣泪涟，称父在京许多斡旋，此番不就，合家难保，乞勉强受诏。”十七日，二使到安平，成功陈兵往见，“成格坚欲先薙发方许接诏”，“互争数日未定”。二十四日夜，渡舍、荫舍、周继武、李德、黄征明又来，涕泣思告日，二使此番失意而回，大事难矣。我等复命，必尤生理，并太帅老爷亦难。郑成功个为所动，坚持不剃发。和谈破裂。二十九日，二使回京复命。
对清王朝的诱降活动，郑成功一开始就看出是一套骗人的把戏。“明明欲借父以胁子”，是想通过招抚成功，来镇压其他的海上抗清力量，实现“以海治海”策略，以便集中兵力对付四南的永历帝及其他抗清武装。因此是不可信的。所以，郑成功在最初接到父亲的来信时就说：“清朝亦欲给我乎？将计就计，权措粮响，以裕兵食也。”（《先王实录》）郑成功以议和为名，利用清王朝战和不定，及上下行动不一致的间隙，在清军占领区大规模地筹饷。永历七年（1653年）闰八月。“以和议故，分遣各勋镇就漳泉派征乐助兵响”。“九月……时和议未就，征派四出，伪院刘清泰闻知，遗书本藩，另书与定国公求相劝免”。“永历八年三月，藩以和议方就，乘势分遣各提督总镇就福，兴、漳、泉属邑派助米输，恐其出兵相阻，即移书与督抚刘清泰曰：‘以数十万之众，按甲待和，虽议可俟而腹决不可枵……’”（《先王实录》）六月，派甘辉等到长乐等处措饷，“佟国器驰书求情……藩不报，终亦不能抗拒”。七月，“以和议未定，虏兵无敢阻抗，迫逼益力”。（《先王实录》）清王朝对此也有所觉察，但为使和谈成功，只好一再忍让，郑成功则利用这个机会，边战边和，有利则攻城略地，无利则四处筹饷，寻找各种借口，尽可能把和谈拖延下去。
。永历七年（1653年）十一月，郑成功一面与清使和谈，一面四处出击。先后收复漳州府城及南靖、漳浦、同安、南安、惠安、仙游诸县城，基本上占领了闽南沿海地区。
顺治帝得知郑成功不受招抚，并且在给郑芝龙的回信中辱骂朝廷。图穷匕现，将郑芝龙抓起来，投入高墙圈禁。福建总督又几次再劝郑成功降和。郑成功在给父亲的信中写道：“儿初识字辄佩服春秋大义，自丙戌冬（1646年），父驾入京，儿既筹之熟而行之决矣……父既误其前，儿岂复再误其后乎？儿在本朝，既赐姓矣，人臣之位已极，岂不谓智者道耳。况儿名闻四海，若使苟且做事，亦贻笑于天下后世矣！吾父往见贝勒之时，已入毂中，其得全至今者，大幸也。万一吾父不幸，天也！命也！儿只有缟索复仇，以结忠孝之局耳……凡此时只有袜厉以待。”（《台湾外纪》）
在给郑渡、郑荫两兄弟的信中，他再一次表明心迹：“兄弟隔别数载，聚首几日，忽而被挟而去，天耶？命耶？弟之多方规谏，继以痛哭，谓无所不至矣。而兄忠贞自待，不特利害不足以动吾心，即斧钺相加，亦不能少移吾志。何则？决之已早，而筹之已熟矣！今兄之心绪，尽在父亲禀中，弟阅之可以了然矣。夫凤凰翱翔千切之上，悠悠于宇宙之间，任其纵横所之者。超超然脱乎世俗之外也。兄名闻四海，用兵老矣！岂有舍凤凰而就虎豹者哉！惟吾弟善事父母，厥尽孝道，从此之后，勿以兄为念。”（《台湾外纪》）
郑成功在议和期间除利用有利时机积极筹饷外，还致力于军政建设，严密队伍的组织。永历九年（1655年）正月，永历帝赐给郑成功武职授一品，文职设六部的权力。二月，郑成功设置了吏、户、礼、兵、刑、工六官。任命潘庚钟为吏官、洪旭为户官、张光启为兵官，程应璠为刑官、陈宝钥为礼官、冯澄世为工官。六官之下又设有左、右都事。六官之外，设察言司、承宣司、宾客司、印局、军器局，负责监察吏治，传达政令、接待宾客、打造印鉴、军械，为了表示矢志忠于明朝，他还将根据地厦门改为“思明州”。
为了加强思明州的建设，郑成功尤其注重人才的网罗和培养。他亲自考核生员，把品学兼优的洪初僻等人选入储贤馆，以备顾问。将阵亡将士子弟柯平等人送入贵胄馆，进行培养。思明州知州邓会劝学取土，录取了黄带臣、洪初僻等四十余人。这些人轮流在六官衙门办事。后来，郑成功又选拔储贤馆、贵胄馆中有才于的生员，授以监纪之职。监纪随部队出征，记录将士功罪。又设大饷官职，与监纪同行，查核军饷。又因战争需要，补设监督。临阵之时，授予监督铁杆红旗一面，上书“军前不用命者斩，临阵退缩者斩”。副将以下的违纪官员，监督有权先斩后报。
军队组织方面，郑成功将所有部队分为72镇，每镇设5协，每协有5个正领，10个副领，每个副领辖50名士兵。
郑成功还从实战出发，加强部队训练。他命令工官冯澄世亲自监工，在澳仔操场盖了座演武亭。落成以后，他就住在这里，督率军队操练。为提高部队作战能力，他创造了五梅花阵法和水操法，令承宣司刻版公布，使全军学习。清军擅长骑马射箭，郑成功扬长避短，特别注重水师操练。他的水师“舶舻陈列，进退以法，将士在惊涛骇浪中无异平地，跳踯上下，矫捷如飞”（《台湾使槎录》）。
郑成功自海澄之战（1652年）后回师厦门，不断活动于浙、闽、粤沿海一带继续抗清。在永历七至八年（1653~1654）间，两次派张名振（鲁王旧部）率舟师人长江、破京日，夺取清军航船数百艘。又先后破漳州、下泉州，击败清军，与贵州、广东的南明抗清军队遥相呼应，成为清朝政权的心腹大患。永历九年（1655年）九月，他再一次派张名振统率24镇兵入浙东，迫使清宁波守将张洪德投降。接着又进攻舟山，清舟山副将把成功迎接郑军，率部投降。舟山为郑成功光复，并与厦门形成海上犄角之势，浙东各地起义军也纷纷响应，
清政府见郑成功对阎。浙威胁太大，招抚又不成，只得以战求和，再命济度为定远大将军，统率满汉大军到福建进剿郑成功。